2007 Fiscal Year Annual Research Report
高密度SNPアレイを用いたATL治療標的分子の探索
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19790661
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
山本 豪 The University of Tokyo, 医学部附属病院, 助教 (70396753)
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| Keywords | マイクロアレイ / ゲノム / 癌 / 遺伝子 / 内科 |
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| Research Abstract |
ATLの臨床検体について、SNPアレイを用いてゲノムコピー数の変化の網羅的解析を行った。はじめに、ATLの検査目的に採取した検体(末梢血やリンパ節)の残余を用いてDNAを抽出し、GeneChip SNPアレイの通常のプロトコールに従い、アレイ解析を行った。
データ解析は、研究代表者らが独自に開発した解析アルゴリズムを用いたソフトウェア(CNAG)を用いて行った。このアルゴリズムはアレイにより検出されるSNP毎のシグナル強度を、各種パラメータに対して高次・多重回帰分析などにより種々の補正を行うことにより、ノイズを除去し、コピー数の解析を行うものであり、今回の研究においても、従来にない高感度でゲノムコピー数変化をとらえることが可能であった。また、ATLの検体では正常細胞の混入した検体も含まれていたが、改良したアルゴリズムにより、そのような検体においても効率的に解析を行うことができた。SNPアレイでは、膨大なSNPの多型情報が同時に得られることから、単なるコピー数の変化だけではなく、アレル別のコピー数の解析もおこない、ゲノムのコピー数が正常であっても、heterozygosisを失う異常(loss of heterozygosis,LOH)の検出も同時に行った。
これらの解析により、ATLの細胞において、ゲノムコピー数異常が高頻度に集積する領域を同定することができた。次年度には、その領域についてさらに詳しく解析を進める計画である。
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