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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of electron transfer dynamics theory of biological systems highly incorporating solvent response

Research Project

Project/Area Number 19H02677
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

吉田 紀生  名古屋大学, 情報学研究科, 教授 (10390650)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山口 毅  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (80345917)
中野 晴之  九州大学, 理学研究院, 教授 (90251363)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords積分方程式理論 / 電子移動 / エネルギー移動 / 溶媒和ダイナミックス理論 / 分極応答理論
Outline of Annual Research Achievements

生体系の電子移動過程においては、電子供与体および受容体をとりまく生体分子や溶媒分子といった環境のさまざまな性質が反応性に影響を与える。特に水分子の分布や配向の変化そして分極といった応答は電子移動の反応性を支配する重要な要因である。本研究では、分子性液体の積分方程式理論を基盤として、電子状 態理論および溶媒和ダイナミクス理論を組み合わせることで、高度に溶媒の応答を考慮した溶液内および生体内電子移動反応理論を構築する。この理論を用いて、生体内電子移動過程における電子状態変化と溶媒和ダイナミクスの相関を明らかにすることを目的とする。本年度は、昨年度までに開発した、溶媒分極を取り入れた3D-RISM理論と電子状態理論との連成手法を用いた応用に取り組んだ。この手法は、溶液内分子の電子状態理論である3D-RISM-SCF法の定式化と同様の手法を、溶媒分極型3D-RISM理論へ拡張したものである。この定式化では系の自由エネルギーを、溶質の電子波動関数、溶媒分極 密度、溶媒分子分布の汎関数と見なして変分法を適用することで、この連成手法に、理論的裏付けを与えることに成功した。本年度は、この手法をキノンーポルフィリン間励起電子移動過程に適用し、電子移動過程における溶媒の分子分子および分極電荷分布の応答に関して調査を行った。また、この手法を基盤として溶液内分子の相対論的電子状態理論の構築を行った。
また、これに並行して、拡張MOZプログラムの開発・整備を行った。この拡張にあたっては応募者がすでに開発済みのMOZプログラムを基盤とした開発を行った。
これらの研究成果は国際学会招待講演および査読付き国際学術誌上において報告された。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 11 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Kasetsart University(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      Kasetsart University
  • [Int'l Joint Research] Chiang Mai University(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      Chiang Mai University
  • [Journal Article] Phase equilibrium of three-component liquid systems composed of water, alcohol, and sodium chloride studied by the reference interaction-site model integral equation theory2023

    • Author(s)
      Yamaguchi Tsuyoshi、Chong Song-Ho、Yoshida Norio
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 158 Pages: 084502~084502

    • DOI

      10.1063/5.0142256

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Analysis of the Role of Water in Ligand Binding to Cucurbit[n]uril of Different Sizes2023

    • Author(s)
      Chiangraeng Natthiti、Nakano Haruyuki、Nimmanpipug Piyarat、Yoshida Norio
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 127 Pages: 3651~3662

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c00343

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Application of the reference interaction site model self-consistent field method based on the Dirac-Hartree?Fock wave function to a chemical reaction2023

    • Author(s)
      Kanemaru K、Watanabe Y、Yoshida N、Nakano H
    • Journal Title

      IOP Conference Series: Materials Science and Engineering

      Volume: 1280 Pages: 012002~012002

    • DOI

      10.1088/1757-899X/1280/1/012002

  • [Journal Article] Solvent effects in four‐component relativistic electronic structure theory based on the reference interaction‐site model2022

    • Author(s)
      Kanemaru Kodai、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 44 Pages: 5~14

    • DOI

      10.1002/jcc.27009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Study of phase equilibria and thermodynamic properties of liquid mixtures using the integral equation theory: Application to water and alcohol mixtures2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Tsuyoshi、Chong Song-Ho、Yoshida Norio
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 157 Pages: 234502~234502

    • DOI

      10.1063/5.0131475

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Molecular Solvation Theory for Material Design2023

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Recent developments in molecular solvation theory2023

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      StudyCamp 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 3D-RISM理論を基盤としたマルチスケール手法の開発と展開2022

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      電気化学界面シミュレーションコンソーシアム
    • Invited
  • [Presentation] Development of a hybrid method based on 3D-RISM theory for biomolecules2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      The 25th international annual symposium on computational science and engineering
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Theoretical study of protein structure and function based on the solvation theory of biomolecules2022

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Development of solvent-polarizable 3D-RISM theory2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi
    • Organizer
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2020
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生体分子の溶媒和統計力学理論によるタンパク質機能解析への展開2022

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      物性研短期研究会2020「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験の密な協働」
    • Invited
  • [Presentation] Development of theory of solvation and fluctuation of biomolecule2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      Joint Meeting of the 20th KIAS Conference on "Protein Structure and Function" and The 7th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Development of Dynamic Solvation Theory for Biomolecules2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      日本生物物理学会年会2022
    • Invited
  • [Presentation] Development of a hybrid method of three-dimensional reference interaction-site model theory and quantum chemical electronic structure theory for biomoleculese2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Kota Kinabalu 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular Solvation Theory for Material Design2022

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      2022 International Conference on Materials Research and Innovation
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] Yoshida Group home page

    • URL

      https://sites.google.com/view/yoshida-group/home

URL: 

Published: 2023-12-25  

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