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2019 Fiscal Year Annual Research Report

合成単分子シャペロンの開発

Research Project

Project/Area Number 19H02831
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

金原 数  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (30282578)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsポリエチレングリコール / タンパク質凝集抑制 / 変性 / 熱応答性 / AFM / 大環状化合物
Outline of Annual Research Achievements

1)本研究課題で目的とする合成単分子シャペロン開発において,最も重要な過程である単分散大環状オリゴエチレングリコール骨格の合成について,オクタエチレングリコールを基本単位として,3量体,6量体の環状化合物の効率的な合成に成功した。また,少量ではあるが,さらに大きな多量体についても生成を確認することができ,構造化PEG部の合成ルートの開拓に関して一定の目途をつけることができた。
2)触媒リガンドの前駆体となる分子について,オリゴエチレングリコールを導入した誘導体の合成に成功した。これらの水中での挙動について,興味深い知見を得ることができた。
3)大環状オリゴエチレングリコールの水中での性質について,特に温度応答を中心に検討した。これらの水溶液について,種々の温度において動的光散乱測定することにより,高温では分子の疎水性が増大し,分子集合体形成が促進される様子を確認することができた。
4)上記と関連して,水中での分子の形状についてAFMを用いて単分子観察を行った。その結果,興味深い形状の分子をいくつか確認することができた。
5)大環状オリゴエチレングリコールのタンパク質に対する作用について検討した。具体的には,リゾチームをモデルとして,加熱―冷却操作におけるこれらの分子の凝集抑制効果を検証した。その結果,これらが比較的高い凝集抑制効果を示すことを見いだした。
6)上記と関連して,計算化学的手法により検討を行った。具体的には,大環状オリゴエチレングリコールとタンパク質との相互作用について分子動力学法によるシミュレーションを行なった。その結果,これらが相互作用する様子の観察に成功し,動的挙動の解析を行うことができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1)本研究における第一の関門は,大環状構造化PEG誘導体の合成を達成することである。これについては,前述したようにオクタエチレングリコールを単位とした,3量体,6量体の合成に成功しており,これにより様々な大きさの誘導体の合成が可能となったと考えられる。
2)触媒リガンドはカチオン性を有する構造であり,水溶性の高いオリゴエチレングリコールを導入した場合,単離精製に困難を伴うことが予想された。反応終了後の操作を工夫することでこれを回避できたが,これは今後の研究進捗のために非常に重要な成果である。
3)これまでの先行研究から,3量体,6量体の構造化オリゴエチレングリコールが温度応答性を有することが分かっていたため,今回もオクタエチレングリコールを基本単位とした誘導体について検討したが,同様に3量体,6量体で温度応答性を有することが確認できた意義は大きい。
4)6量体より大きな誘導体については,AFMにより直接分子の形状を観察できる可能性が強く示唆された。これは,分子レベルでの解析をする上で極めて意義の高い結果であり,特に高分子量のタンパク質を標的にする場合に役立つものと期待される。
5)リゾチームにおいて,凝集抑制効果が確認できたことは,本研究課題の目的であるシャペロン効果を発揮する上で必須の性質であるため,極めて重要である。今後は,他のタンパク質に対する効果を検証することで,最適な分子構造,サイズ等の知見が得られることが期待される。
6)計算化学的手法は,直接観察できない現象の理解の大きな助けになるが,今回,大環状オリゴエチレングリコールとタンパク質の混合系に適用可能であることが確認できた。分子設計の最適化に向けて大いに役立つことが期待される。これら,1)~6)を勘案して,研究課題が概ね順調に推移しているという結論に至った。

