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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Small RNA pathway analysis on C. elegans and the relatives

Research Project

Project/Area Number 19H03212
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

菊地 泰生  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (20353659)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 平形 樹生  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40844791)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywordsゲノム構造変化 / C. elegans / 姉妹種 / トランスポゾン
Outline of Annual Research Achievements

トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移はゲノムの損傷の原因となり、生殖不全や致死など、生物にとって有害な影響をもたらす大きなリスクとなる。そのため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年、石垣島で発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegansとのゲノム比較により、C. inopinataのゲノムにはトランスポゾンが特徴的に多く存在し、いくつかの重要な遺伝子がトランスポゾンにより損傷を受けていることが明らかとなった。さらに、トランスポゾンの活性化の一因として、C. inopinataでのSmall RNAパスウェイの変化が関連している可能性が示唆された。本研究では、C. elegans-C. inopinata比較解析系を用い、トランスポゾン転移を制御するsmall RNA機構を比較し、C. inopinataでのトランスポゾン活性化の要因を明らかにすることを目的とし、生物情報学と生化学、遺伝学的解析を行う。これまでに、C. inopinataの発達ステージごとのsmall RNA発現解析、野外分離株を用いたC. inopinataのゲノム進化解析を行い、C. inopinataにおけるsmall RNAプロファイルを明らかにし、C. inopinata野生株におけるトランスポゾンの動態を明らかにした。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Bath(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Bath
  • [Int'l Joint Research] Duzce University(トルコ)

    • Country Name
      TURKEY
    • Counterpart Institution
      Duzce University
  • [Journal Article] Aberrant sparganosis in cat caused by Spirometra mansoni (Cestoda:Diphyllobothriidae): a case report2024

    • Author(s)
      Tokiwa Toshihiro、Fushimi Momo、Chou Shyun、Yoshida Akemi、Kinoshita Kensei、Hikima Atsushi、Kikuchi Taisei、Ozaki Kiyokazu
    • Journal Title

      BMC Veterinary Research

      Volume: 20 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12917-024-03995-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Differentially Expressed Genes Associated with Body Size Changes and Transposable Element Insertions between Caenorhabditis elegans and Its Sister Species, Caenorhabditis inopinata2023

    • Author(s)
      Kawahara Kazuma、Inada Taruho、Tanaka Ryusei、Dayi Mehmet、Makino Takashi、Maruyama Shinichiro、Kikuchi Taisei、Sugimoto Asako、Kawata Masakado
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 15 Pages: -

    • DOI

      10.1093/gbe/evad063

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The compact genome of Caenorhabditis niphades n. sp., isolated from a wood-boring weevil, Niphades variegatus2022

    • Author(s)
      Sun Simo、Kanzaki Natsumi、Dayi Mehmet、Maeda Yasunobu、Yoshida Akemi、Tanaka Ryusei、Kikuchi Taisei
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 23 Pages: -

    • DOI

      10.1186/s12864-022-09011-8

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Possible stochastic sex determination in Bursaphelenchus nematodes2022

    • Author(s)
      Shinya Ryoji、Sun Simo、Dayi Mehmet、Tsai Isheng Jason、Miyama Atsushi、Chen Anthony Fu、Hasegawa Koichi、Antoshechkin Igor、Kikuchi Taisei、Sternberg Paul W.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30173-2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The GATA factor ELT-3 specifies endoderm in Caenorhabditis angaria in an ancestral gene network2022

    • Author(s)
      Broitman-Maduro Gina、Sun Simo、Kikuchi Taisei、Maduro Morris F.
    • Journal Title

      Development

      Volume: 149 Pages: -

    • DOI

      10.1242/dev.200984

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] piRNA-like small RNAs target transposable elements in a Clade IV parasitic nematode2022

    • Author(s)
      Suleiman Mona、Kounosu Asuka、Murcott Ben、Dayi Mehmet、Pawluk Rebecca、Yoshida Akemi、Viney Mark、Kikuchi Taisei、Hunt Vicky L.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-022-14247-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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