2021 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of coordinated regulation mechanism of cytochrome P450 genes: key genes for multiple-herbicide resistance in Echinochloa phyllopogon
| Project/Area Number |
19H02955
|
|---|
| Research Institution | Kyoto University |
|---|
Principal Investigator |
岩上 哲史 京都大学, 農学研究科, 助教 (00761107)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
赤木 剛士 岡山大学, 環境生命科学学域, 研究教授 (50611919)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| Keywords | 新規ゲノム解読 / タイヌビエ / 多剤抵抗性 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
（１）タイヌビエ抵抗性系統から高分子DNAを抽出し、Sequel IIのhifiリードを用いてゲノムをシーケンスした。得られた約70xのリードについて、複数のアセンブラでアセンブルを試みた。最も良好な結果の得られたHifiasmによるアセンブルを採用した。得られたアセンブルは連続性の高い良好なものではあるが、改善の余地がある。今後、ddRAD-seqマーカーを用いた連鎖地図などの情報を利用し、染色体レベルのアセンブルを試みる。また候補遺伝子の同定に向け、アノテーションについても実施する必要がある。
（２）新規にアセンブルしたゲノムに昨年実施したddRAD-seqのリードをマッピングし、再度GWASを行った。従来のドラフトゲノム（Ye et al. 2020 Mol Plant）では候補領域が２つのコンティグにまたがる形になったが、本ゲノムでは１領域が検出され、抵抗性が１遺伝子支配であることを支持するものとなった。なお、本結果は、昨年の連鎖地図を用いたQTL解析の結果とも一致した。
（３）ddRAD-seqで決定したF5世代約120個体の遺伝子型を解析し、候補領域についてヘテロ接合型の系統を１つ選抜した。昨年度、感受性系統について実施したリシーケンスのリードをゲノムにマッピングし、本領域の系統間の多型を検出した。これを元に候補領域の両末端にCAPSマーカーを設計した。F6世代268個体について、除草剤感受性を判定するとともに、CAPSマーカーで遺伝子型を判定した。組換え個体を24個体選抜し、それぞれについて自殖種子を得た。今後これらの個体について遺伝子型を解析することで、抵抗性の原因遺伝子座の同定が大きく進展することが期待される。
|
| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
|
