2021 Fiscal Year Annual Research Report
Quantitative Meta-barcoding for Rapid and Accurate Assessment of Species Diversity: Application to Community and eDNA samples
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19H02276
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| Research Institution | Ehime University |
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Principal Investigator |
渡辺 幸三 愛媛大学, 沿岸環境科学研究センター, 教授 (80634435)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
加藤 幹男 大阪府立大学, 高等教育推進機構, 教授 (30204499)
竹門 康弘 京都大学, 防災研究所, 准教授 (50222104)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | メタバーコーディング / 河川 / 生物多様性 / 環境DNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は以下３つの研究項目を実施した。
【項目１ DNAデータベースの超高速拡充】申請者が保管していた水生昆虫標本および今年度追加で採取した水生昆虫標本の合計288個体を対象に，各個体からDNAを抽出し、DNAバーコーディングに良く用いられるミトコンドリアDNAのCOIマーカーとｈ３マーカーを対象にDNA塩基配列をサンガーシークエンサーで解読した。得られた塩基配列の一部はDNAデータベース（NCBI）に登録した。また、168標本のPCR産物を混合し、次世代シーケンサー（Illumina Miseq）で解読した結果、全個体の配列が解読されることが確認できた。
【項目３ 砂州を活用した効率的な環境DNA回収技術の開発】静岡県天竜川を対象に、中流域の３つの砂州を選び，各砂州の上・下流端およびその中間地点で河床間隙水を採取した。そして，間隙水を濾紙に越した試料から抽出した環境DNAを対象に16S rRNA領域を対象とする細菌群集のDNAメタバーコーディング解析を行った。その結果、砂州上流端、下流端、その中間地点で大きくことなる種が検出されることがわかった。
【項目４ 迅速・正確な種多様性の評価】愛媛県肱川流域の源流～河口の60地点で，底生動物群集と環境DNAを採取した。窒素・リン，水温，餌資源（粒状有機物，藻類），流速等の底生動物の生息に関係する環境項目も調査した。底生動物はキックネット採取し，群集DNAを抽出した。河川水中の環境DNAも砂州上流端などから採取した。群集DNAおよび環境DNAのミトコンドリアDNAのCOIマーカーのメタバーコーディングから各地点の分類群数を評価した。地点間の分類群数の違いは地点間の平均流速と平均水深によって主に説明されることが明らかになった。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(12 results)
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[Journal Article] Contribution to the Knowledge of Limoniidae (Diptera: Tipuloidea): First Records of 244 Species from Various European Countries2021
Author(s)
Kolcsar L-P, P. Oosterbroek, D. I. Gavryushin, K. M. Olsen, N. M. Paramonov, V. Pilipenko, J. Stary, A. Polevoi, E. Eiroa, M. Andersson, J. Salmela, C. Quindroit, M. C. dOliveira, E. G. Hancock, J. Mederos, P. Boardman, E. Viitanen and K. Watanabe
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Journal Title
Biodiversity Data Journal
Volume: 9
Pages: e67085
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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