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2019 Fiscal Year Annual Research Report

機能性タンパク質結晶の細胞内合成

Research Project

Project/Area Number 19H02830
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 古田 忠臣  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10431834)
山下 恵太郎  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (20721690)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords細胞内結晶化 / タンパク質工学 / 結晶構造解析
Outline of Annual Research Achievements

結晶化機構の解明には、結晶を構成する蛋白質単量体間の相互作用の理解が重要である。異なる種の多角体結晶構造の比較から申請者はいくつかの領域が多角体ウイルスの内包に関わる領域であり、結晶化に必須の相互作用を有する領域ではないと考えた。そこで、研究代表者が各領域を遺伝子工学的に欠損させた変異多角体を作成し、ウイルスを含まない多角体結晶で実験を進めた。具体的には、単量体あたり8残基から50残基の欠損部位を有する変異多角体を作成した。複数の領域を同時に欠損させることにより、結晶内で大きな空間が形成された。得られる結晶が数μmの微小サイズであることから、微小結晶に特化した大型放射光施設BMにてデータ収集を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では、多角体モノマー中のループ領域へミニタンパク質を融合した複合結晶を設計した。各種同定により結晶形成を確認し、得られた約1umの微小結晶から、SPring-8の微小結晶用ビームラインを用いて高分解能の構造解析に成功した。複合結晶内のミニタンパク質領域は、周辺残基との相互作用により構造が安定されていた。

Strategy for Future Research Activity

多角体結晶のエンジニアリング(2020年度)
前年度に合成した変異結晶を鋳型とし、ペプチドフラグメントを導入した変異多角体の結晶を作成する。欠損領域の組合せにより、欠損変異体では結晶内での多角体集積に伴う特徴的な空間が形成される。そこで、その部位にふさわしい残基数や構造を有するペプチドフラグメントを融合する。当初は10残基程度を融合させる。さらに、大きなフラグメントの導入も試みる。前年度に確立したスクリーニング手法で結晶を得る。

  • Research Products

    (41 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (28 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 7 results) Book (2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Int'l Joint Research] 清華大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      清華大学
  • [Int'l Joint Research] マサチューセッツ工科大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      マサチューセッツ工科大学
  • [Int'l Joint Research] TATA基礎科学研究所(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      TATA基礎科学研究所
  • [Journal Article] Design of Multinuclear Gold Binding Site at the Two-fold Symmetric Interface of the Ferritin Cage2020

    • Author(s)
      Hishikawa, Yuki; Maity, Basudev; Ito, Nozomi; Abe, Satoshi; Lu, Diannan; Ueno, Takafumi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1246/cl.200217

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamic behavior of an artificial protein needle contacting a membrane observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Ueno Takafumi、Niwase Kento、Tsubokawa Daisho、Kikuchi Kosuke、Takai Natsumi、Furuta Tadaomi、Kawano Ryuji、Uchihashi Takayuki
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1039/D0NR01121E

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Site-Selective Protein Chemical Modification of Exposed Tyrosine Residues Using Tyrosine Click Reaction2020

    • Author(s)
      Sato Shinichi、Matsumura Masaki、Kadonosono Tetsuya、Abe Satoshi、Ueno Takafumi、Ueda Hiroshi、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.0c00120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coordination design of cadmium ions at the 4-fold axis channel of the apo-ferritin cage2019

    • Author(s)
      Abe Satoshi、Ito Nozomi、Maity Basudev、Lu Chenlin、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 48 Pages: 9759~9764

    • DOI

      10.1039/C9DT00609E

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Recent progresses in the accumulation of metal ions into the apo-ferritin cage: Experimental and theoretical perspectives2019

    • Author(s)
      Maity Basudev、Hishikawa Yuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Polyhedron

      Volume: 172 Pages: 104~111

    • DOI

      10.1016/j.poly.2019.03.048

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Construction of Fibril Protein Assembly From Protein Crystals2020

    • Author(s)
      Thuc Toan PHAM,Satoshi Abe,Hashiru Negishi,Takafumi Ueno
    • Organizer
      The 100th CSJ Annual Meeting
  • [Presentation] ミニタンパク質融合多角体タンパク質の細胞内結晶化2020

    • Author(s)
      小島摩利子,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] Design of the Two-dimensional Protein Assembly Patterns by Modifying the Tip of β-helical Protein Needle2020

    • Author(s)
      Kosuke Kikuchi,Takafumi Ueno
    • Organizer
      The 100th CSJ Annual Meeting
  • [Presentation] タンパク質の迅速構造解析を目指した多角体の結晶化設計2020