Strategy for Future Research Activity

1)前年度に引き続き,単分散大環状オリゴエチレングリコール骨格の合成法の検討を行なう。オクタエチレングリコールだけでなく,申請者らが合成法を確立した,12量体,16量体の単分散オリゴエチレングリコールを用いた検討により,タンパク質分子集合体に対し作用する分子を開発する。
2)前年度に合成に成功したリガンド部を組み込んだ大環状オリゴエチレングリコール骨格の構築を検討する。特に,3量体,6量体へ導入法を検討する。さらに,このリガンド部を有するGrubbs触媒の合成法を確立する。
3)上記で合成した水溶性Grubbs触媒の反応性を検討し,水中での反応に適した反応基質の探索を行う。また,水中での分子集合挙動を検討し,集合状態が反応性に与える影響を検討する。また,触媒反応の温度依存性についても検討する。
4)前年度に引き続き,リゾチームの他に,自発的リフォールディングを起こしにくく,分子シャペロン効果を検証しやすいタンパク質を用いて,単分散大環状オリゴエチレングリコール誘導体による熱凝集抑制効果を検討する。さらに,分子シャペロン効果の有無について検討する。
5)上記で合成した水溶性Grubbs触媒を用いて,この触媒がタンパク質の構造や活性に与える影響を調べる。さらに,これが反応基質を加えた場合に与える影響について詳細に検討する。続いて,この触媒によるタンパク質の熱凝集抑制効果を検討する。特に触媒単独の場合と反応基質の存在下での効果の差異の有無を中心に調べる。さらに,また,単独のタンパク質だけでなく,タンパク質の凝集体に対しこの触媒を加えた場合の効果についても検討する。
6)前年度に引き続き,分子動力学シミュレーションによる構造化オリゴエチレングリコール分子とタンパク質との相互作用の解析を行なう。

  • Research Products

    (32 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 5 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ボルドー大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      ボルドー大学
  • [Int'l Joint Research] アイルランド国立大学(アイルランド)

    • Country Name
      IRELAND
    • Counterpart Institution
      アイルランド国立大学
  • [Journal Article] Aromatic Fluorination of Multiblock Amphiphile Enhances Its Incorporation into Lipid Bilayer Membranes2020

    • Author(s)
      Sasaki Ryo、Sato Kohei、Kinbara Kazushi
    • Journal Title

      ChemistryOpen

      Volume: 9 Pages: 301~303

    • DOI

      10.1002/open.201900374

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] New Modified Deoxythymine with Dibranched Tetraethylene Glycol Stabilizes G-Quadruplex Structures2020

    • Author(s)
      Tateishi-Karimata Hisae、Ohyama Tatsuya、Muraoka Takahiro、Tanaka Shigenori、Kinbara Kazushi、Sugimoto Naoki
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 25 Pages: 705~705

    • DOI

      10.3390/molecules25030705

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The [4Fe-4S] cluster of sulfurtransferase TtuA desulfurizes TtuB during tRNA modification in Thermus thermophilus2020

    • Author(s)
      Chen Minghao、Ishizaka Masato、Narai Shun、Horitani Masaki、Shigi Naoki、Yao Min、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Pages: -

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s42003-020-0895-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Introduction: Molecular Motors2020

    • Author(s)
      Iino Ryota、Kinbara Kazushi、Bryant Zev
    • Journal Title

      Chemical Reviews

      Volume: 120 Pages: 1~4

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00819

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Session 2SDA―Nonequilibrium energetics of biological molecular machines2020

    • Author(s)
      Toyabe Shoichi, Li Chun-Biu, Kinbara Kazushi
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s12551-020-00634-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein encapsulation in the hollow space of hemocyanin crystals containing a covalently conjugated ligand2019

    • Author(s)
      Hashimoto Tsubasa、Ye Yuxin、Ui Mihoko、Ogawa Tomohisa、Matsui Takashi、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 514 Pages: 31~36

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2019.04.062

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the catalytic unit of GH 87-type α-1,3-glucanase Agl-KA from Bacillus circulans2019

    • Author(s)
      Yano Shigekazu、Suyotha Wasana、Oguro Natsuki、Matsui Takashi、Shiga Shota、Itoh Takafumi、Hibi Takao、Tanaka Yoshikazu、Wakayama Mamoru、Makabe Koki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 15295

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41598-019-51822-5

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Fluorinated multiblock amphiphiles that transport ions across lipid bilayers2020

    • Author(s)
      Kohei Sato, Kota Nabeya, Takahiro Muraoka, Norihisa Hoshino, Tomoyuki Akutagawa, Kazushi Kinbara.
    • Organizer
      ACS Spring 2020 National Meeting & Expo
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Transmembrane ion transport by asymmetric multiblock amphiphiles2020

