2007 Fiscal Year Annual Research Report
CellMLで記述された細胞モデルのエディタ・計算エンジン・データベースの開発
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19650072
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
野村 泰伸 Osaka University, 基礎工学研究科, 教授 (50283734)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 亨 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任助教 (80419473)
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| Keywords | Cell ML / フィジオーム / 計算エンジン / データベース / シミュレーション / 数理モデル / 細胞モデル / 生体モデル |
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| Research Abstract |
本研究では,CellMLで記述された細胞の動態モデルの構造を自動解析し,以下のことを可能にするプロトタイプシステムの開発を試みる.平成19年は以下の成果を得た.
1.CellML(www.cellml.org, Catherine M. Lloyd, Matt D.B. Halstead and Poul F. Nielsen. CellML: its future, present and past. Progress in Biophysics and Molecular Biology.2004 Jun-Jul;85(2-3):433-450)のドキュメント構造解析を行うパーサーを開発した.
2.細胞に限らず複数の構成要素からなる様々な3次元構造物の形状が記述できるデータ構造を検討・開発した.特に,物理的構造の階層性,連結性,包含関係などを論理的に扱える枠組みとする.これによって,細胞・細胞器官の3次元形状,お互いの相対的位置関係を含む細胞の構造を記述することを可能にした.
3.物理的構造と数学的概念的構造をオーバーラップさせ,お互い関係を記述するデータ構造を開発した.これにより,細胞の構造と機能(動態)を系統的かつ詳細に記述できるようにした.
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