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2022 Fiscal Year Annual Research Report

糖非発酵性細菌ペプチダーゼ類を標的とした新規阻害剤配合剤の開発

Research Project

Project/Area Number 19H02876
Research InstitutionKitasato University

Principal Investigator

田中 信忠  北里大学, 薬学部, 教授 (00286866)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords糖非発酵性細菌 / ペプチダーゼ / 立体構造 / 抗菌剤 / ドラッグデザイン
Outline of Annual Research Achievements

歯周病は世界で最も感染者の多い疾患であり、心筋梗塞や動脈硬化のような生活習慣病の危険因子でもある。しかし、歯周病に関与する慢性歯周炎原因菌Porphyromonas gingivalis(Pg)を標的とする特異的抗菌剤は無い。一方、Stenotrophomonas maltophilia(Sm)は、日和見感染菌として知られ各種抗生物質に耐性を示す。従って、多剤耐性Smに有効な新規抗菌剤が必要である。Pg及びSmのいずれも糖非発酵性細菌であるため、それらのペプチド代謝経路は抗菌剤の標的となる。本研究は、Pg及びSmに対する抗菌活性に優れた「阻害剤配合剤」を開発するため、ヒトに存在しないタイプのペプチダーゼ類の立体構造に基づく阻害剤開発を展開し、酵素活性部位に結合する阻害剤構造(フラグメント)の最適化とそれらフラグメントの「伸長」や「融合」による酵素活性阻害能及び抗菌活性向上を目指すものである。
2022年度は、先行研究において見出したPg由来dipeptidyl peptidase 11(PgDPP11)に関し選択的阻害能を有する非ペプチド性化合物(SH-5)の結合様式に基づいたファーマコフォアベース化合物スクリーニングにより見出した新規阻害剤Sに関し、PgDPP11との複合体の結晶化に取り組んだ。S存在下でPgDPP11の結晶は得られるものの、得られた結晶を用いた回折実験の結果、PgDPP11の活性部位にSの電子密度を確認するには至っていない。Stenotrophomonas maltophilia由来dipeptidyl peptidase 7(SmDPP7)に関しては、ペプチド性阻害剤との複合体の結晶化に取り組んだ。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (3 results)

All 2023

All Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Presentation] STRUCTURE AND SUBSTRATE RECOGNITION MECHANISM OF S46 PEPTIDASES2023

    • Author(s)
      Nobutada Tanaka, Yasumitsu Sakamoto, Akihiro Nakamura, Yoshiyuki Suzuki, and Wataru Ogasawara
    • Organizer
      12th GENERAL MEETING OF THE INTERNATIONAL PROTEOLYSIS SOCIETY
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Fragment-based discovery of the first nonpeptidyl inhibitor of dipeptidyl peptidase 11 from Porphyromonas gingivalis2023

    • Author(s)
      Nobutada Tanaka, et al., and Yasumitsu Sakamoto
    • Organizer
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A water-mediated hydrogen bond network facilitates an exceptionally strong preference for asparagine in the S2 subsite of dipeptidyl peptidase 7 from Stenotrophomonas maltophilia2023

    • Author(s)
      Yasumitsu Sakamoto, et al., and Nobutada Tanaka
    • Organizer
      26th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-12-25  

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