    • Author(s)
      Ryo Sasaki, Kohei Sato, Kazuhito Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      ACS Spring 2020 National Meeting & Expo
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of amphiphilic linker for protein labeling and polymerization2020

    • Author(s)
      Sanghun Han, Yusuke Aoki, Kohei Sato, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] カチオン部位を導入した交互両親媒性分子による膜間イオン輸送2020

    • Author(s)
      森 未妃・佐藤浩平・田端和仁・ 野地博行・金原 数
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
  • [Presentation] Rectified Ion Transport by Asymmetric Multiblock Amphiphiles2019

    • Author(s)
      Ryo Sasaki, Kohei Sato, Kazuhito V. Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      CEMSupra 2019
  • [Presentation] 交互両親媒性分子のオリゴマー化2019

    • Author(s)
      三栖 花梨, 佐藤 浩平, 金原 数
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] 大環状両親媒性 PEG によるタンパク質の凝集抑制2019

    • Author(s)
      中川 優大, アダム ヴァヴロ, 佐藤 浩平, 金原 数
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] Asymmetric Multiblock Amphiphiles for Transmembrane Ion Transport2019

    • Author(s)
      Ryo Sasaki, Kohei Sato, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] 屈曲型交互両親媒性分子の開発2019

    • Author(s)
      森 未妃, 佐藤 浩平, 田端 和仁, 野地 博行, 金原 数
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Transmembrane Ion Transport by Multiblock Arene-Perfluoroarene Macrocycle2019

    • Author(s)
      Kohei Sato, Kota Nabeya, Takahiro Muraoka, Norihisa Hoshino, Tomoyuki Akutagawa, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] 主鎖置換によるタンパク質のサイボーグ化2019

    • Author(s)
      青木 祐輔, 宇井 美穂子, 松井 崇, 田中 良和, 村岡 貴博, 佐藤 浩平, 金原 数
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] 構造化された大環状ポリアミド誘導体の開発2019

    • Author(s)
      玉田 浩之, 佐藤 浩平, 金原 数
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] リン酸基を有する双頭型両親媒性分子の開発2019

    • Author(s)
      清水 友輔, 佐藤 浩平, 金原 数
    • Organizer
      第68回高分子学会年次大会
  • [Presentation] Design of Engineered PEGs for Biomaterial Developments2019

    • Author(s)
      Kazushi Kinbara
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Development of Amphiphilic Multiblock Molecule Bearing Cationic Moiety2019

    • Author(s)
      Miki Mori, Kohei Sato, Kazushi Kinbara
    • Organizer
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 膜タンパク質を模倣したマルチブロック分子の機能 開拓2019

    • Author(s)
      金原 数
    • Organizer
      第68回高分子討論会
  • [Presentation] Synthetic Multiblock Molecules Mimicking Structure and Function of Membrane Proteins2019

    • Author(s)
      Kazushi Kinbara
    • Organizer
      2nd International Conference on Molecular Systems Engineering
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Design of synthetic chiral receptor molecules inspired by structure and function of membrane proteins2019

    • Author(s)
      Kazushi Kinbara, Takahiro Muraoka, Daiki Noguchi, Takahiro Endo
    • Organizer
      Chirality2019
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Design of PEG-Based Functional Molecules for Biorelated Applications2019

    • Author(s)
      Kazushi Kinbara
    • Organizer
      Japan-BIOCEV Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Development of PEG-based Stimuli-Responsive Molecules2019

    • Author(s)
      Kauzhi Kinbara
    • Organizer
      2nd International Conference on Materials Design and Applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structure analysis of protein using both electron microscopy and X-ray crystallography2019

    • Author(s)
      Yoshikazu Tanaka
    • Organizer
      Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 巨大タンパク質会合体ヘモシアニンの構造解析 ―結晶構造と電顕構造―2019

    • Author(s)
      田中良和
    • Organizer
      2019年度 日本生化学会九州支部例会
    • Invited
  • [Book] MolluscanHemocyanins in Vertebrate and Invertebrate Respiratory Proteins, Lipoproteins and other Body Fluid Proteins, Chapter 72019

    • Author(s)
      Sanae Kato, Takashi Matsui and Yoshikazu Tanaka
    • Total Pages
      24
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-3-030-41769-7

URL: 

Published: 2022-12-28  

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