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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Integrated modeling for pattern formation of cell polarity formation in asymmetric cell division

Research Project

Project/Area Number 19H01805
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 暁  国立遺伝学研究所, 遺伝メカニズム研究系, 教授 (10365447)
栄 伸一郎  北海道大学, 理学研究院, 特任教授 (30201362)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords細胞配列 / Phase-fieldモデル / パターン形成
Outline of Annual Research Achievements

非対称細胞分裂は初期発生において細胞の多様化を生み出すもっとも重要な仕組みの一つである。注目すべきは細胞分裂の前に母細胞が自ら持つタンパク質を左右非対称に分布させる極性形成が、非対称細胞分裂全体のプロセスを左右する中枢的な役割を果たすことである。本研究では、細胞という空間要素を考えずに分子の動態のみに注目してきた従来の局所的なアプローチから完全に離れ、細胞の高次元の形と細胞分裂の動的ダイナミクスおよび細胞間の相互作用(位置関係)を考慮した上で分子の動態を時空間的に考察できる大域的数理モデリングの開発に挑戦し、そのモデル化を用いて新しい極性形成の数理理論の創出および細胞の多様化の仕組みを統合的に解明することを目指す。さらに、本研究では初期発生分化の数学的構造の解明および生物実験への検証を通じて細胞の多様化を制御する普遍的な仕組みを創出することを目指す。また、そのモデルを一般化式で表すことで、特定の細胞極性形成の現象のみならず 、細胞および細胞内外の生体分子の相互作用に基づいている発生現象の様々な 問題に応用可能とする。 本年度の研究では細胞の幾何学的性質と極性形成の関係性を数学的に一般化する数理的概念の構築に成功した。さらに線虫の初期胚の4細胞期の初期発生で起きる細胞配列の仕組みにおいて、実験のlive imagingから細胞ごとのparameterを推定する手法の構築を行い、細胞配列における物理的性質の特徴を取り出すことに成功した。これらの手法は全て細胞の種に依存しない普遍的なツールであり、今後マウスやサルのモデルにも有効に応用できることが期待される。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 5 results) Funded Workshop (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Oxford(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Oxford
  • [Int'l Joint Research] Ohio State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Ohio State University
  • [Journal Article] Turing Pattern Formation in Reaction-Cross-Diffusion Systems with a Bilayer Geometry2024

    • Author(s)
      Antoine Diez; Andrew Krause; Philip Maini; Eamonn Gaffney; Sungrim Seirin-Lee
    • Journal Title

      Bulletin of Mathematical Biology

      Volume: 86 Pages: 13-

    • DOI

      10.1007/s11538-023-01237-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Enucleation of the C. elegans embryo revealed the mechanism of dynein-dependent spacing between microtubule asters2023

    • Author(s)
      Ken Fujii; Tomo Kondo; Akatsuki Kimura
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 7 Pages: e202302427

    • DOI

      10.26508/lsa.202302427

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Bifurcation of co-existing traveling wave solutions in a three-component competition_diffusion system2023

    • Author(s)
      Shin-Ichiro Ei; Hideo Ikeda;Toshiyuki Ogawa
    • Journal Title

      Physica D: Nonlinear Phenomena

      Volume: 448 Pages: 133703

    • DOI

      10.1016/j.physd.2023.133703

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The dynamics of pulse solutions for reaction diffusion systems on a star shaped metric graph with the Kirchhoff's boundary condition2023

    • Author(s)
      Shin-Ichiro Ei; Ken Mitsuzono;Haruki Shimatani
    • Journal Title

      DCDS-B

      Volume: 28 Pages: 12

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2022209

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Mind the gap: The extra-embryonic space is crucial geometric constraint regulating cell arrangement2024

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      Winter Q-bio 2024
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cell Fate and Geometry2024

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      MATRIX-RIMS Tandem Workshop: Evolutionary Partial Differential Equations and Applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mind the gap: Space inside eggs steers first few steps of life2023

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      RIKEN NDR Symposium 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mind the gap: Space inside eggs steers first few steps of life2023

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      Society for Mathematical Biology Annual Meeting - 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mind the gap:The extra-embryonic space is crucial geometric constraints regulating cell arrangement.2023

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee; Kazunori Yamamoto; Akatsuki Kimura
    • Organizer
      ICIAM 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Patterning conditions in bilayer reaction-cross-diffusion systems2023

    • Author(s)
      Antoine Diez; Andrew L. Krause; Philip K. Maini; Eamonn A. Gaffney; Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      ICIAM 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 形と皮膚疾患をつなぐ数理皮膚医学2023

    • Author(s)
      Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      第4回『医学と数理』研究会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Identifying the reaction network for polarity establishment in C. elegans dorsal/ventral axis establishment2023

    • Author(s)
      Ryunosuke Saito; Masatoshi Nishikawa, Sungrim Seirin-Lee
    • Organizer
      The 61st Annual Meeting of BSJ
  • [Funded Workshop] OKO International Symposium2023

  • [Funded Workshop] International Workshop : Development across scales2023

URL: 

Published: 2024-12-25  

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