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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the functional mechanisms associated with structural dynamics of antibodies by integration of cutting-edge measurement approaches

Research Project

Project/Area Number 19H01017
Research InstitutionNagoya City University

Principal Investigator

加藤 晃一  名古屋市立大学, 大学院薬学研究科, 教授 (20211849)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 矢木 真穂  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 准教授(兼任) (40608999)
谷中 冴子  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 准教授(兼任) (80722777)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords抗体 / 動的立体構造 / 相互作用 / Fc受容体 / 補体
Outline of Annual Research Achievements

最終年度は、免疫グロブリンG(IgG)を対象に、これまでに確立した実験計測手法を総合的に応用するとともに、計算科学的アプローチを駆使して抗体分子の柔構造中における機能部位の連関を解明することに取り組んだ。NMR計測においては、高度な安定同位体標識法を駆使してアミノ酸残基側鎖の信号観測と帰属を行い、これをプローブとして分子動態の探索を行なった。こうして抽出した分子構造のミクロ情報と溶液散乱や高速原子間力顕微鏡などを利用して得た分子構造のマクロ情報を統合して、IgGの分子構造のダイナミクスを多角的な観点から評価した。さらに、分子動力学シミュレーションによって得られたコンフォメーション空間の探査法を洗練させ、実験データとあわせて解釈することで分子内に張り巡らされたアロステリックネットワークを読み解く方法を確立した。これにより、分子に与えた摂動が分子構造動態に及ぼす影響を予測し、実験的に検証することを通じて抗体の分子改変を効率的に行うための指針を得た。分子改変にあたっては、Fc領域に結合している糖鎖とアミノ酸残基とのダイナミックな相互作用を考慮しつつ、分子内に隠されたエフェクター分子との相互作用部位を炙り出し、それらを活用した高機能分子の設計を検討した。Fcγ受容体(FcγR)との相互作用に関しては、FcγRIIIを対象に検討した結果を踏まえて、他のクラスのFcγRとの親和性を変調させることでエフェクター機能を制御することを目指したIgG分子の改変に取り組んだ。一方、IgG分子に隠された補体系第一成分との相互作用部位の探索を深め、得られた知見を基に分子改変を実施した。さらに、安定同位体標識を利用したNMRにより、血清成分が抗体のエフェクター機能に及ぼす影響も精査した。このように、本研究を通じて、次世代の抗体医薬を開発するうえで重要な知見を多数得ることができた。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Negative interference with antibody-dependent cellular cytotoxicity mediated by rituximab from its interactions with human serum proteins2023

    • Author(s)
      Yanaka Saeko、Yogo Rina、Yagi Hirokazu、Onitsuka Masayoshi、Wakaizumi Natsumi、Yamaguchi Yuki、Uchiyama Susumu、Kato Koichi
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fimmu.2023.1090898

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Glutamine-free mammalian expression of recombinant glycoproteins with uniform isotope labeling: an application for NMR analysis of pharmaceutically relevant Fc glycoforms of human immunoglobulin G12022

    • Author(s)
      Yanaka Saeko、Yagi Hirokazu、Yogo Rina、Onitsuka Masayoshi、Kato Koichi
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: 76 Pages: 17~22

    • DOI

      10.1007/s10858-021-00387-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Fab portion of immunoglobulin G has sites in the CL domain that interact with Fc gamma receptor IIIa2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Yuki、Wakaizumi Natsumi、Irisa Mine、Maruno Takahiro、Shimada Mari、Shintani Koya、Nishiumi Haruka、Yogo Rina、Yanaka Saeko、Higo Daisuke、Torisu Tetsuo、Kato Koichi、Uchiyama Susumu
    • Journal Title

      mAbs

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.1080/19420862.2022.2038531

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Experimental and computational characterization of dynamic biomolecular interaction systems involving glycolipid glycans2022

    • Author(s)
      Kato Koichi、Yamaguchi Takumi、Yagi-Utsumi Maho
    • Journal Title

      Glycoconjugate Journal

      Volume: 39 Pages: 219~228

    • DOI

      10.1007/s10719-022-10056-w

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Exploring the Structural Dynamics and Interactions of Antibodies: A Multidisciplinary Approach2023

    • Author(s)
      Saeko Yanaka, Rina Yogo, Hirokazu Yagi, and Koichi Kato
    • Organizer
      Symposium on Frontier Research for Disease-related Proteins and 2023 Korea-Japan Joint Meeting for Molecular Sciences
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation of conformational dynamics and interactions of antibodies towards their functional improvement2023

    • Author(s)
      Saeko Yanaka, Koichi Kato
    • Organizer
      日本薬学会 第143年会
  • [Presentation] Multifaceted observation of conformational dynamics and interactions of antibodies2022

    • Author(s)
      Saeko Yanaka, Rina Yogo, Hirokazu Yagi, Koichi Kato
    • Organizer
      ABA APPA & TBS Join Congress
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NMR approaches for the evaluation and advancement of antibody therapeutics2022

    • Author(s)
      Koichi Kato, Rina Yogo, Hirokazu Yagi, and Saeko Yanaka
    • Organizer
      29th ICMRBS
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Integrative approach for the observation of conformational dynamics and interactions of antibodies2022

    • Author(s)
      Saeko Yanaka, Koichi Kato
    • Organizer
      The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 抗体の高次構造と相互作用のダイナミクス2022

    • Author(s)
      加藤晃一,谷中冴子
    • Organizer
      第1回 日本抗体学会設立記念学術大会
    • Invited
  • [Presentation] Subsequent developments of the project on dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions2022

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      iNANO-IMS-ExCELLS Interdisciplinary Nanoscience Joint Meeting
    • Invited
  • [Presentation] From Antibody NMR to Integrative Glycoscience2022

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      20th IPR Retreat
    • Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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