2007 Fiscal Year Annual Research Report
臨床診断用DNAチップを用いた食道癌に対する化学療法感受性予測システムの構築
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19790941
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
山崎 誠 Osaka University, 医学系研究科, 助教 (50444518)
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| Keywords | 食道癌 / 抗がん剤感受性 / 予測診断 / 遺伝子発現解析 / DNAチップ |
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| Research Abstract |
1.25例の化学療法前の生検サンプルを用いたヒト全遺伝子型DNAチップによる網羅的遺伝子発現解析の結果を用いて、化学療法の感受性に関わる遺伝子群の同定を行った。感受性群・非感受性群のそれぞれ2群において発現が異なる遺伝子を1万回のpermutation法を用いて順位付けした。この順位に基づいてweighted-vote法による予測診断を行ったところ、上位10〜200遺伝子で診断性能が最も高く約80%の診断精度であり、かつ安定した診断能力を有していた。
2.上位の200遺伝子の中からプライマーの設計が可能な遺伝子を無作為に17遺伝子を選択し、定量的RT-PCRを行った。先程用いた25例の生検サンプルによりPCRとDNAチップのデータ相関、および化学療法の感受性予測診断能を検討したところ、17遺伝子のうち7遺伝子において高い発現データの相関を有していた。これら7遺伝子の診断能力はDNAチップで得られた80%の診断能力とほぼ同等であった。さらに、新規の食道癌生検サンプルを用いた7遺伝子の発現パターンによる予測診断も70%程度の結果が得られた。さらにDNAチップとの相関の高い遺伝子の数を増やし、より高い診断能力を持つ診断システムを構築中である。
3.定量的RT-PCRによる検証実験に平行して、新たにサンプリングした化学療法前の生検サンプル20例の採取を完了した。ヒト全遺伝子型DNAチップによる遺伝子発現解析を行い、このデータを用いて感受性予測診断モデルの再検証を行う予定である。
臨床診断用DNAチップによる臨床応用に向けて、チップの改良を行っている。より汎用性を高めるために、インクジェット方式によるDNAプローブの基盤への配置を行い、チップ間でのグリッド形状の均一化、DNAプローブ濃度の高密度化と一定化を実現した。また、1チップあたりに8assayまで可能なチップを開発中である。
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