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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Integrated modeling for pattern formation of cell polarity formation in asymmetric cell division

Research Project

Project/Area Number 19H01805
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

李 聖林  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (50620069)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 暁  国立遺伝学研究所, 遺伝メカニズム研究系, 教授 (10365447)
栄 伸一郎  北海道大学, 理学研究院, 教授 (30201362)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywordsパターン形成 / 非対称細胞分裂
Outline of Annual Research Achievements

非対称細胞分裂は初期発生において細胞の多様化を生み出すもっとも重要な仕組みの一つである。本研究では非対称分裂過程において分子の動態のみに注目してきた従来の局所的なアプローチから離れ、細胞の高次元の形と細胞分裂の動的ダイナミクスおよび細胞間の相互作用(位置関係)を考慮した上で分子の動態を時空間的に考察できる大域的数理モデリングの開発に挑戦するため、まず、細胞の相対的位置関係がどう決まるのかについて考察を行った。
非対称細胞分裂を起こす線虫の初期胚では硬い卵の殻が存在し、その中で細胞が分裂くりかえず。非対称細胞分裂を生まれた娘細胞はそれぞれ機能が異なる上、それぞれが相互作用を行いながら次の非対称細胞分裂を準備するため、すべての細胞が的確な時間に的確な配置を行う必要がある。しかし、どうやって線虫の初期胚がそのような複雑なダイナミクスをロバストに制御しているかについては未だに分かってないことが多い。本研究ではまず、それを明らかにするために、細胞分裂と細胞の動きを表すことができるMulti-Phasefield法を用いたモデリングの構築を行い、どのようなファクターが細胞の配置決定に重要に関わるのかについて数値実験を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画の通りに、細胞の分裂と配置を同時に考察することができる数理モデルの構築に成功し、研究が順調に進んでいるため。

Strategy for Future Research Activity

数理モデル実験から特定された細胞配置における仕組みを、研究分担者である生物実験家と議論を進めながら、理論での発見を実験で示していく方向性を定める。
また、理論的な研究をメインに細胞の形と極性の関連性について数理モデルを構築し、進めていく。
特に、非対称細胞分裂における海外の研究者とも議論を活発化し、国際共同研究にも積極的に挑戦する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (2 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Oxford(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Oxford
  • [Int'l Joint Research] Ohio State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Ohio State University
  • [Journal Article] Transitions to slow or fast diffusions provide a general property for in-phase or anti-phase polarity in a cell2020

    • Author(s)
      Seirin-Lee S.、Sukekawa T.、Nakahara T.、Ishii H.、Ei S.-I.
    • Journal Title

      Journal of Mathematical Biology

      Volume: 80 Pages: 1885~1917

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01484-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Asymmetric cell division from a cell to cells: Shape, length, and location of polarity domain2020

    • Author(s)
      Seirin‐Lee Sungrim
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 62 Pages: 188~195

    • DOI

      DOI: 10.1111/DGD.12652

  • [Journal Article] The Generation of Dynein Networks by Multi-Layered Regulation and Their Implication in Cell Division2020

    • Author(s)
      Torisawa Takayuki、Kimura Akatsuki
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 8 Pages: 22

    • DOI

      10.3389/fcell.2020.00022

  • [Journal Article] Role of dynamic nuclear deformation on genomic architecture reorganization2019

    • Author(s)
      Seirin-Lee Sungrim、Osakada Fumitaka、Takeda Junichi、Tashiro Satoshi、Kobayashi Ryo、Yamamoto Takashi、Ochiai Hiroshi
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 15 Pages: 1007289

    • DOI

      DOI:10.1371/journal.pcbi.1007289

  • [Presentation] 形と生命における数学のさきがけ2020

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee
    • Organizer
      数学パワーが世界を変える2020
    • Invited
  • [Presentation] 反応拡散方程式、生命のパターン形成におけるその無限の才能2020

    • Author(s)
      李聖林
    • Organizer
      日本数学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Pattern Formation from Cell to Dermatolog2019

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee
    • Organizer
      A3 workshop for Mathematical Life Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A general property for in-phase and anti-phase cell polarities in asymmetric cell division2019

    • Author(s)
      S. Seirin-Lee
    • Organizer
      ICIAM2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Architectonics of the cell, as a crossroad of physics and genetics2019

    • Author(s)
      Kimura A
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞の構造計算と力学測定:線虫 C. elegans 胚における細胞核配置2019

    • Author(s)
      木村暁
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会12.0
  • [Presentation] 「力」に着目して分子の集団が細胞内の核配置を制御する仕組みを紐解く2019

    • Author(s)
      木村暁
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] Physical forces behind the spatial organizations of the cell2019

    • Author(s)
      木村暁
    • Organizer
      線虫研究の未来を創る会2019
  • [Book] 細胞建築学入門2019

    • Author(s)
      木村暁
    • Total Pages
      127
    • Publisher
      工学社
  • [Remarks] システム制御数理生物学研究室

    • URL

      https://sites.google.com/site/seirin711lee/home

  • [Remarks] 国立遺伝学研究所細胞建築研究室

    • URL

      http://cellarchlab.galaxy.bindcloud.jp/home_jp.html

  • [Funded Workshop] A3 workshop for Mathematical Life Sciences2019

URL: 

Published: 2021-01-27  

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