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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Super-resolution imaging with distance measurement at 1 nm accuracy in live cells

Research Project

Project/Area Number 19H03202
Research InstitutionNational Institute of Information and Communications Technology

Principal Investigator

松田 厚志  国立研究開発法人情報通信研究機構, 未来ICT研究所フロンティア創造総合研究室, 主任研究員 (20585723)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 浜崎 淳一  国立研究開発法人情報通信研究機構, 未来ICT研究所フロンティア創造総合研究室, 主任研究員 (80399980)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords超解像顕微鏡 / 核膜孔複合体 / 距離計測
Outline of Annual Research Achievements

距離計測に関して、約30nmの精度で核膜孔複合体のタンパク質の距離を計測した結果を発表した(Asakawa et al., 2019)。この研究の中で、1nmの精度を恒常的に得るためには高精度の光学収差補正を組み込む必要があることが明らかになった。
超解像顕微鏡の構築に関して、当初の予定通り研究を進めたところ、光のスポットは小さくなったにもかかわらず、分解能が向上しないという矛盾が生じた。この原因を追及し、理論の再検証を行い、異なる方法で研究実現の目処を立てていたが、コロナウィルス感染症による感染拡大の影響を受け、共同研究が進められず、研究は遅れた。その一方、光学シミュレーションを予定より拡大して行ったところ、予想外の結果を得た。すなわち、従来のように光学的手法に寄らずとも、計算機上で光学収差を補正できる新しい方法を開発できる可能性を発見した。今後は、この光学収差補正法を拡充させ、距離計測法と超解像顕微鏡法に適用し、精度を向上させることを目指す。
また、距離計測に必須となる色収差補正技術に関して、公開しているソフトウェアの補正精度をさらに向上し、その結果をまとめて使用方法と合わせて公開した(Matsuda et al., 2020)。
また、距離計測法に関して重要になる光学収差補正を行うための新しい波面センサーの開発し発表した(Ashida et al., 2020)。
その他、超解像顕微鏡と関わるホログラフィック顕微鏡を用いて僅か5枚のホログラフィー画像から2色3次元の画像を再構築することに成功した(Tahara et al., 2020)。また、超解像顕微鏡を用いて微細な生体構造を明らかにし、発表した(Ogi et al., 2019, Murawska et al., 2020, Low et al., 2021, Ding et al., 2021)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

光の高次横モードを使用した超解像顕微鏡の構築を開始するにあたり、理論的検証と実験の結果、当初の予想に反し、分解能を向上できないという矛盾が生じた。研究遂行上、これを解決することが必要となり、光学シミュレーションを行い、当初の予定とは異なる手法が有効であることを突き止めた。この結果に基づき、顕微鏡の改変と追加の光学実験を実施する予定であったが、コロナウィルス感染症による感染拡大による研究所の方針により、出張や研究者の受け入れが困難となり、共同研究者と行う必須の光学実験が出来ない状況が続いた。この結果、この研究に大幅な遅れが生じた。このように光学実験が出来ない状況であったため、光学シミュレーションを予定より拡大して行ったところ、従来のように光学的手法に寄らずとも、計算機上で似たような効果が得られることを発見した。これにより、距離計測法に必須となる光学収差補正を計算機上で実現出来ることを見いだし、総合的には、遅れを取り戻し、次年度に向けて飛躍的に推進できる可能性を見いだしている。

Strategy for Future Research Activity

本研究における光学シミュレーションにより見いだした計算による光学収差補正技術を拡充させ、距離計測法と超解像顕微鏡法に適用することを目指す。また、計算に必要な処理を可能な限り省略することで計算時間を短縮させ、リアルタイムでの収差補正を目指す。さらに、この方法は生体深部イメージングでも効果を発揮できると考えられるため、深部イメージングへの適用も検討する。また、超短パルスレーザーにより分解能をさらに向上できる可能性も検討する。さらに、コロナウィルス感染症が落ち着いた段階で、共同研究者と共同で行う光学実験も進め、距離計測法や超解像顕微鏡の開発も予定通り進める。

  • Research Products

    (19 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 8 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] St. Jude Children’s Research Hospital(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      St. Jude Children’s Research Hospital
  • [Int'l Joint Research] Ludwig-Maximilians-University of Munich(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Ludwig-Maximilians-University of Munich
  • [Int'l Joint Research] University of Oxford(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Oxford
  • [Journal Article] Linear elements are stable structures along the chromosome axis in fission yeast meiosis2021

    • Author(s)
      Ding Da-Qiao、Matsuda Atsushi、Okamasa Kasumi、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      Chromosoma

      Volume: 2021 Pages: -

    • DOI

      10.1007/s00412-021-00757-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Surprising phenotypic diversity of cancer-associated mutations of Gly 34 in the histone H3 tail2021

