2009 Fiscal Year Annual Research Report
ポストゲノム時代の家畜生産現場における遺伝子情報の活用に関する研究
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19658104
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
廣岡 博之 Kyoto University, 農学研究科, 教授 (60192720)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
守屋 和幸 京都大学, 情報学研究科, 教授 (90159195)
野村 哲郎 京都産業大学, 工学部, 教授 (50189437)
熊谷 元 京都大学, 農学研究科, 准教授 (50221940)
大石 風人 京都大学, 農学研究科, 助教 (50452280)
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| Keywords | ゲノミックス / 遺伝性疾患 / QTL / SNP / マイクロサテライト / 交配様式 |
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| Research Abstract |
近年のヒトゲノムプロジェクトに代表されるゲノミックスの飛躍的な進歩と発展に伴い、一すべての哺乳類のDNAシークエンスの類似性が明らかになり、ヒトやマウスで開発された先端技術が家畜にも応用され、その結果、家畜に関する遺伝性疾患遺伝子や経済形質に関与する遺伝子(QTL)の位置と効果が解明されつつある。
本年度は以下の3つの研究を行った。その第1は、ゲノムワイドでの高密度なマーカーを用いて家畜の遺伝的能力を評価する方法の有用性をマウスのデータを用いて検討した。マウスの体長と総コレステロールの2形質を対象に、QTL解析データを基にして有意なSNPを10個選び、それらの相加的効果および優性効果を推定し、その効果を基にしてマーカースコアを作成した。その結果、表現型のみの情報を用いたときの体長と総コレステロールに関する遺伝分散は、表現型とマーカースコアの情報を両方取り込んだときの遺伝分散はそれぞれ0.020、0.042であり、表現型のみの情報を用いたときの半分程度であることを示した。現在、同様の方法を黒毛和種集団に適用すべく、枝肉重量に関与すると考えられる遺伝子マーカーを5個選び、タイピングを行っている。第2は、ゲノム育種価に加え、親の予測育種価、後代の表現型情報が利用できる場合を想定し、ゲノミック評価における育種価の正確度を検討した。その結果、ゲノム育種価の正確度が低いときは、ゲノム育種価、親の予測育種価に加え、後代の表現型情報を取り入れることで、さらなる育種価の正確度の上昇が見込まれることが示唆された。第3は、サンプル個体群のSNPマーカーにおけるヘテロ接合度過剰から集団の有効な大きさを区間推定する方法を開発した。コンピュータ・シミュレーションの結果は、開発した方法はNeについてわずかに幅の広い信頼区間1を与えるが、実用上きわめて有効性が高いことを示唆するものであった。
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