2023 Fiscal Year Annual Research Report
Genetic control of long term storage in melons
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19H02948
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
牛島 幸一郎 岡山大学, 環境生命自然科学学域, 教授 (20379720)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中野 龍平 京都大学, 農学研究科, 准教授 (70294444)
池田 和生 山形大学, 農学部, 准教授 (80555269)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | エチレン / 変異体 / メロン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
R5年度はR4年度にサンプリングしたF2集団のメロン果肉サンプルやハネデュのエチレン処理果実の時間的・空間的に異なるサンプルについてRNA-seq解析を行った。様々な部位や時間、形質毎にサンプルをピックアップして発現変動する遺伝子（DEG）を検出した。しかし、これまで同様に本研究で同定したエチレン合成関連遺伝子座であるET8周辺では、エチレン合成に関わると考えられるDEGは見いだされなかった。
これまでの解析からメロンの参照配列であるDHL92ゲノムにおいてET8周辺にはエチレンシグナルに関連すると予測できる遺伝子が乏しいことが分かっている。そもそもDHL92は果実成熟がエチレンの影響を受けないノンクライマクテリック型果実であり、参照配列として不適である可能性が考えられた。そこで、参照配列をクライマクテリック型果実であるアールスフェボリット春系3号のゲノムに変更し、GWAS解析からRNA-seq解析まで一通りの解析を行ったが、やはりエチレンシグナルに関与すると考えられる遺伝子について、その候補は得られなかった。
ET8は異なる二つの集団の解析で支持されている遺伝子座であり、ET8自体の存在は確度が高いと考えられる。したがって、参照配列の中に候補遺伝子が無いか遺伝子としてアノテーションされていない可能性がある。実際にET8周辺の上流・下流の1MbにわたってDHL96と春系3号の遺伝子を比較すると予想以上の数の遺伝子が異なっている。このことを考慮すると実際に集団の親に利用したシャランテやハネデュで参照ゲノムを構築、解析する必要があると考えられた。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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