    • Author(s)
      安部 聡,小島摩利子,小暮遼河,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会(2020)
  • [Presentation] 細胞内結晶化の最適化2020

    • Author(s)
      小暮遼河,安部 聡,上野隆史
    • Organizer
      日本化学会 第100春季年会(2020)
  • [Presentation] Disassembly reaction of the ferritin cage observed by high-speed AFM2020

    • Author(s)
      MAITY Basudev,Zhipeng LI,Kento NIWASE,Diannan LU,Takafumi UENO,Takafumi
    • Organizer
      The 100th Annual Meeting 2020 of CSJ
  • [Presentation] Artifical enzymes Artifical enzymes using protein assemblies2020

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      8th ELSI SYMPOSIUM EXTENDING VIEWS OF CATALYSIS
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 外来タンパク質固定化のための細胞内タンパク質結晶の空間設計2019

    • Author(s)
      安部 聡,上野隆史
    • Organizer
      日本結晶学会令和元年(2019年度)年会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による針状タンパク質の集合体構造の解析2019

    • Author(s)
      菊池幸祐,上野隆史
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ2019
  • [Presentation] Engineering of Protein Assembly? for Coordination Chemistry2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      12th CJJSMCC 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アミロイドβ融合蛋白質ケージの設計とその動的挙動解析2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第9回CSJ化学フェスタ
  • [Presentation] 多角体タンパク質の結晶化設計2019

    • Author(s)
      安部 聡,小島摩利子,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 原子、分子そして生命へ2019

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      錯体化学会第69回討論会
    • Invited
  • [Presentation] ミニタンパク質融合多角体タンパク質の結晶設計2019

    • Author(s)
      小島摩利子,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による針状タンパク質の集合体観察2019

    • Author(s)
      菊池幸祐,上野隆史
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] アミロイドβオリゴマー形成機序の解明に向けた融合蛋白質ケージの設計2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 球状タンパク質フェリチンを用いたアミロイドβオリゴマーの動的挙動追跡2019

    • Author(s)
      亀山志織,MAITYBASUDEV,安部聡,上野隆史
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] Construction of Supramolecular Structures from Protein Crystals2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of Protein Needle with Cargo Protein from Norovirus2019

    • Author(s)
      Que Dan NGUYEN,Kazuhiko Katayama,Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Assembly Formation of Needle-Like Protein from Bacteriophage T4 Observed by High Speed Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      Kosuke Kikuchi,Kento Niwase,Takafumi Ueno
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In Cell Protein Crystals Containing Organometallic Complexes2019

    • Author(s)
      Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Creation of functional materials using in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Satoshi Abe,Makoto Kasamatsu,Takafumi Ueno
    • Organizer
      第68回高分子年次大会
  • [Presentation] In vivo crystallization of polyhedra protein fused with metal binding peptide”2019

    • Author(s)
      Mariko Kojima,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] Protein Crystal Engineering for Coordination Chemistry2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      China-Japan Symposium of Functional Coordination Chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] In cell design of protein assembly materials2019

    • Author(s)
      Takafumi Ueno
    • Organizer
      Japan-BIOCEV conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Solid-biocatalysts constructed from immobilized enzymes within in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Tien Khanh Nguyen,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      13th Biofunctioned conference
  • [Presentation] Solid biocatalysts designed from in vivo protein crystals2019

    • Author(s)
      Tien Khanh Nguyen,Satoshi Abe,Takafumi Ueno
    • Organizer
      68th Symposium on Macromolecules
  • [Presentation] タンパク質結晶工学による新機能材料2019

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • Invited
  • [Book] 機能性高分子金属錯体2019

    • Author(s)
      安部 聡、上野隆史
    • Total Pages
      印刷中
    • Publisher
      三共出版
  • [Book] 光エネルギー変換における分子触媒の新展開2019

    • Author(s)
      安部 聡、上野隆史
    • Total Pages
      印刷中
    • Publisher
      化学同人
  • [Remarks] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質結晶の製造方法及び結晶構造解析方法2020

    • Inventor(s)
      上野隆史、安部 聡、小島摩利子
    • Industrial Property Rights Holder
      上野隆史、安部 聡、小島摩利子
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-027386
  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質固体材料の製造2019

    • Inventor(s)
      上野隆史、安部 聡、小島摩利子
    • Industrial Property Rights Holder
      上野隆史、安部 聡、小島摩利子
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2019-145456

URL: 

Published: 2021-12-27  

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