歯周病進行の危険度を予測する診断用カスタムアレイの開発

2007 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 19592396
• Research Institution: Nihon University
• Principal Investigator: 平塚 浩一 Nihon University, 松戸歯学部, 講師 (80246917)
• Keywords: 歯周病 / マイクロアレイ / 遺伝子発現 / 診断 / 細菌 / 病態

Research Abstract

本研究の目的は、歯周病の病態をPoyphyromonas gingivalisを中心とした感染側の細菌の病原性で、危険度の予測を行うものである。当初の研究計画では、1年目に診断に必要な遺伝子のスクリーニングを行うにあたって、市販のP. gingivalis GeneChipを用いて遺伝子発現解析を行う予定であったが、既に春先に販売中止になっていたため、Agilent社のカスタムアレイに切り替えた。P. gingivalisの1,945 coding genes, 3rRNA, 46 tRNA,および3 human negative control genesをクロスハイブリしない領域でTm値がほぼ均等になる配列を選び60 merの遺伝子プローブを設計した。遺伝子プローブをtripleでスポットしたマイクロアレイを作製したのち、RNA試料の使用量や標識法に関する最適化を行った。P. gingivalisに様々なストレス(温度変化、pH変化、ヘミン量および酸素ストレス等)を加えて発現が変化する遺伝子を検索している。さらに、歯周病が中等度の患者と重度に進行した歯周病患者から得られた細菌試料から抽出したRNAをinvitro transcriptionでlinear増幅したのち、化学的標識法にてCy3ラベルし、マイクロアレイ上でハイブリダイゼーションを施した。現在、病態に応じて有意に発現量に差のある遺伝子をスクリーニングし、カスタムアレイにスポットするための候補遺伝子を解析中である。