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2021 Fiscal Year Annual Research Report

真珠の質を決定する真珠層の炭酸カルシウム結晶の厚みの調整機構の解明

Research Project

Project/Area Number 19H03045
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

鈴木 道生  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10647655)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 永田 宏次  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30280788)
豊福 高志  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭技術開発プログラム), 主任研究員 (30371719)
川野 潤  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (40378550)
木下 滋晴  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywordsバイオミネラリゼーション / アコヤガイ / 真珠
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、アコヤガイの貝殻の真珠層形成において、1「有機薄膜の分泌調節」、2「有機薄膜の自己組織化」、3「炭酸カルシウム結晶成長制御」の3つのパートに分け、それぞれについて研究を進めることで、真珠層形成の分子メカニズムについて明らかにすることを目的としている。1「有機薄膜の分泌調節」について、これまでに検討した固定化方法、樹脂を用いて超薄切片を作製し、電子顕微鏡内で金ナノ粒子によるキチン合成酵素の局在解析を行った。特定の周期に金ナノ粒子が配置しているように観察されたため、キチン合成酵素の局在そのものが炭酸結晶の厚みを制御している可能性が示唆された。2「有機薄膜の自己組織化」について、分泌されたキチンと強固に結合し、有機薄膜形成に強く関係すると思われるメチオニンに富むタンパク質について、どのような相互作用で凝集しているのか合成ペプチドなどを用いて解析を進めている。3「炭酸カルシウム結晶成長制御」について、真珠層の炭酸カルシウム結晶形成に関与するタンパク質であるPifの繰り返し配列であるDDRKモチーフが、どのように炭酸カルシウムと相互作用するのかNMRを用いた構造解析を行った。特にN末端のDが2番目と5番目、6番目のDと挙動が異なる様子が見られたため、2021年度は特にN末端のDについて着目し、N末端をGにした場合とDにした場合とで比較を行った。その結果、N末端をGにした方が4つのDが同一平面状に配置し、炭酸カルシウム結晶の特定の面に吸着する可能性が高まることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1に関しては着実にデータを積み重ねてきており、新たな知見を主張可能なレベルになるための再現実験などを進めているため、順調に進展していると考えた。2に関しては今回の研究により新たに判明したMに富むタンパク質の機能解析を進めており、今後に繋がる研究に進展が期待される。3についても、実験結果から新たに判明したことを用いて次に展開しており、新知見が順調に成果として出ていると判断される。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、アコヤガイの貝殻の真珠層形成において、1「有機薄膜の分泌調節」、2「有機薄膜の自己組織化」、3「炭酸カルシウム結晶成長制御」の3つのパートに分け、それぞれについて研究を進めることで、真珠層形成の分子メカニズムについて明らかにすることを目的としている。1「有機薄膜の分泌調節」について、さらなる再現実験を進める。金ナノ粒子が観察されるような状態にまでサンプルを調整することができたが、高解像度に画像としてはまだ十分に満足いくものが取れていないと考えられる。より質の良いデータを取るため、2022年度も繰り返しサンプリングと切片作製を続け、電子顕微鏡内で局在解析を行う方法を試みる。
2「有機薄膜の自己組織化」について、これまでにいくつか見出したメチオニンに富む領域を人工的にペプチド合成を行い、サンプルを準備することができた。構造解析とin vitroの実験を2021年度に行っていたが、2022年度も続けて構造、機能解析を進める予定である。
3「炭酸カルシウム結晶成長制御」について、N末端をGにすることで構造が大きく変化することを見出した。この結果からN末端をGにすれば、機能も大きく変化することが予測される。N末端をGにしたペプチドを用いて、in vitroでの機能解析を進める予定である。

  • Research Products

    (24 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Adsorption kinetics and thermodynamics of toxic metal ions onto chitosan nanoparticles extracted from shrimp shells.2022

    • Author(s)
      M. Abomosallam, M. Elalfy, Z. Zheng, K. Nagata, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      Nanotech. Environm. Eng.

      Volume: 7 Pages: 7

    • DOI

      10.1007/s41204-021-00179-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deposition of lead phosphate by lead-tolerant bacteria isolated from fresh water near an abandoned mine.2022

    • Author(s)
      Y. Kato, S. Kimura, T. Kogure, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      Intl. J. Mol. Sci

      Volume: 23 Pages: 2483

    • DOI

      10.3390/ijms23052483

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microstructure and mineral components of the outer dentin of Chimaera phantasma tooth plates.2021

    • Author(s)
      M. Iijima, T. Okumura, T. Kogure, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      The Anatomical Record

      Volume: 304 Pages: 2865ー2878

    • DOI

      10.1002/ar.24606

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Iron elution from iron and steel slag using bacterial complex identified from the seawater.2021

    • Author(s)
      H. Tsukidate, S. Otake, Y. Kato, K. Yoshimura, M. Kitatsuji, E. Yoshimura, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      Materials

      Volume: 14 Pages: 1477

    • DOI

      10.3390/ma14061477

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional analyses of chitinolytic enzymes in the formation of calcite prisms in Pinctada fucata.2021

    • Author(s)
      H. Kintsu, A. Prez-Huerta, S. Ohtsuka, T. Okumura, S. Ifuku, K. Nagata, T. Kogure, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      Micron

      Volume: 145 Pages: 103063

    • DOI

      10.1016/j.micron.2021.103063

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification and functional analysis of Cd-binding protein in the visceral of Crassostrea gigas.2021

    • Author(s)
      Z. Zheng, K. Kawakami, D. Zhang, L. Negishi, M. Abomosallam, T. Asakura, K. Nagata, M. Suzuki*.
    • Journal Title

