2007 Fiscal Year Annual Research Report
CAGE絶対値遺伝子発現プロファイルによるヒトとマウスの組織特異性の網羅的解析
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19710166
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
竹中 要一 Osaka University, 情報科学研究科, 准教授 (00324830)
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| Keywords | 組織特異性 / 発現プロファイル / バイオインフォマティクス / 種間比較 / CAGE |
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| Research Abstract |
遺伝子の発現量mRNAの個数として.計測する絶対値遺伝子発現プロファイルを用いて、ヒトとマウスの組織特異性を解析する研究を行ってきた.近年の核酸配列読み取り機器の大幅な性能向上により、high performance biologyという分野が生まれつつある.本研究では、大量に得られた.核酸配列を発現プロファイルとして用い、且つGene Chip等の他手法では得られない加算性を活用した研究の嚆矢である.本年度は、ヒトとマウスにおけるGOの分子機能階層に対応する遺伝子群の発現総量に基づく網羅的な解析を行ってきた.
これまでに行われてきた遺伝子発現解析では、解析の単位は遺伝子であり、GO-termは各遺伝子に従属する情報でしかなかった.本研究では絶対値発現プロファイルの特長を活かしてGO-termを単位とした発現解析を行った.具体的にはヒトとマウスの実験データを用いて、以下の2項目の研究を遂行した.1)各実験条件におけるGO-Termの発現量を調査した.これにより、例えば肝臓で多く発現している遺伝子の分子機能を調べることができた.2)各実験条件において特異的に働く分子機能、及びある分子機能が特異的に働く実験条件の解斤を行った この解析においてハウスキーピング遺伝子を差分情報量により解析対象から除去する手法を提案している、この手法により、マウスの22の臓器において特徴的なGO-termを抽出しその差異の解析を行った.その結果、細胞間結合において、肝臓、心臓、肺臓、筋肉の差をGO-termを用いて情報科学的に表現する事が可能とした.
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