    • Author(s)
      Lowe Brandon R、Yadav Rajesh K、Henry Ryan A、Schreiner Patrick、Matsuda Atsushi、Fernandez Alfonso G、Finkelstein David、Campbell Margaret、Kallappagoudar Satish、Jablonowski Carolyn M、Andrews Andrew J、Hiraoka Yasushi、Partridge Janet F
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.7554/eLife.65369

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Incoherent color digital holography with computational coherent superposition for fluorescence imaging [Invited]2020

    • Author(s)
      Tahara Tatsuki、Koujin Takako、Matsuda Atsushi、Ishii Ayumi、Ito Tomoyoshi、Ichihashi Yasuyuki、Oi Ryutaro
    • Journal Title

      Applied Optics

      Volume: 60 Pages: -

    • DOI

      10.1364/AO.406068

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Imaging performance of microscopy adaptive-optics system using scene-based wavefront sensing2020

    • Author(s)
      Ashida Yusuke、Honma Yusuke、Miura Noriaki、Shibuya Takatoshi、Kikuchi Hayao、Tamada Yosuke、Kamei Yasuhiro、Matsuda Atsushi、Hattori Masayuki
    • Journal Title

      Journal of Biomedical Optics

      Volume: 25 Pages: -

    • DOI

      10.1117/1.JBO.25.12.123707

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] High-Accuracy Correction of 3D Chromatic Shifts in the Age of Super-Resolution Biological Imaging Using <em>Chromagnon</em>2020

    • Author(s)
      Matsuda Atsushi、Koujin Takako、Schermelleh Lothar、Haraguchi Tokuko、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      Journal of Visualized Experiments

      Volume: 160 Pages: -

    • DOI

      10.3791/60800

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The Chaperone FACT and Histone H2B Ubiquitination Maintain S.?pombe Genome Architecture through Genic and Subtelomeric Functions2020

    • Author(s)
      Murawska Magdalena、Schauer Tamas、Matsuda Atsushi、Wilson Marcus D.、Pysik Thomas、Wojcik Felix、Muir Tom W.、Hiraoka Yasushi、Straub Tobias、Ladurner Andreas G.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 77 Pages: -

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2019.11.016

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Syndapin constricts microvillar necks to form a united rhabdomere in Drosophila photoreceptors2019

    • Author(s)
      Ogi Sakiko、Matsuda Atsushi、Otsuka Yuna、Liu Ziguang、Satoh Takunori、Satoh Akiko K.
    • Journal Title

      Development

      Volume: 146 Pages: -

    • DOI

      10.1242/dev.169292

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Asymmetrical localization of Nup107-160 subcomplex components within the nuclear pore complex in fission yeast2019

    • Author(s)
      Asakawa Haruhiko、Kojidani Tomoko、Yang Hui-Ju、Ohtsuki Chizuru、Osakada Hiroko、Matsuda Atsushi、Iwamoto Masaaki、Chikashige Yuji、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 15 Pages: -

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1008061

    • Open Access
  • [Presentation] POST-PROCESSING, COMPUTATIONAL ADAPTIVE OPTICS FOR 3D SUPER-RESOLUTION MICROSCOPY2021

    • Author(s)
      Matsuda A
    • Organizer
      Focus on Microscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 3次元超解像顕微鏡における注意点と光学収差の高精度補正2020

    • Author(s)
      松田厚志
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第76回学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] Differential sensing technique for correlation-based adaptive optics2020

    • Author(s)
      Kikuchi H, Honma Y, Miura N, Shibuya Y, Tamada Y, Matsuda A, Hattori M
    • Organizer
      Adaptive Optics and Wavefront Control for Biological Systems VI
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 分裂酵母染色体核内配置マップの作成2019

    • Author(s)
      近重 裕次、松田 厚志、荒神 尚子、福田 紀子、佐伯 恵里、岡正 華澄、丁 大橋、森 知栄、原口 徳子、平岡 泰
    • Organizer
      第42回 日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Asymmetrical localization of Nup107-160 subcomplex components within the nuclear pore complex in fission yeast2019

    • Author(s)
      Asakawa H, Kojidani T, Yang H-J, Ohtsuki C, Osakada Y, Matsuda A, Iwamoto M, Chikashige Y, Nagao K, Obuse C, Hiraoka Y, Haraguchi T
    • Organizer
      EMBO The International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 生物情報プロジェクト

    • URL

      https://www2.nict.go.jp/frontier/seibutsu/CellMagic/index.html

  • [Remarks] ResearchMap

    • URL

      https://researchmap.jp/macronucleus

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 光学収差補正プログラム及び光学波面推定プログラム2020

    • Inventor(s)
      松田厚志
    • Industrial Property Rights Holder
      情報通信研究機構
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-120496

URL: 

Published: 2021-12-27  

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