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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Global study of haploinsufficient genes in Saccharomyces cerevisiae

Research Project

Project/Area Number 19H03205
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

大矢 禎一  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (20183767)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsハプロ不全性 / 出芽酵母 / 細胞形態 / シャペロニンCCT
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、出芽酵母の必須遺伝子でハプロ不全性が生じる分子メカニズムを解明することである。ハプロ不全性が生じる要因として、バランス仮説と不十分量仮説の二つが提案されている。バランス仮説が正しいのであれば、遺伝子の発現レベルを増加させても減少させても同じ複合体の機能が欠損するので同じ形態表現型が現れるはずである。一方、不十分量仮説が正しいとすると、発現レベルを増加させた時には形態変化が起きないはずである。ハプロ不全性を示す遺伝子でどちらの仮説が当てはまるのかを、個々の遺伝子の発現レベルを上昇させた時の形態表現型を調べて比較することによって網羅的に調べていくことを計画した。シャペロニンCCT複合体のサブユニットをコードする全8遺伝子(TCT1,CCT2-CCT8)を用いて、高発現させた時に、果たして発現量を減らした時と同じ表現型を示すのかを形態的観点から調べた。遺伝子の高発現のためには、副作用が少なくてbeta-estradiol量依存的に発現誘導できるシステム(McIsaac et al., 2014)を用いた。beta-estradiolを加えていない条件では、すべてのヘテロ二倍体は類似した形態異常を示した。beta-estradiolを1 nM加えて野生型二倍体とほぼ同様の発現量にしたところ、野生型二倍体と同じ形態を示し、100 nMまで増やして過剰発言しても顕著な形態変化は認められなかった。次に、β-estradiol濃度を変化させた時にどれだけ形態的な類似性を持つかを調べたところ、β-estradiol濃度 0 nMで処理したβ-CCTs変異株間は高い相関関係(最大r =0.71)で結ばれていた一方で、異なるβ-estradiol濃度の変異株間では、変異株の組み合わせに関わらず相関が低かった。以上の結果は、バランス仮説を否定し、不十分量仮説を支持するものであった。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2021

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (7 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] AI-based forecasting of ethanol fermentation using yeast morphological data2021

    • Author(s)
      Itto-Nakama Kaori、Watanabe Shun、Kondo Naoko、Ohnuki Shinsuke、Kikuchi Ryota、Nakamura Toru、Ogasawara Wataru、Kasahara Ken、Ohya Yoshikazu
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 86 Pages: 125~134

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab188

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Are droplets really suitable for single-cell analysis? A case study on yeast in droplets2021

    • Author(s)
      Nakagawa Yuta、Ohnuki Shinsuke、Kondo Naoko、Itto-Nakama Kaori、Ghanegolmohammadi Farzan、Isozaki Akihiro、Ohya Yoshikazu、Goda Keisuke
    • Journal Title

      Lab on a Chip

      Volume: 21 Pages: 3793~3803

    • DOI

      10.1039/d1lc00469g

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Defining Functions of Mannoproteins in Saccharomyces cerevisiae by High-Dimensional Morphological Phenotyping2021

    • Author(s)
      Ghanegolmohammadi Farzan、Okada Hiroki、Liu Yaxuan、Itto-Nakama Kaori、Ohnuki Shinsuke、Savchenko Anna、Bi Erfei、Yoshida Satoshi、Ohya Yoshikazu
    • Journal Title

      Journal of Fungi

      Volume: 7 Pages: 769~769

    • DOI

      10.3390/jof7090769

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Poacic acid, a β‐1,3‐glucan?binding antifungal agent, inhibits cell‐wall remodeling and activates transcriptional responses regulated by the cell‐wall integrity and high‐osmolarity glycerol pathways in yeast2021

    • Author(s)
      Garc?a Ra?l、Itto‐Nakama Kaori、Rodr?guez‐Pe?a Jos? Manuel、Chen Xiaolin、Sanz Ana Bel?n、Lorenzo Alba、Pav?n‐Verg?s M?nica、Kubo Karen、Ohnuki Shinsuke、Nombela C?sar、Popolo Laura、Ohya Yoshikazu、Arroyo Javier
    • Journal Title

      The FASEB Journal

      Volume: 35 Pages: 1~18

    • DOI

      10.1096/fj.202100278R

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genome Editing to Generate Sake Yeast Strains with Eight Mutations That Confer Excellent Brewing Characteristics2021

    • Author(s)
      Chadani Tomoya、Ohnuki Shinsuke、Isogai Atsuko、Goshima Tetsuya、Kashima Mao、Ghanegolmohammadi Farzan、Nishi Tomoyuki、Hirata Dai、Watanabe Daisuke、Kitamoto Katsuhiko、Akao Takeshi、Ohya Yoshikazu
    • Journal Title

      Cells

      Volume: 10 Pages: 1299~1299

    • DOI

      10.3390/cells10061299

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] CCT複合体のサブユニットをコードする遺伝子が示すハプロ不全性の分子メカニズムの研究2021

    • Author(s)
      ◯山本 一輝、大貫慎輔、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] 真菌細胞壁のβ-1,6-グルカン合成を阻害するジェルビンの作用機序の解析2021

    • Author(s)
      ◯一刀かおり、稲田恵理、久保佳蓮、山中大輔、 安達禎之、野田陽一、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] 新規抗真菌剤ポアシジエンの作用メカニズムと抗真菌スペクトルの解析2021

    • Author(s)
      ◯小川樹、大貫慎輔、一刀かおり、Fachuang Lu、Ashish Ranjan,、 Mehdi Kabbage、Abraham Gebre,、 山下真生、Sheena C. Li、八代田陽子、吉田知史、臼井健郎、Jeff S. Piotrowski、Brenda J. Andrews、 Charles Boone、 Grant W. Brown、John Ralph、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] CalMorphを用いた出芽酵母モノソミー変異体の形態表現型解析2021

    • Author(s)
      ◯近藤直子、清水公貴、大貫慎輔、小川志帆、田中誠司、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] エタノール発酵量を細胞形態からリアルタイムに予想するAIの開発2021

    • Author(s)
      一刀かおり、渡部峻、近藤直子、◯大貫慎輔、菊地亮太、中村徹、小笠原渉、笠原堅、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] 複数の優良醸造特性を持つ清酒酵母のゲノム編集を用いた育種2021

    • Author(s)
      ◯茶谷朋哉、大貫慎輔、磯谷敦子、五島徹也、鹿島舞央、Farzan Ghanegolmohammadi、西智之、平田大、北本勝ひこ、赤尾健、大矢禎一
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Presentation] 微小液滴によるSaccharomyces cerevisiaeの培養と高速分取2021

    • Author(s)
      ◯中川悠太、大貫慎輔、近藤直子、磯崎瑛宏、大矢禎一、合田圭介
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム(岡崎)
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ゲノム改変微生物株2021

    • Inventor(s)
      大矢禎一、茶谷朋哉、赤尾健、五島徹也
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人東京大学、独立行政法人酒類総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      082633、PCT/JP2022/ 20282
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 8-8ジフェルラ酸誘導体2021

    • Inventor(s)
      大矢禎一、一刀かおり、小川樹、アブラハム アベラ ゲブレ他3名
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人東京大学、ウィスコンシン大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      136651
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 酵母の産業適格性予測システム及び方法2021

    • Inventor(s)
      大矢禎一、大貫慎輔、呉俊元、増尾直久、岩切亮
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人 東京大学、三菱商事ライフサイエンス株式会社
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      107905

URL: 

Published: 2023-12-25  

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