2020 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of the human population history in boundary area between East Asia and Siberia based on ancient genome analysis
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19H01356
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
佐藤 丈寛 金沢大学, 医学系, 助教 (10558026)
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2019-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 古代ゲノム / 古人骨 / 集団遺伝学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
礼文島浜中2遺跡から出土したオホーツク文化終末期の人骨から取得した高精度のゲノムデータに基づく集団遺伝学的解析の成果を論文にまとめ、Molecular Biology and Evolution (MBE）に投稿したが、古代DNA分子の断片長がこれまで報告されているものと比較して極端に長かったことから、現生DNAの混入と判断されたためリジェクトとなった。査読者に指摘された懸念とその払拭のための追加解析を行い、現生DNAの混入ではないことを示した上でMBEの編集委員会に対し異議申し立てを行ったが、再投稿は認められなかったため、姉妹誌のGenome Biology and Evolutionに論文を投稿した。査読結果はMajor Revisionであったため、査読者に求められた追加解析を行い、改訂稿を投稿した。現在、再査読中である。
当該年度に予定していた新規の古人骨資料の収集については、新型コロナウイルスCOVID-19感染症の蔓延に伴い、予定されていた礼文島浜中2遺跡における発掘調査が中止となったため、実施できなかった。
ロシア‐モンゴル国境付近の遺跡から出土した匈奴期の個体から取得したDNAについてショットガンシーケンスを行った。マップ率は1.2%であったため、ディープシーケンスは困難と判断し、low-coverageデータでの解析を検討中である。モンゴルからロシアのバイカル湖周辺に至る地域の古人骨ゲノムに関する報告は、近年急速に増えており、比較に用いる公開データは豊富に存在する。これらについても大部分は既にデータ収集を終えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究で分析したDNA試料に、既報の古代DNA分子と比較して著しく長いDNA分子が含まれていた点について、古代DNA特有のダメージパターンの存在やコンタミネーション率が低いことを示すことによって、現生DNAの混入ではないことを示すことができると考えていたが、査読者の指摘が当初の想定より厳しく、当該年度はその懸念を払拭するための追加解析に追われる結果となった。
また、新型コロナウイルスCOVID-19感染症の蔓延により、予定していた資料収集活動が実施不可能になった。
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| Strategy for Future Research Activity |
新型コロナウイルスCOVID-19感染症収束の目処が未だに立たない現状を踏まえ、これ以上の新規資料の収集については一度断念し、既に収集済みの資料に焦点を絞って分析を進めるように方針を変更する。
オホーツク文化初期の人骨から回収したDNAについては、次世代シーケンシング用ライブラリーを調整したが、既に分析済みの資料と同様に長いDNA断片がかなりの割合で含まれていたため、まずはサイズセレクションを行って通常の古代DNAと同等の断片長をもつ分子に限定して分析を進めることとする。
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[Journal Article] Genome-wide association study of semen volume, sperm concentration, testis size, and plasma inhibin B levels2020
Author(s)
Youichi Sato, Atsushi Tajima, Misaki Kiguchi, Suzu Kogusuri, Aki Fujii, Takehiro Sato, Shiari Nozawa, Miki Yoshiike, Makiko Mieno, Kosuke Kojo, Masahiro Uchida, Haruki Tsuchiya, Kazumitu Yamasaki, Issei Imoto, Teruaki Iwamoto
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 65
Pages: 683-691
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Genome-wide analysis of the Nivkh people in the Sakhalin focused on the relationships between peopling history and linguistic diversity in Northeast Asia2020
Author(s)
Hiromi Matsumae, Takehiro Sato, Chiara Baribieri, Kae Koganebuchi, Nao Nishida, Eriko Ochiai, Motoki Osawa, Tadashi Imanishi, Ryosuke Kimura, Hideyuki Tanabe, Atsushi Tajima, Hiroki Oota9 Kentaro K. Shimizu
Organizer
日本進化学会第22回オンライン大会
