2007 Fiscal Year Annual Research Report
非修飾RNAをプローブとした遺伝子配列センシングと細胞間相違解析への展開
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19655063
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
山東 信介 Kyoto University, 工学研究科, 助教 (20346084)
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| Keywords | 生細胞内遺伝子診断 / RNA / 核酸 / 蛋白質 / 大腸菌 |
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| Research Abstract |
従来の修飾人工核酸を用いるアプローチとは一線を画し、「非修飾RNAを利用した新しい診断・検出系の構築」を目指し、下記2テーマに関する実験を実施した。[目的(1):MB-mRNAシステム]ゲノム・プラスミドから直接転写可能な核酸検出プローブであるMB-mRNAシステムの設計指針確立に向け、in vivo selectionを計画した。互いにcompatibileなColE1,p15A複製起点を有するplasmidsそれぞれに、標的RNA、loop-stem部にランダム配列を含むMB-mRNA libraryを組み込んだ2種のplasmids (pRNA, pMB-RNAlib)を用いた(pMB-RNAlibはMB-domain下流にレポーターとなるGFP遺伝子(AcGFP1)を有するよう設計)。大腸菌に2種のplasmidsを導入し、GFPを指標としたin vivo selection系を構築した。[目的(2):蛍光RNAタグ]有機合成化学、進化工学をもとに環境応答性蛍光色素を進化させ、特定RNAに結合したときにのみ蛍光強度を強める蛍光タグRNAの創製、系の最適化、応用を目指した実験を実施した。第1世代であるHoechst系青色蛍光RNA-tagに関する結合モードの解析に加え、更なる展開に向け、in vitro転写系における特定mRNA検出系への最適化、細胞内状況下での応用に向けた予備実験等を行った。また、フィードバックされた問題点をもとに、蛍光RNA-tagの改良/最適化に向けた研究を展開した。
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