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2008 Fiscal Year Annual Research Report

転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用

Research Project

Project/Area Number 19657016
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

小保方 潤一  Nagoya University, 遺伝子実験施設, 招へい教員 (50185667)

Keywords転写開始点 / 植物ゲノム / プロモーター / トランスクリプトーム / MPSS法
Research Abstract

初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。
(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。
(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。
(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。
(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。
(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。
(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。
(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。
(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。

  • Research Products

    (12 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (5 results) Book (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.2009

    • Author(s)
      Takabayashi, A., Ishikawa, N., Obayashi, T., Ishida, S., Obokata, J, Endo, T., Sato, F.
    • Journal Title

      Plant J 57

      Pages: 207-219

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis.2009

    • Author(s)
      Yamamoto, YY., Yoshitsugu, T., Sakurai, T., Seki, M., Shinozaki, K., Obokata, J.
    • Journal Title

      Plant J (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光合成をするウミウシ2008

    • Author(s)
      山本義治, 種村尚典, 遊佐陽一, 平野弥生, 平野義明, 本村泰三, 小保方潤一
    • Journal Title

      うみうし通信 60

      Pages: 10-11

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ppdb 2.0 : 植物プロモーターデータベース2008

    • Author(s)
      山本義治, 小保方潤一
    • Organizer
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド 神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構2008

    • Author(s)
      工藤久幸, 山本義治, 中邨真之, 大谷将人, 長谷川桂子, 小保方潤一
    • Organizer
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド 神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] Promoter prediction from genome sequence2008

    • Author(s)
      Yamamoto YY, Oboakta J
    • Organizer
      The 55th NIBB Conference & Arabidopsis Workshop 2008 "Frontier of Plant Science in the 21st Century"
    • Place of Presentation
      Okazaki Conference Center, Okazaki
    • Year and Date
      20080913-20080915
  • [Presentation] 高等植物におけるコアプロモーターと遺伝子機能・構造の関係2008

    • Author(s)
      山本義治, 保方潤一
    • Organizer
      日本遺伝学会第80回大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20080903-20080905
  • [Presentation] プロモーター下流の転写領域による転写開始位置制御機構2008

    • Author(s)
      工藤久幸, 山本義治, 中邨真之, 大谷将人, 長谷川桂子, 小保方潤一
    • Organizer
      日本遺伝学会第80回大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20080903-20080905
  • [Book] ベーシックマスターシリーズ 細胞生物学2009

    • Author(s)
      尾張部克志, 他 編 小保方潤一 (分担執筆)
    • Publisher
      オーム社(印刷中)
  • [Book] RNA and DNA Editing (ed. by Harold C. Smith)2008

    • Author(s)
      Harold C. Smith編 Shikanai, T., Obokata, J. (分担執筆)
    • Total Pages
      426
    • Publisher
      Wiley Press
  • [Book] 生る 一生命誌年刊号(中村桂子 編)2008

    • Author(s)
      中村桂子 編 小保方潤一 (分担執筆)
    • Total Pages
      206
    • Publisher
      新曜社
  • [Remarks]

    • URL

      http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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