• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2021 Fiscal Year Annual Research Report

DNAカーテンと粗視化シミュレーションによるコンデンシン分子モーターの機構解明

Research Project

Project/Area Number 19H03194
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺川 剛  京都大学, 理学研究科, 助教 (20809652)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords蛍光顕微鏡観察 / DNAカーテン / 粗視化分子動力学シミュレーション / コンデンシン
Outline of Annual Research Achievements

コンデンシンは、有糸分裂期に分子モーターとして染色体ループを形成することで、染色体凝集を引き起こすタンパク質である。これまでの研究では、コンデンシンが染色体ループを形成する分子機構がわかっていなかった。特に、ヌクレオチド状態によって、どのように構造変化するかということと、ヌクレオソームのような障害物がある環境で分子モーターとして機能できるかということはわかっていなかった。本年度の研究では、高速原子間力顕微鏡と粗視化分子動力学シミュレーションを用いて、コンデンシンがヌクレオチドと結合していないときには棒状の構造になり、ATPと結合するとリング状構造になり、ADPと結合するとV字状構造になることを明らかにした。ヌクレオチド状態依存的にこれらの構造間を遷移することで染色体ループを形成するものと考えられるため、この成果は染色体ループ形成機構の解明に向けた大きな一歩である。また、DNAカーテン法を用いた一分子蛍光顕微鏡観察によって、コンデンシンが速いモードと遅いモードの2種類のモードでDNA上を歩進することがわかった。また、ヌクレオソームなどのDNA上の障害物を乗り越えることができるのは速いモードだけであることがわかった。これらの結果は、コンデンシンが裸のDNA上だけでなく染色体上で分子モーターとして機能できることを示しており、この成果もまた、染色体ループ形成機構の解明に向けて大きな一歩である。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Single-molecule junction spontaneously restored by DNA zipper2021

    • Author(s)
      Harashima Takanori、Fujii Shintaro、Jono Yuki、Terakawa Tsuyoshi、Kurita Noriyuki、Kaneko Satoshi、Kiguchi Manabu、Nishino Tomoaki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 5762

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25943-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The lane-switch mechanism for nucleosome repositioning by DNA translocase2021

    • Author(s)
      Nagae Fritz、Brandani Giovanni B、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Pages: 9066~9076

    • DOI

      10.1093/nar/gkab664

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy2021

    • Author(s)
      Koide Hiroki、Kodera Noriyuki、Bisht Shveta、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 17 Pages: e1009265

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009265

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Evaluation of DNA binding of yeast replisome toward single-molecule observation of DNA replication2021

    • Author(s)
      Mayu S. Terakawa、Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular mechanism of MutS sliding on DNA explored by coarse-grained molecular dynamics simulations2021

    • Author(s)
      Keisuke Inoue、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] The lane switch mechanism: Nucleosome repositioning induced by a DNA translocase2021

    • Author(s)
      Fritz Nagae、Giovanni B. Brandani、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular dynamics simulations of the yeast condensin holo complex towards elucidation of the mechanism of DNA loop extrusion2021

    • Author(s)
      Hiiroki Koide、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Nucleosome repositioning dynamics upon collision with a translocase2021

    • Author(s)
      Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] DNA translocase repositions a nucleosome by the lane-switch mechanism2021

    • Author(s)
      Fritz Nagae、Giovanni B. Brandani、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      20th IUPAB Congress
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi