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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Investigations on Energy Dissipation Mechanisms in Atomic Force Microscopy in Liquids

Research Project

Project/Area Number 19H02598
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

小林 圭  京都大学, 工学研究科, 准教授 (40335211)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 固液界面 / エネルギー散逸
Outline of Annual Research Achievements

液中で動作する周波数変調原子間力顕微鏡(FM-AFM)により、原子・分子レベルでの表面構造、水和・溶媒和構造、電荷分布が可視化できるようになってきたが、これらは全て保存的相互作用力の計測に基づいているため、表面位置の決定や接触力・水和力・電気二重層力の区別が困難であった(一般に、AFM探針と試料との間にはたらく相互作用は保存的相互作用と散逸的相互作用に分けられる)。
本研究課題では、液中AFMにおける散逸エネルギーの測定精度を高め、保存力と散逸力を分離、相互に解析し、モデル試料を対象に散逸マッピングを行い、試料の構造・水和・電荷・機械的特性(機械的安定性や粘弾性)との相関を議論する。また、化学修飾した探針を用いて生体分子間の特異的相互作用力を計測し、結合・破断に伴うエネルギー散逸の計測を行う。
現在までに、カンチレバーの振動波形を高速デジタイザによって記録、振動波形をデジタルフィルタ処理後にヒルベルト変換、得られた解析信号の瞬時周波数および振幅を計算する方法を開発した。また、これを用いてマイカ-KCl水溶液界面における2次元フォースマッピングを行い、水和構造計測に成功した。また、マイカ-イオン液体水溶液界面における3次元フォースマッピングを行い、溶媒和力構造計測に成功した。一方、3次元フォースマッピングにおいて得られたタンパク質分子の表面形状像における高さヒストグラムから、3次元フォースマッピング時における探針による分子変形の大きさを見積もる方法を検討した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

カンチレバーの振動波形を高速デジタイザによって記録、振動波形をデジタルフィルタ処理後にヒルベルト変換、得られた解析信号の瞬時周波数および振幅を計算する方法により、既存の周波数検出器(PLL)より一桁程度高速に周波数シフト検出を行えることを確認した。また、これを用いてマイカ-KCl水溶液界面における2次元フォースマッピングを行い、水和構造計測に成功した。また、マイカ-イオン液体水溶液界面における3次元フォースマッピングを行い、溶媒和力構造計測に成功した。一方、3次元フォースマッピングにおいて得られたタンパク質分子の表面形状像における高さヒストグラムから、3次元フォースマッピング時における探針による分子変形の大きさを見積もる方法を検討した。さらに、カンチレバーの共振周波数を熱振動スペクトルからリアルタイムで計測するピークトラッキング熱振動顕微鏡法(PT-STNM)法を提案、開発した。

Strategy for Future Research Activity

生体分子間の特異的結合・破断を精密かつ高速に行うため、三角波・のこぎり波に限らず任意の波形を用いて探針を近接・離反させて周波数シフト、散逸エネルギー、平均たわみの情報を記録できるように2次元/3次元フォースマップ取得プログラムを修正する。biotin分子で修飾した探針を用いてstreptavidin上で次元/3次元マップを取得し、リンカー分子の長さを変えて実験を行い、生体分子間の特異的結合・破断、空間分解能、リンカー分子長の相関を調べる。

  • Research Products

    (31 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 13 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Atomic-Scale Three-Dimensional Local Solvation Structures of Ionic Liquids2020

    • Author(s)
      Umeda Kenichi、Kobayashi Kei、Minato Taketoshi、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 1343~1348

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b03874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Experimental study on molecular fluctuations of biomolecules by force spectroscopy2020

    • Author(s)
      Yamamoto Yuki、Kominami Hiroaki、Kobayashi Kei、Yamada Hirofumi
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 59 Pages: SIII03~SIII03

    • DOI

      10.35848/1347-4065/ab7b13

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 液中FM-AFMを用いた生体分子のナノスケール弾性率マッピング2020

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] streptavidin 2次元結晶へのbiotin分子特異結合と結晶無秩序化との相関に関する研究2020

    • Author(s)
      前田 祥吾, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] PEG-biotin修飾探針か_FM-AFM分解能に与える影響2020

    • Author(s)
      堀内 孝介, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 周波数変調原子間力顕微鏡を用いたフォースマッピングによるバクテリオロドプシンの表面物性計測2020

