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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of novel stereochemical analytical technique of biomolecules by the VCD exciton chirality method

Research Project

Project/Area Number 19H02836
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

門出 健次  北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授 (40210207)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 谷口 透  北海道大学, 先端生命科学研究院, 講師 (00587123)
村井 勇太  北海道大学, 先端生命科学研究院, 助教 (20707038)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
KeywordsVCD / 円二色性 / 励起子キラリティー / 立体構造解析 / 特性吸収
Outline of Annual Research Achievements

昨年に引き続き、アルキン、アジド、ニトリル等のIR官能基のVCD励起子キラリティー法への応用可能性を検証するために、各種IR官能基を有する化合物を合成し、その実測VCDを検証した。生体関連中分子に対して、VCD励起子キラリティー法を適用させるため、中分子として、アシルセラミドを選び、分子内の二つのカルボニル基に対してのVCD励起子キラリティー法の適用を考えた。アシルセラミドは、人間の皮膚のバリア機能を担う巨大スフィンゴ脂質分子である。近年、アトピー性皮膚炎の原因がアシルセラミド合成酵素の欠損によるものであることが発見されている。創薬的見地からも、この巨大アシルセラミド分子の全合成研究を実施する。本分子には二つの不斉炭素があるが、その絶対配置決定(例えば天然体)は、通常の方法では極めて困難である。まず、超長鎖脂肪酸を有するセラミドの二級水酸基にアシル基を導入することにより、VCD励起子キラリティー法の適用が可能となると考えた。アシルセラミドは、細長い分子であるが、皮膚上で特殊な構造をとると考えられている。化学合成による純粋なサンプル供給を目指し、スフィンゴ塩基部分、および、長鎖部位の合成に成功し、全合成にむけての部分合成を実施した。特に、長鎖脂肪酸の合成に注力した。オメガ9位に二重結合を有する超長鎖脂肪酸は、これまでにほとんど合成例がない。超長鎖炭化水素の反応性の特性を溶媒により制御する方法を見出し、Wittig反応を基本としたカップリング反応により、C34:1の脂肪酸の合成に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

各種IR官能基の合成とVCD測定に成功しており、おおよそ、良好なVCDスペクトルを得る官能基の選択が可能となった。また、アシルセラミドの合成に着手し、部分的な合成に成功している。得られた結果について、論文発表、学会発表も実施しており、概ね順調と判断した。

Strategy for Future Research Activity

イソニトリル等のIR官能基のVCD励起子キラリティー法への応用可能性を検証するために、化合物を合成し、その実測VCDを検証する。特に、計算スペクトルとの比較により、その実用化について検討する。得られた、ビナフチル誘導体の理論計算を厳密に実施し、実測スペクトルと比較、最適と思われる官能基の割り出しを行う。生体関連分子へのVCD励起子キラリティー法適用を意識してセラミド類の合成をすすめる。引き続きアシルセラミド類の合成をすすめる。アシルセラミドは、人間の皮膚のバリア機能を担う巨大スフィンゴ脂質分子である。近年、アトピー性皮膚炎の原因がアシルセラミド合成酵素の欠損によるものであることが発見されている。創薬的見地からも、この巨大アシルセラミド分子の全合成研究を実施する。本分子には二つの不斉炭素があるが、その絶対配置決定(例えば天然体)は、通常の方法では極めて困難である。まず、超長鎖脂肪酸を有するセラミドの二級水酸基にアシル基を導入することにより、VCD励起子キラリティー法の適用可能性を検証する。さらに、バリア機能の本体であるアシルセラミドの高次構造解析に挑戦する。アシルセラミドは、細長い分子であるが、皮膚上で特殊な構造をとると考えられている。化学合成による純粋なサンプル供給し、純粋なアシルセラミドを用いて、まず、溶液中での高次構造に関する情報を得るため、VCD等の測定を検討する。また、セラミド類のミミックの合成を行う。セラミドが有する立体化学に着目したセラミド類の合成を実施し、ライブラリー化を行う。

