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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of Molecular Mechanism for Activation of High-Valent Metal-Oxo species through their interaction with G-Quadruplexes and Creation of Novel DNAzymes

Research Project

Project/Area Number 19H02824
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

山本 泰彦  筑波大学, 数理物質系, 教授 (00191453)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 鈴木 秋弘  長岡工業高等専門学校, 物質工学科, 教授 (60179190)
百武 篤也  筑波大学, 数理物質系, 准教授 (70375369)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords四重鎖DNA / ヘム / G-カルテット / 酸化触媒作用 / 機能性核酸
Outline of Annual Research Achievements

D. Sen(Canada)らは、鉄ボルフィリン錯体のヘムはDNAに結合して酸化触媒作用を示す複合体を形成することを発見した。D. Senらのこの発見から20年以上も、当該複合体の機能と構造の関係は不明であった。核酸塩基の配列で、グアニンが豊富な領域はG-カルテットと呼ばれる特徴的な構造の形成を通して、グアニン四重鎖として存在する。本研究は、ヘムがグアニン四重鎖のG-カルテットに特異的に結合し、高い酸化触媒活性を示す複合体(ヘムDNA酵素)を形成することを明らかにした私共の研究成果に基づいて実施した。
まず、ヘムDNA酵素の酸化触媒サイクルでは、Compound Iと呼ばれる高い反応性を示すオキソ鉄4価ポルフィリンπカチオンラジカル錯体が反応中間体として生じると予想した。ヘムDNA酵素に過酸化水素(H2O2)を添加して調製した試料の液体ヘリウム温度での電子スピン共鳴(ESR)スペクトルでは、g値約2にCompound I由来のシグナルが観測され、Compound Iの生成を実証することに成功した。また、ヘムDNA酵素の触媒サイクルにおけるCompound Iの生成は、ヘム近傍に核酸塩基アデニンやプロトン化されたアミノ基が存在すると促進されることも明らかにした。これらの官能基は、Compound Iの生成に必要なヘム鉄に結合した過酸化水素のO-O結合の開裂を促進すると考えられる。さらに、ヘムDNA酵素のヘム鉄には、ヘムとG-カルテットの接触界面の疎水性空間に孤立するH2Oが軸配位子として結合することを明らかにすることにも成功した。当該H2Oの分極は通常のH2Oより約16%大きいことが予想されることから、ヘムDNA酵素におけるCompound Iの生成で、当該H2Oがヘム酵素ペルオキシダーゼなどでのヘム鉄の軸配位子ヒスチジンと同様な電子的役割を担っていることが明らかになった。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (26 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 13 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Nature of a H2O Molecule Confined in the Hydrophobic Interface between the Heme and G-Quartet Planes in a Heme-DNA Complex2022

    • Author(s)
      Nakajima Yusuke、Momotake Atsuya、Suzuki Akihiro、Neya Saburo、Yamamoto Yasuhiko
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 61 Pages: 523~534

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00751

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Heme Electronic Structure and Local Heme Environment on Catalytic Activity of a Peroxidase-Mimicking Heme?DNAzyme2021

    • Author(s)
      Hagiwara Shota、Momotake Atsuya、Ogura Takashi、Yanagisawa Sachiko、Suzuki Akihiro、Neya Saburo、Yamamoto Yasuhiko
    • Journal Title

      Inorganic Chemistry

      Volume: 60 Pages: 11206~11213

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.1c01179

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular recognition of G-quadruplex DNA by Pheophorbide a2021

    • Author(s)
      Okamoto China、Momotake Atsuya、Kobayashi Masami、Yamamoto Yasuhiko
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 50 Pages: 1278-1281

    • DOI

      10.1246/cl.210130

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A cationic copolymer as a cocatalyst for a peroxidase-mimicking heme-DNAzyme2021

    • Author(s)
      Araki Haruka、Hagiwara Shota、Shinomiya Ryosuke、Momotake Atsuya、Kotani Hiroaki、Kojima Takahiko、Ochiai Takuro、Shimada Naohiko、Maruyama Atsushi、Yamamoto Yasuhiko
    • Journal Title

      Biomaterials Science

      Volume: 9 Pages: 6142~6152

    • DOI

      10.1039/d1bm00949d

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 四重鎖DNAのキラターゼ活性2022

    • Author(s)
      鳥越果林,岡本千奈,百武篤也,山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会(2022)
  • [Presentation] フェオホルバイドaとグアニン四重鎖DNAの相互作用2022

    • Author(s)
      岡本千奈,百武篤也,小林正美,山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会(2022)
  • [Presentation] ヘム-DNA酵素におけるヘムとG-カルテットの接触界面に存在する水分子の解析2022

    • Author(s)
      中島優輔,百武篤也,鈴木秋弘,根矢三郎,山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会(2022)
  • [Presentation] アニオン性フタロシアニン-四重鎖DNA複合体の解析2022

    • Author(s)
      小田原佑典,百武篤也,山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会(2022)
  • [Presentation] 熱安定性が高いヘム-DNA酵素のペルオキシダーゼ活性の解析2022

    • Author(s)
      深澤大輝,百武篤也,山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会(2022)
  • [Presentation] Characterization of a Complex Between Heme(Fe3+) and a G-quadruplex DNA2021

    • Author(s)
      Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular Recognition of G-Quadruplex DNAs by Tetrapyrrole Macrocyclic Ligands2021

    • Author(s)
      C. Okamoto, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of Myoglobins Where Exogenous Ligands Replace the Proximal Histidine2021

    • Author(s)
      R. Murata, T. Sugita, T. Matsuo, S. Hirota, S. Yanagisawa, S. Neya, A. Suzuki, O. Shoji, Y. Watanabe, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Heme Electronic Structure and Local Heme Environment of a Peroxidase-Mimicking Heme-DNAzyme2021

    • Author(s)
      S. Hagiwara, A. Sugahara, R. Shinomiya, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction between Heme and Non-Standard Base Inosine(I)-Quartet2021

    • Author(s)
      A. Momotake, A. Sugahara, K. Torigoe, Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction between Zn(II) Phthalocyanine Derivatives and a G-Quadruplex DNA2021

    • Author(s)
      S. Homma, M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      Joint Conference of 22nd ISMAR, 9th APNMR, 60th NMRSJ(2021), and 60th SEST
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elucidation of the Regulatory Mechanism for Peroxidase Activity of DNAzyme Possessing Heme2021

    • Author(s)
      S. Hagiwara, R. Shinomiya, A. Momotake, S. Neya, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of a Complex Consisting of Paramagnetic Heme(Fe3+) and G-Guadruplex DNA Formed from d(TAGGGTGGGTTGGGTGIG)2021

    • Author(s)
      Y. Nakajima, S. Neya, A. Suzuki, A. Momotake, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Study of Myoglobin Reconstituted with a Chemically-Modified Heme Cofactor Possessing a Trifluoro Methyl Group at 5-Meso Position2021

    • Author(s)
      R. Murata, A. Momotake, A. Suzuki, T. Matsuo, S. Hirota, S. Neya, M. Senda, T. Senda, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction between Heme and I-quartet in a Heme-DNAzyme2021

    • Author(s)
      T. Torigoe, A. Momotake, S. Neya, S. Yanagisawa, T. Ogura, A. Suzuki, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Study on the Effect of G-Quadruplex DNA on Photochemical Behaviors of Cationic Phthalocyanine Derivatives2021

    • Author(s)
      M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular Recognition of G-Quadruplex DNA by Pheophorbide a2021

    • Author(s)
      C. Okamoto, A. Momotake, M. Kobayashi, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction of Cationic Phthalocyanine Derivatives with Guanine Nucleobases2021

    • Author(s)
      S. Homma, M. Uchiyama, A. Momotake, T. Ikeue, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 生命金属錯体と核酸の組織化による機能創発と生命金属元素戦略解明への応用2021

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      新学術領域研究「生命金属科学」領域会議 第四回地方巡業(東京)
  • [Presentation] Interaction between Tetrapyrrole Macrocycles and Quadruplex Nucleic Acids2021

    • Author(s)
      Y. Yamamoto
    • Organizer
      60th Annual Meeting of the Nuclear Magnetic Resonance Society of Japan (2021)
  • [Presentation] 生命金属錯体と核酸の組織化による機能創発と生命金属元素戦略解明への応用2021

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      生命金属科学 ルスツ夏合宿
  • [Remarks] 筑波大学 数理物質系 生物無機化学研究室

    • URL

      https://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/gyouseki.php

URL: 

Published: 2022-12-28  

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