2007 Fiscal Year Annual Research Report
大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発
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19651084
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
矢野 健太郎 The University of Tokyo, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教 (00446543)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
清水 顕史 滋賀県立大学, 環境科学部, 助教 (40409082)
山根 京子 大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 助教 (00405359)
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| Keywords | 生体生命情報学 / ゲノム / 遺伝子 / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
本研究は、研究代表者(矢野 健太郎・東京大学)および研究分担者(清水 顕史・滋賀県立大学、山根 京子・大阪府立大学)による研究体制で実施しており、ESTのアセンブルより得られる遺伝子発現プロファイルを用いて、有用な遺伝子を探索するための統計解析手法とその視覚化法の開発を行っている。
平成19年度には、有用遺伝子の探索に用いるEST情報の収集、EST情報に基づく有用遺伝子発見のための統計解析手法の構築、三次元ビューワーの開発などを進めた。解析に用いるESTとして、これまでに、トマトやカキの果実登熟過程などに関わるESTやヒトの疾患に関連するcDNAライブラリー由来のESTなどを収集している。また、統計学の専門知識をもつ矢野および清水が独立して解析手法の開発を進め、両者の手法と結果を比較検討することで、より頑健性の高い統計手法の構築を行った。そして、例題データセットを用いた解析から、構築した手法の有用性評価を行った。三次元ビューワーの構築では、コンピューター言語Java3Dを用い、マウスやキーボードの操作によって、モニター上で三次元プロット図の拡大、縮小、平行移動や回転を可能とする視覚化法の開発を進めており、現時点までに、各遺伝子の発現プロファイルを簡便に把握し得る視覚化法の構築に成功している。
平成20年度には、統計解析手法と視覚化法の開発を継続して行う。統計解析手法の開発では、平成19年度に収集したEST情報を用いて、実データからの遺伝子発見を可能とする、より実用性の高い手法の確立を目指す。また、解析した結果に対して、有用遺伝子を容易に識別し得る検索システムを備えた三次元ビューワーの開発を行う。
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