    • Author(s)
      深澤 直人, 木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 液中FM-AFMによるDNA G-wireイメージング2020

    • Author(s)
      熊谷 隼太郎, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] DNAオリガミを用いたタンパク質分子の固定とAFM表面形状測定への影響2020

    • Author(s)
      山本 悠樹, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第67回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡計測の最前線 -高分解能液中AFMおよび表面下構造イメージング2020

    • Author(s)
      山田 啓文, 小林 圭
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第62回シンポジウム
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡による生体分子間相互作用力の可視化2020

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      日本表面真空学会学術講演会
  • [Presentation] 瞬時周波数法FM-AFMを用いた固液界面水和構造計測(2)2020

    • Author(s)
      深澤 直人, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] フォースカーブ解析によるタンパク質分子のゆらぎ評価の検討(2)2020

    • Author(s)
      山本 悠樹, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 脂質膜表面を足場とする膜孔形成タンパク質分子のFM-AFMを用いたその場観察2020

    • Author(s)
      平田 芳樹, 木南 裕陽, 小林 圭, 田中 睦生、黒澤 茂、山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] treptavidin 2次元結晶へのbiotin修飾分子結合と結晶無秩序化との相関に関する研究(2)2020

    • Author(s)
      前田 祥吾, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] FM-AFMを用いたstreptavidin-biotin間特異的結合破断評価2020

    • Author(s)
      堀内 孝介, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] FM-AFMによる生体分子の分子スケール力学計測2020

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第80回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] Nanometer-Scale Viscoelastic Measurements by Peak-Tracking Scanning Thermal Noise Microscopy2019

    • Author(s)
      K. Kobayashi
    • Organizer
      The 4th international symposium on Elucidation of Property of Next Generation Functional Materials and Surface/Interface
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Investigation of Carrier Dynamics in Organic Polymer Thin-Film Transistors by Time-Resolved Kelvin-Probe Force Microscopy2019

    • Author(s)
      M. Takeshita, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      27th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM27)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Local Viscoelastic Measurements of Polymer Thin Films by Peak-Tracking Scanning Thermal Noise Microscopy2019

    • Author(s)
      K. Kobayashi, K. Kimura and H. Yamada
    • Organizer
      27th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM27)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Local Hydration Structure Measurements by Frequency-Modulation Atomic Force Microscopy with Instantaneous Frequency Method2019

    • Author(s)
      N. Fukazawa, H. Kominami, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      27th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM27)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural and Functional Visualization of Biomolecules by Frequency-Modulation Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, Y. Hirata and H. Yamada
    • Organizer
      32nd International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC 2019)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualization of Nanoparticles in Polymer Matrix by Scanning Thermal Noise Microscopy2019

    • Author(s)
      H. Tono, K. Kobayashi, Y. Hirata, K. Kimura, H. Yamada
    • Organizer
      32nd International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC 2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Experimental Study on Molecular Fluctuations of Biomolecules by Force Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, H. Kominami, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      32nd International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC 2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular-scale mechanical property mapping of biomolecules using FM-AFM in liquids2019

    • Author(s)
      H. Kominami, Y. Hirata, K. Kobayashi, H. Yamada
    • Organizer
      The 22nd International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Immobilization of biomolecules using DNA origami for force spectroscopy using FM-AFM2019

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, H. Kominami, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      The 22nd International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Peak-Tracking Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      K. Kobayashi
    • Organizer
      The 22nd International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Fast scanning thermal noise microscopy for visualization of buried nanostructures in a polymer matrix2019

    • Author(s)
      H. Tono, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      Molecular Electronics and Bioelectronics (M&BE10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation of local electric properties of organic polymer thin-film transistors by Kelvin-probe force microscopy2019

    • Author(s)
      M. Takeshita, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      Molecular Electronics and Bioelectronics (M&BE10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation of relationship between specific binding of biotinylated protains to streptavidin and disruption of streptavidin 2D crystals2019

    • Author(s)
      S. Maeda, H. Kominami, K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      Molecular Electronics and Bioelectronics (M&BE10)
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 京都大学大学院工学研究科電子工学専攻電子材料物性研究室(山田研究室)

    • URL

      http://piezo.kuee.kyoto-u.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 計測装置、原子間力顕微鏡、および計測方法2019

    • Inventor(s)
      小林 圭, 木村 邦子, 山田 啓文
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-139696

URL: 

Published: 2021-01-27  

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