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2009 Fiscal Year Self-evaluation Report

Development of Practical Succinct Data Structures with Applications to Large-Scale Data Processing

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 19680001
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Fundamental theory of informatics
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

SADAKANE Kunihiko  Kyushu University, 情報学プリンシプル研究系, 准教授 (20323090)

Project Period (FY) 2007 – 2010
Keywordsアルゴリズム理論 / データ構造 / 情報検索
Research Abstract

Webページ,関係データベース,新聞記事,ゲノム配列など,現在大量のデータが存在し,それらを有効活用するための技術の開発が重要となっている.古典的な手法では,データをディスクに格納し,それを逐次的に読み込みながら処理を行うが,これでは速度が非常に遅く,また,限られた処理しか行えない.そこで現在は「主記憶データベース」と呼ばれる,全データを計算機のメモリ(主記憶)に格納して高速処理を行う手法が取られている.しかしこの手法でもデータの検索手法は古典的なアルゴリズムとデータ構造を用いているため,以下のような問題が存在する:
(1) 検索速度と,検索を行うために必要なメモリ量にはトレードオフが存在する.つまり,高速な検索を行うには大量のメモリが必要となる.
(2) 主記憶量の制限により,高速な検索を行えるデータ量は非常に小さくなる.
(3) データを圧縮することで必要メモリを減らすことができるが,データのランダムアクセスができなくなるため,検索が遅くなる.
これらの問題を解決するために提案されたものが簡潔データ構造である.
簡潔データ構造とは,データおよびそれを高速に処理するためのデータ構造(索引)のサイズを極限まで小さくし,なおかつ従来のデータ構造と同じ処理が同じ計算量で行えるものであり,申請者や海外の研究者らによりここ数年盛んに研究されている新しい概念である.簡潔データ構造を用いれば,大量のデータと索引をメモリに格納でき,高速処理が実現できる.
しかし,簡潔データ構造はまだ理論的な研究が始まったばかりであり,それを実際に活用する段階には至っていない.現在の理論的な結果をそのままプログラムとして実装すると,実行速度,索引サイズの点で満足のいくものにはなっていない.本研究では,理論的にも実際的にも優れた簡潔データ構造を開発し,それを大量データ処理に活用する.

  • Research Products

    (18 results)

All 2010 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Fully- Functional Succinct Trees2010

    • Author(s)
      K. Sadakane, G. Navarro
    • Journal Title

      SODA

      Pages: 134-149

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Succinct Trees in Practice2010

    • Author(s)
      D. Arroyuelo, R. Canovas, G. Navarro, K. Sadakane
    • Journal Title

      ALENEX

      Pages: 84-97

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Linear-Time Burrows-Wheeler Transform Using Induced Sorting.2009

    • Author(s)
      Daisuke Okanohara, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      SPIRE

      Pages: 90-101

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Breaking a Time-and-Space Barrier in Constructing Full-Text Indices.2009

    • Author(s)
      Wing-Kai Hon, Kunihiko Sadakane, Wing-Kin Sung
    • Journal Title

      SIAM J. Comput. 38(6)

      Pages: 2162-2178

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Online Algorithm for Finding the Longest Previous Factors.2008

    • Author(s)
      Daisuke Okanohara, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      ESA

      Pages: 696-707

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Practical Entropy-Compressed Rank/Select Dictionary.2007

    • Author(s)
      Daisuke Okanohara, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      ALENEX

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Compressed Dynamic Tries with Applications to LZ-Compression in Sublinear Time and Space.2007

    • Author(s)
      Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane, Wing-Kin Sung
    • Journal Title

      FSTTCS

      Pages: 424-435

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ultra-succinct representation of ordered trees.2007

    • Author(s)
      Jesper Jansson, Kunihiko Sadakane, Wing-Kin Sung
    • Journal Title

      SODA

      Pages: 575-584

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Compressed indexes fordynamiext collectionACM2007

    • Author(s)
      Ho-Leung Chan, Wing-Kai Hon, Tak Wah Lam, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      Transactions on Algorithms 3(2)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Space and Time Efficient Algorithm for Constructing Compressed Suffix Arrays.2007

    • Author(s)
      Wing-Kai Hon, Tak Wah Lam, Kunihiko Sadakane, Wing-Kin Sung, Siu-Ming Yiu
    • Journal Title

      Algorithmica 48(1)

      Pages: 23-36

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Succinct data structures for flexible text retrieval systems.2007

    • Author(s)
      Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      J. Discrete Algorithms 5(1)

      Pages: 12-22

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Faster suffix sorting.2007

    • Author(s)
      N. Jesper Larsson, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      Theoretical Computer Science 387(3)

      Pages: 258-272

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Compressed Suffix Trees with Full Functionality.2007

    • Author(s)
      Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      Theory of Computing Systems 41(4)

      Pages: 589-607

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 順序木の簡単・簡潔な表現法2009

    • Author(s)
      定兼邦彦
    • Organizer
      日本オペレーションズ・リサーチ学会研究部会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2009-11-26
  • [Presentation] 動的簡潔順序木2009

    • Author(s)
      定兼邦彦
    • Organizer
      電子情報通信学会コンピュテーション研究会
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2009-04-17
  • [Presentation] 括弧列の簡単・簡潔な表現法2008

    • Author(s)
      定兼邦彦
    • Organizer
      電子情報通信学会コンピュテーション研究会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2008-10-10
  • [Presentation] DNA配列に適した圧縮全文索引2008

    • Author(s)
      定兼邦彦
    • Organizer
      電子情報通信学会コンピュテーション研究会
    • Place of Presentation
      日本IBM東京基礎研究所
    • Year and Date
      2008-03-10
  • [Remarks]

    • URL

      http://researchmap.jp/sada

URL: 

Published: 2011-06-18   Modified: 2016-04-21  

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