      Sci. Rep

      Volume: 11 Pages: 11306

    • DOI

      10.1038/s41598-021-90882-4

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 「バイオミネラリゼーションの炭素循環」2022

    • Author(s)
      〇鈴木道生
    • Organizer
      『シンポジウム「生命×金属 ~ 金属を活用した生命の生存戦略~」|立命館大学生物資源研究センター×立命館大学 R-GIRO「気候変動に対応する生命圏科学の基盤創生」プロジェクト共催シンポジウ ム』
    • Invited
  • [Presentation] 「海洋酸性化による巻貝幼生の貝殻形成への影響評価」2022

    • Author(s)
      〇清水啓介、鈴木道生、鈴木信雄
    • Organizer
      『金沢大学環日本海域環境研究センター2021 年度共同研究成果報告会』
  • [Presentation] 「バイオミネラルタンパク質の low complexity region の構造、機能解析」2022

    • Author(s)
      〇二川慶、森岡太一、池谷鉄兵、伊藤隆、降旗一夫、渡辺裕之、永田宏次、鈴木道生
    • Organizer
      『日本農 芸化学会 2022 年度(令和 4 年度)大会
  • [Presentation] 「二酸化炭素 固定に貢献するバイオミネラル中の炭酸脱水酵素の活用」2022

    • Author(s)
      〇浪川勇人、森安賢司、勝又聡、前山薫、渡部終五、安元剛、鈴木道生
    • Organizer
      『日本農芸化学会 2022 年 度(令和 4 年度)大会』
  • [Presentation] “Organic molecules in shell microstructures of Pinctada fucata.”2021

    • Author(s)
      〇M. Suzuki.
    • Organizer
      16th International Symposium on Biomineralization
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 「キチンの合成と分解によるバイオミネラリゼーションのナノ構造制御」2021

    • Author(s)
      〇鈴木道生
    • Organizer
      『第 35 回日本キチン・キトサン学会大会』
    • Invited
  • [Presentation] 「二枚貝における EGF-like タ ンパク質の機能と進化」2021

    • Author(s)
      ○清水啓介、岩本しほり、竹内猛、遠藤一佳、鈴木道生
    • Organizer
      『第 21 回マリンバイオテクノロジー学会大会』
  • [Presentation] 「遺伝子重複による貝殻基質タンパク質 EGF- like の進化」2021

    • Author(s)
      〇清水啓介、竹内猛、遠藤一佳、鈴木道生
    • Organizer
      『日本進化学会第 23 回東京大会』
  • [Presentation] 「軟体動物腹足類における幼 殻基質タンパク質の進化」2021

    • Author(s)
      ◯清水啓介、根岸瑠美、鈴木信雄、遠藤一佳、 鈴木道生
    • Organizer
      『第 16 回バイオミネラリゼーションワークショップ』、
  • [Presentation] “Structural and functional analyses of chitinolytic enzymes in the nacreous layer of Pinctada fucata.”2021

    • Author(s)
      〇L. Zhu, K. Shimizu, H. Kintsu, S. Sakuda, I. Kuriyama, K. Maeyama, K. Nagai, T. Miura, Y. Oka, K. Nagata, M. Suzuki.
    • Organizer
      16th International Symposium on Biomineralization
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] “Evolution of EGF-like domain- containing shell matrix proteins by gene duplication.”2021

    • Author(s)
      〇K. Shimizu, T. Takeuchi, K. Endo, M. Suzuki.
    • Organizer
      16th International Symposium on Biomineralization
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 「アコヤガイ真珠層内の亜鉛が配位した炭酸脱水酵素活性の解析」2021

    • Author(s)
      浪川勇人、鈴木道生
    • Organizer
      『生命金属科学 夏の合宿』
  • [Presentation] 「バイオミネラルタンパク質の low complexity region の構造、機能解析」2021

    • Author(s)
      〇二川慶、森岡太一、池谷鉄兵、伊藤隆、降旗一夫、渡辺裕之、永田宏次、鈴木道生
    • Organizer
      『第 16 回バイオミネラリゼーションワークショップ』
  • [Presentation] 「マガキにおける貝殻タンパク質の機能解析」2021

    • Author(s)
      〇龍鄭、鈴木道生
    • Organizer
      『第 16 回バイオミネ ラリゼーションワークショップ』
  • [Presentation] 「Pinctada fucata の真珠層におけるキチン分解酵素の役割の解明」2021

    • Author(s)
      〇朱凌霄、近都浩之、根岸瑠美、胡桃坂仁志、作田庄平、栗山功、前山薫、永井清仁、 川端美千代、幸塚久典、三浦徹、岡良隆、清水啓介、永田宏次、鈴木道生
    • Organizer
      『第 16 回バイオミネラリゼ ーションワークショップ』
  • [Remarks] 東京大学大学院農学生命科学研究科分析化学研究室

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/analchem/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 「二酸化炭素の固定化方法及び固定化システム並びに炭酸塩の製造方法」2022

    • Inventor(s)
      安元剛、廣瀬美奈、勝又聡、牟田(植田)直幸、森安賢司、鈴木道生
    • Industrial Property Rights Holder
      安元剛、廣瀬美奈、勝又聡、牟田(植田)直幸、森安賢司、鈴木道生
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願 2022-007350
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 「複合体の製造方法および複合体」2022

    • Inventor(s)
      鈴木道生、浪川勇人、安元剛、渡部終五、 森安賢司、勝又聡、前山薫
    • Industrial Property Rights Holder
      鈴木道生、浪川勇人、安元剛、渡部終五、 森安賢司、勝又聡、前山薫
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願 2022-025892

URL: 

Published: 2022-12-28  

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