2007 Fiscal Year Annual Research Report
動く単純反復配列(mobile-SSR)による染色体高次構造の進化
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19651083
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
彦坂 暁 Hiroshima University, 大学院・総合科学研究科, 助教 (30263635)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河原 明 広島大学, 大学院・総合科学研究科, 教授 (50112157)
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| Keywords | トランスポゾン / 単純反復配列(SSR) / MITE / mobile-SSR / 染色体高次構造 / 進化 / ツメガエル(Xenopus) |
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| Research Abstract |
(1)遺伝子導入実験に用いるのに最適なmobile-SSRをツメガエルから単離するために、ニシツメガエル(Xenopus tropicalis)ゲノムデータベース(Joint Genome Institute v4.1)の解析を行った。まず、以前Per1によって作成した、データベース中のMITE候補配列を末端配列の特徴に基づいて網羅的に探索し分類するプログラムの改良版を、新たにRubyによって作成した。次にこれを用いてゲノムデータベースからT2-MITE転移因子を網羅的に検索し、再分類を行った。この情報を用いて、XRサブファミリー由来のmobile-SSRをデータベースから検索した。(2)前記の結果をもとに、複数系統のニシツメガエル5個体のゲノムDNAを鋳型に用いてPCRによるmobile-SSRの増幅を行い、単離したクローンの塩基配列を調べ、複数のクローンの中から最も適切と思われるクローンを選んだ。(3)SSR配列のRNA(Forward鎖、Reverse鎖、両鎖)を発現するベクターを作製するために、ゼブラフィッシュ(Danio rerio)のヒートショック蛋白質hsp70のプロモータ領域をPCRにより単離し、配列を確認した。(4)発現をモニターするためのベクターに使用するために、clontech社のpAcGFP-Nucベクターの改造を行った。(5)I-SceIを用いたメダカへの遺伝子導入を行うために、ベクターの改造を行った。pBluescript II SK(-)のマルチクローニングサイトにI-SceI認識サイトを導入したベクターを作製した。
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Research Products
(6 results)
