2008 Fiscal Year Annual Research Report
計算科学的手法を用いたインフルエンザウイルスヘマグルチニンの構造変化解析
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19780223
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
五十嵐 学 Hokkaido University, 人獣共通感染症リサーチセンター, 博士研究負 (10374240)
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| Keywords | インフルエンザ / ウイルス / 感染症 / 生体生命情報学 / 分子シミュレーション / 蛋白質 |
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| Research Abstract |
本研究では、計算科学的手法を用いて、インフルエンザウイルスの抗原変異に伴う抗原構造の変遷をアミノ酸変化と立体構造の変化から明らかにするため、以下の研究を遂行した。
(1) 抗原変異に伴う糖鎖付加パターンの抽出
(1) 配列解析による糖鎖付加部位の変遷履歴の作成
抗原変異に伴って、N-結合型糖鎖付加モチーフ(Asn-X-Ser/Thr)がどのように変遷して来たのかを塩基配列から抽出し、糖鎖付加部位の変遷を時系列で解析した。
(2) 配列解析による糖鎖付加部位の候補となるモチーフの抽出
遺伝子の1塩基変異でN-結合型糖鎖付加モチーフとなる部位を配列から抽出し、糖鎖付加部位の予測方法を開発した。
(3) 配列から抽出した糖鎖付加候補部位の3次構造上での評価
PDBのDB探索研究の結果から出の3次構造上どの様な場所に糖鎖が付加しやすいかを評価した。
(2) 抗原抗体反応の分子シミュレーション
(1) 抗原抗体反応の結合シミュレーション
HAと抗体が結合した結晶構造(PDBコード : IEO8やIQFU)を用いて、蛋白質問結合シミュレーションのテスト計算を行った。
(3) 新型インフルエンザウイルスが人の間で流行した場合の抗原変異の予測モデルを検討
得られた過去の抗原変異パターンを、現在新型インフルエンザとして、人の間での流行が懸念されている鳥インフルエンザウイルスに当てはめ、抗原変異の予測モデルを検討した。
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