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2008 Fiscal Year Final Research Report

Construction of methods for the preparation of dye cluster by the conjugation with DNA

Research Project

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Project/Area Number 19850006
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Chemistry related to living body
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

KASHIDA Hiromu  Nagoya University, 大学院・工学研究科, 助教 (30452189)

Project Period (FY) 2007 – 2008
KeywordsDNA / 色素 / H会合体 / くし型会合
Research Abstract

本研究ではDNA二重鎖を"場"として利用し、色素を予め決められた数・配向・配列で整列させた色素超分子を調製することを目指した。D-スレオニノールを介して色素(メチルレッド)を二重鎖の対応する位置に導入したところ、極めて強い励起子相互作用を示した。また、NMRによる構造解析の結果、色素がらせん軸に対して垂直にスタッキングしていることがわかった。また、二重鎖の融解温度は色素数の増加と共に大幅に上昇したことから、導入した色素が"塩基対"として機能することが分かった。

  • Research Products

    (34 results)

All 2009 2008 2007

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (24 results)

  • [Journal Article] Modulation of pKa of Brooker's Merocyanine by DNA Hybridization2009

    • Author(s)
      H. Kashida, K. Sano, Y. Hara, H. Asanuma
    • Journal Title

      Bioconjugate Chem 20

      Pages: 258-265

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Threoninol as a scaffold of dyes (threoninol-nucleotide) and their stable interstrand clustering in duplexes2008

    • Author(s)
      H. Kashida, T. Fujii, H. Asanuma
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem 6

      Pages: 2892-2899

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Postsynthetic modification of DNA via threoninol on a solid support by means of allylic protection2008

    • Author(s)
      H. Asanuma, Y. Hara, A. Noguchi, K. Sano, H. Kashida
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett 49

      Pages: 5144-5146

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preparation of coherent hetero clusters with threoninol scaffold2008

    • Author(s)
      T. Fujii, H. Kashida, H. Asanuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. Symp. Ser 52

      Pages: 699-700

  • [Journal Article] Incorporation of cationic dyes into DNA for distinct stabilization of duplex2008

    • Author(s)
      H. Kashida, H. Itoh, T. Fujii, H. Asanuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. Symp. Ser 52

      Pages: 700-701

  • [Journal Article] Detection of genetic polymorphisms with high sensitivity by DNA-perylene conjugate2007

    • Author(s)
      H. Kashida, T. Takatsu, H. Asanuma
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett 48

      Pages: 6759-6762

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Asanuma 2', 6'-Dimethylazobenzene as an efficient and thermo-stable photoregulator for the photoregulation of DNA hybridization2007

    • Author(s)
      H. Nishioka, X. G. Liang, H. Kashida H
    • Journal Title

      Chem. Commun

      Pages: 4354-4356

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of novel dye aggregates based on "comb-type" sequence2007

    • Author(s)
      H. Kashida, T. Fujii, H. Asanuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp. Ser 51

      Pages: 11-12

  • [Journal Article] Preparation of "comb-type" hetero aggregates by DNA-dye conjugation2007

    • Author(s)
      T. Fujii, H. Kashida, H. Asanuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp. Ser 51

      Pages: 277-278

  • [Journal Article] Development of high-sensitive DNA probe by using perylene2007

    • Author(s)
      H. Kashida, T. Takatsu, H. Asanuma
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp. Ser 51

      Pages: 279-280

  • [Presentation] 二重鎖形成に伴うpKaの変化を利用した蛍光性DNAプローブの設計2009

    • Author(s)
      樫田啓・山口恭平, ほか
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-30
  • [Presentation] カチオン性色素による"塩基対"導入によるDNA二重鎖の安定化2009

    • Author(s)
      樫田啓ほか
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-30
  • [Presentation] 新規ビーコンの設計を目指したThreoninol nucleotide"塩基対"の吸収スペクトルと安定性の評価2009

    • Author(s)
      藤井大雅・樫田啓, ほか
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] ペリレン導入Threoninol nucleotideを活用した高感度モレキュラービーコンの設計2009

    • Author(s)
      高津智彦・樫田啓, ほか
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] 蛍光色素のDNAへの多数導入による高感度ラベル化法の開発2009

    • Author(s)
      樫田啓・関口康司, ほか
    • Organizer
      日本化学会第89春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] Preparation of coherent hetero clusters with threoninol scaffold2008

