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2019 Fiscal Year Annual Research Report

真核細胞におけるmRNA核外輸送体の分子進化による輸送体多様化の分子基盤の解明

Research Project

Project/Area Number 19H02884
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

増田 誠司  京都大学, 生命科学研究科, 准教授 (20260614)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井沢 真吾  京都工芸繊維大学, 応用生物学系, 准教授 (10273517)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
KeywordsmRNA輸送体 / 構造解析
Outline of Annual Research Achievements

遺伝子発現の制御段階として、転写や翻訳がよく知られている。これらに加え、mRNAの核から細胞質への輸送(核外輸送)も高精細な遺伝子発現制御の一翼を担っていることを発見した。mRNAの核外輸送は、mRNA輸送体によって担われている。我々は、ヒトにおいてmRNA輸送体としてTREX複合体とAREX複合体の2種類を見いだし、それぞれの構成因子・選択的に輸送されるmRNA分子種・複合体の中心となるUAP56とURH49の構造を比較し、ヒトにおいて多様化したmRNA輸送体の生理機能の違いを明らかにしてきた。さらに最近、これらのmRNA輸送体は選択的mRNAスプライシングにも関与することを観察した。
本研究は、ヒトmRNA輸送体において未解明な4つの課題(新規AREX複合体構成因子・選択的mRNA認識機構・選択的スプライシング制御・C末端領域の生理機能の解決を、目指している。
本年度はこのうち特に新規AREX複合体構成因子の同定に成果を得た。TREX複合体は8種類の因子で構成されているのに対し、AREX複合体の構成因子として同定されているのは、URH49とCIP29の2因子だけである。このためAREX複合体には未同定の因子が存在すると考えられた。そこでURH49にFlagでタグをいれた融合タンパク質とHAでタグをいれたCIP29融合タンパク質を用いて、FlagとHAの2段階アフィニティー精製を行ったところ、良好な精製結果を得た。これを質量分析にて候補タンパク質を5種類同定した。加えて、新たな候補因子について遺伝子の発現ベクターへのクローン化、特異抗体の取得などを行い、これらを細胞で発現させて免疫沈降により相互作用を観察した。その結果、候補因子は全て新規AREX複合体の構成因子であることが示された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

未解明な4つの課題(新規AREX複合体構成因子・選択的mRNA認識機構・選択的スプライシング制御・C末端領域の生理機能)について、新規AREX複合体構成因子を完了した。また他の課題について今後の研究の推進方策に記載したように準備が順調に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

4つの主要な未解決の課題のうち最初の課題について解決した。そこで、残りの課題となっている選択的mRNA認識機構・選択的スプライシング制御・C末端領域の生理機能について解析を進める。
このうち選択的スプライシング制御についてインフォマティクス解析が終了している。選択的スプライシングを受けるmRNAの配列上の特徴(イントロンの長さ・GC含量・スプライシングインデックス等)について解析するとともに、標的mRNAの必要な部分を含むミニ遺伝子を構築して選択的スプライシング制御の分子機構に迫る。
選択的mRNA認識機構についてはPAR-CLIP解析の結果についての解析を進める。
C末端領域の生理機能については酵母で発現するUAP56やURH49、ヒト細胞で発現するSub2(UAP56ホモログ)を作成しているので、機能解析を実施してC末端領域の生理機能を明らかにする。

  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Regulating Divergent Transcriptomes through mRNA Splicing and Its Modulation Using Various Small Compounds2020

    • Author(s)
      Fujita Ken-ichi、Ishizuka Takaki、Mitsukawa Mizuki、Kurata Masashi、Masuda Seiji
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Pages: 2026~2026

    • DOI

      10.3390/ijms21062026

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] URH49 exports mRNA by remodeling complex formation and mediating the NXF1-dependent pathway2020

    • Author(s)
      Fujita Ken-ichi、Yamazaki Tomohiro、Harada Kotaro、Seno Shigeto、Matsuda Hideo、Masuda Seiji
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms

      Volume: 1863 Pages: 194480~194480

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2020.194480

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Food-Derived Compounds Apigenin and Luteolin Modulate mRNA Splicing of Introns with Weak Splice Sites2019

    • Author(s)
      Kurata Masashi、Fujiwara Naoko、Fujita Ken-ichi、Yamanaka Yasutaka、Seno Shigeto、Kobayashi Hisato、Miyamae Yusaku、Takahashi Nobuyuki、Shibuya Yasuyuki、Masuda Seiji
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 22 Pages: 336~352

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.11.033

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] UAP56とURH49によるスプライシング制御を介した選択的mRNA輸送機構の解明2020

    • Author(s)
      藤田賢一、池田宥哉、吉岡英恵、瀬尾茂人、増田誠司
    • Organizer
      京都生体質量分析研究会シンポジウム
  • [Presentation] 阻害剤を用いたmRNA代謝制御解析2020

    • Author(s)
      三宅 俊太郎、増田 誠司
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部
  • [Presentation] 核内mRNA代謝制御シグナルの解析-ミトコンドリア呼吸鎖IIIの阻害剤はなぜmRNA代謝に影響するのか2020

    • Author(s)
      三宅 俊太郎、増田 誠司
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] A Molecular mechanism to control selective mRNA exports by UAP56 and URH49, the two closely related DEAD-box helicases.2019

    • Author(s)
      藤田 賢一、池田宥哉、吉岡英恵、増田誠司
    • Organizer
      日本RNA学会
  • [Presentation] UAP56とURH49によるスプライシング制御を介した選択的mRNA輸送機構の解明2019

    • Author(s)
      藤田 賢一、池田宥哉、吉岡英恵、瀬尾茂人、増田誠司
    • Organizer
      日本分子生物学会
  • [Presentation] フラボノイドの抗腫瘍効果;スプライシング阻害による白板症治療薬への応用に向けて2019

    • Author(s)
      倉田雅志、高島裕之、増田誠司、渋谷恭之
    • Organizer
      日本口腔外科学会
  • [Presentation] mRNA核外輸送を制御するDBP5の核膜孔への配位機構2019

    • Author(s)
      増田誠司、志岐拓哉
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Invited
  • [Remarks] 京都大学大学院生命科学研究科分子応答機構学

    • URL

      http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/j/?post_type=labos&p=160

  • [Remarks] 分子応答機構学ホームページ

    • URL

      http://www.bunshioutou.lif.kyoto-u.ac.jp

URL: 

Published: 2021-01-27  

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