  • Research Products

    (25 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Penta-deuterium-labeled 4E, 8Z-sphingadienine for rapid analysis in sphingolipidomics study2022

    • Author(s)
      Yuta Murai, Kohei Yuyama, Daisuke Mikami, Yasuyuki Igarashi, Kenji Monde
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lipids

      Volume: 245 Pages: 105202-105210

    • DOI

      10.1016/j.chemphyslip.2022.105202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deuterium labelling to extract local stereochemical information by VCD spectroscopy in the C-D stretching region: a case study of sugars2022

    • Author(s)
      Mohamad Zarif Mohd Zubir, Nurul Fajry Maulida, Yoshihiro Abe, Yuta Nakamura, Mariam Abdelrasoul, Tohru Taniguchi, Kenji Monde
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 20 Pages: 1067-1072

    • DOI

      10.1039/D1OB02317A

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of Chiral N,N-Dimethyl-Sphingosine for the interaction between NGF and trkA2022

    • Author(s)
      Yuta Murai, Akihiro Sekiguchi, Taeko Hirakawa, Seigo Usukia, Yasuyuki Igarashi, Kenji Monde
    • Journal Title

      Chirality

      Volume: 24 Pages: 807-812

    • DOI

      10.1002/chir.23433

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] こんにゃく由来グルコシルセラミド摂取による脳内アミロイドβ蓄積に対する抑制効果の探索的試験-プラセボ対照ランダム化二重盲検並行群間比較試験-2021

    • Author(s)
      江口 晃一, 向井 克之, 湯山 耕平, 栗本 成敬, 田中 藍子, 勝山(鏡) 豊代, 西平 順, 門出 健次 , 五十嵐 靖之
    • Journal Title

      薬理と治療

      Volume: 49 Pages: 1225 - 1239

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Shortwave-Infrared Fluorescent Molecular Imaging Probes Based on π-Conjugation Extended Indocyanine Green2021

    • Author(s)
      Mahadeva M. M. Swamy, Yuta Murai, Kenji Monde, Setsuko Tsuboi, and Takashi Jin
    • Journal Title

      Bioconjugate Chem.

      Volume: 32 Pages: 1541-1547

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00253

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enantiodivergent One-Pot Synthesis of Axially Chiral Biaryls Using Organocatalyst-Mediated Enantioselective Domino Reaction and Central-to-Axial Chirality Conversion2021

    • Author(s)
      Seitaro Koshino, Tohru Taniguchi, Kenji Monde, Eunsang Kwon, Yujiro Hayashi
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 27 Pages: 15786-15794

    • DOI

      10.1002/chem.202102797

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis of Bicyclo[2.2.2]octanes with a Quaternary Bridgehead Carbon by Diphenylprolinol Silyl Ether-mediated Domino Reaction2021

    • Author(s)
      Nariyoshi Umekubo, Tohru Taniguchi, Kenji Monde, Yujiro Hayashi
    • Journal Title

      Asian J. Org. Chem.

      Volume: 10 Pages: 3261-3265

    • DOI

      10.1002/ajoc.202100573

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploration of chromophores for a VCD couplet in a spectrally transparent infrared region for biomolecules2021

    • Author(s)
      Tohru Taniguchi, Mohamad Zarif Mohd Zubir, Nobuyuki Harada, Kenji Monde
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 23 Pages: 27525-27532

    • DOI

      10.1039/D1CP04074J

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] β,γ-不飽和アルコールの脱酸素的フッ素化による立体化学の保持と反転2022

    • Author(s)
      瀧本 柊, Nurul Maulida, 谷口 透, 門出 健次
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] キラルHPLC による生合成 3 ケトジヒドロスフィンゴシンの立体解析法の開発と代謝産物解析2021

    • Author(s)
      本田拓巳, 村井勇太, 生城浩子, 矢野貴人, 門出健次
    • Organizer
      第63回日本脂質生化学会
  • [Presentation] スフィンゴ脂質病の治療法を指向した新規光キャプチャー創製の研究2021