    • Author(s)
      T. Fujii, H. Kashida et.al.
    • Organizer
      35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      Kyoto
    • Year and Date
      20080908-12
  • [Presentation] Incorporation of cationic dyes into DNA for distinct stabilization of duplex2008

    • Author(s)
      H. Kashida et.al.
    • Organizer
      35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      Kyoto
    • Year and Date
      20080908-12
  • [Presentation] Preparation of dye aggregates by means of2008

    • Author(s)
      H. Kashida et.al.
    • Organizer
      DNA scaffolds XXII IUPAC Symposium on Photochemistry
    • Place of Presentation
      Gothenburg, Sweden
    • Year and Date
      20080728-0801
  • [Presentation] DNAを足場とした新規へテロ会合体の開発 : 極大吸収波長と励起子相互作用の関係2008

    • Author(s)
      藤井大雅・樫田啓, ほか
    • Organizer
      第39回中部化学関連学協会支部連合秋季大会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2008-11-09
  • [Presentation] DNA-色素コンジュゲーションを利用したコヒーレントヘテロクラスターの調製2008

    • Author(s)
      藤井大雅・樫田啓, ほか
    • Organizer
      第57回高分子討論会
    • Place of Presentation
      大阪府立大学
    • Year and Date
      2008-09-25
  • [Presentation] カチオン性色素会合を利用したDNA二重鎖の安定化2008

    • Author(s)
      樫田啓, ほか
    • Organizer
      第3回バイオ関連化学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2008-09-19
  • [Presentation] 蛍光色素導入DNAを用いた塩基欠失多型の高感度検出2008

    • Author(s)
      樫田啓ほか
    • Organizer
      第18回バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      上智大学
    • Year and Date
      2008-07-25
  • [Presentation] DNA二重鎖形成による励起子相互作用を伴う新規へテロ会合体の開発2008

    • Author(s)
      藤井大雅・樫田啓ほか
    • Organizer
      第57回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2008-05-30
  • [Presentation] ペリレンを利用した高感度な遺伝子多型検出用DNAプローブの開発2008

    • Author(s)
      高津智彦・樫田啓ほか
    • Organizer
      第57回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2008-05-30
  • [Presentation] 色素会合を利用したDNA二重鎖の安定化2008

    • Author(s)
      樫田啓ほか
    • Organizer
      第57回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2008-05-30
  • [Presentation] DNA二重鎖形成を利用したカチオン性色素会合体の調製2008

    • Author(s)
      伊藤栄紘、樫田啓, 他
    • Organizer
      日本化学会第88回春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] メロシアニン系色素導入DNAを用いた新規蛍光プローブの開発2008

    • Author(s)
      樫田啓ほか
    • Organizer
      日本化学会第88回春季年会
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2008-03-26
  • [Presentation] Development of high-sensitive DNA probe by using perylene2007

    • Author(s)
      H. Kashida, T. Takatsu et.al.
    • Organizer
      The Fifth International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2007-11-21
  • [Presentation] Construction of novel dye aggregates based on "comb-type" sequence2007

    • Author(s)
      H. Kashida et.al.
    • Organizer
      The Fifth International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2007-11-20
  • [Presentation] Preparation of "comb-type" hetero aggregates by DNA-dye conjugation2007

    • Author(s)
      T. Fujii, H. Kashida et.al.
    • Organizer
      The Fifth International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      2007-11-20
  • [Presentation] DNA 二重鎖形成に伴う"くし型"会合を利用したホモ色素クラスターの調製2007

    • Author(s)
      藤井大雅・樫田啓, ほか
    • Organizer
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2007-09-28
  • [Presentation] ペリレンのexcimer 発光を利用した遺伝子欠失多型検出用DNAプローブの開発2007

    • Author(s)
      高津智彦・樫田啓, ほか
    • Organizer
      第22回生体機能関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2007-09-28
  • [Presentation] DNA二重鎖形成を利用した色素超分子の調製2007

    • Author(s)
      樫田啓
    • Organizer
      第121回東海高分子研究会講演会
    • Place of Presentation
      ホテル犬山
    • Year and Date
      2007-09-07
  • [Presentation] DNAの二重鎖形成を利用したくし型色素クラスターの調製2007

    • Author(s)
      樫田啓ほか
    • Organizer
      第17回バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      上智大学
    • Year and Date
      2007-07-31

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Published: 2010-06-10   Modified: 2016-04-21  

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