    • Author(s)
      阿部 美良乃, 村井 勇太, 門出 健次
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
  • [Presentation] 柔軟なキラル酸化脂質のVCD構造解析 VCD2021

    • Author(s)
      井田南加, 谷口透, 門出健次
    • Organizer
      第33回万有札幌シンポジウム
  • [Presentation] こんにゃくセラミドによるヒト脳内アミロイドβ蓄積抑制効果の検証2021

    • Author(s)
      江口晃一, 向井克之, 湯山耕平, 栗本成敬, 田中藍子, 勝山(鏡)豊代, 西平順, 門出健次, 五十嵐靖之
    • Organizer
      日本栄養・食糧学会 年会
  • [Presentation] VCD分光法を用いたキラルな酸化脂質の構造解析2021

    • Author(s)
      井田南加, 谷口透, 門出健次
    • Organizer
      日本化学会北海道支部2021年夏季研究発表会
  • [Presentation] Discovering sphingomyelin synthase (SMS) inhibitors from natural plants toward development of lipid chemical biology2021

    • Author(s)
      門出健次
    • Organizer
      Asian Symposium on Medicinal Plants and Spices XVII (2021) Contextualizing Natural Product Science for Societal Relevance, Singapore, Malaysia
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Exploration of Biomolecularly Transparent IR Region for Structural Identification of Biomacromolecules Using VCD2021

    • Author(s)
      Mohamad Zarif Mohd Zubir, Nurul Fajry Maulida, Tohru Taniguchi, and Kenji Monde.
    • Organizer
      2021年度北海道高分子若手研究会
  • [Presentation] A novel SARS-CoV-2 inhibitor from Myristica fragrans2021

    • Author(s)
      Mutmainah, Yuta Murai, Sajeer Koolath, Seigo Usuki, Kohei Yuyama, Shinji Nakaoka, Michihito Sasaki, Yasuko Orba, Akihiko Sato, Yasuyuki Igarashi, Hirofumi Sawa, Kenji Monde
    • Organizer
      第1 5 回 スフィンゴテラピィ( STC) 研究会
  • [Presentation] Stereochemical outcome of deoxyfluorination of bioactive lipids and their analogues studied using vibrational circular dichroism2021

    • Author(s)
      Tohru Taniguchi, Shu Takimoto, Nurul Fajry Maulida, Kenji Monde
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural Analysis of Nucleosides by Using Raman Optical Activit2021

    • Author(s)
      Yuta Nakamura,Kenji Monde, Saeideh O. Pour, Ewan W. Blanch, Tohru Taniguchi
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chemical Communications through Natural and Synthetic Bioactive Compounds (#79) Oral administration of natural sphingomyelin synthase inhibitor against high fat diet-induced obesity and its lipid metabolism in mice2021

    • Author(s)
      Kenji Monde
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Drug-Discovery Based on Natural Products Chemistry (#361) Structure-inspired design of a sphingolipid mimic sphingosine-1-phosphate receptor agonist from a naturally occurring sphingomyelin synthase inhibitor2021

    • Author(s)
      Kenji Monde
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 北海道大学大学院先端生命科学研究院付属施設次世代物質生命科学センター 研究業績

    • URL

      https://life.sci.hokudai.ac.jp/fr/academic-achievements

  • [Remarks] 北海道大学大学院先端生命科学研究院 化学生物学研究室

    • URL

      https://altair.sci.hokudai.ac.jp/infchb/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 抗ウイルス剤2021

    • Inventor(s)
      門出健次,村井勇太,五十嵐靖之,臼杵靖剛,澤洋文,他
    • Industrial Property Rights Holder
      門出健次,村井勇太,五十嵐靖之,臼杵靖剛,澤洋文,他
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-102280
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 化合物、その製造方法、複合体および短波赤外蛍光剤2021

    • Inventor(s)
      神隆,マハデバスワミィ M.M.,門出健次,村井勇太
    • Industrial Property Rights Holder
      神隆,マハデバスワミィ M.M.,門出健次,村井勇太
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-041717

URL: 

Published: 2022-12-28  

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