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2022 Fiscal Year Annual Research Report

新規3次元誘電率顕微鏡の開発と細胞内小器官の連携メカニズムの解明

Research Project

Project/Area Number 19H03230
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

小椋 俊彦  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 上級主任研究員 (70371028)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Keywords培養細胞 / 細胞内小器官 / 走査電子誘電率顕微鏡 / 窒化シリコン薄膜 / 画像処理
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、走査電子誘電率顕微鏡の高分解能化と観察画像の高精度な認識処理方法の開発を行った。システムの高分解能化では、試料ホルダの観察窓の窒化シリコン膜の厚さを10 nmに薄層化する事で、空間分解能を4.5 nmまで向上させる事に成功した。これにより、溶液中の細胞の内部構造やPM2.5、ナノ粒子等を高分解能で直接観察し解析する事が可能となった。さらに、メラニン色素を生成する細胞を誘電率顕微鏡により観察したところ、細胞内のメラニン色素粒子を直接観察する事が可能であった。通常のメラニン色素細胞では、メラニン色素粒子の構造は、従来提唱されている構造と同様のラグビーボール状であった。しかし、癌化したMNT-1細胞では、メラニン色素粒子の構造がドーナッツ状をしており、細胞種によりメラニン色素粒子の形状が異なる事を見出した。こうした細胞内部のメラニン色素粒子の形状を詳細に分析するため、畳み込み演算層を有するDeep Neural Networkを応用した自動解析システムを開発した。これを用いる事で、粒子の位置や形状を認識し分析する事が可能となった。こうした成果に関して、生物情報学の国際紙に論文を発表した。これに加えて、観察画像の3次元化を達成するため、下部の電極に複数の端子をアレイ状に並べた一次元アレイ電極を使用し、ビーズや日焼け止め等のモデルサンプルによる基礎データの取得をした。この傾斜画像からSimulated Annealingアルゴリズムを用いた3次元再構築システムの開発を行い、低解像度ではあるが、3次元構造の構築が可能である事を見出した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (6 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Structural analysis of melanosomes in living mammalian cells using scanning electron-assisted dielectric microscopy with deep neural network2023

    • Author(s)
      Tomoko Okada, Tomoaki Iwayama, Taku Ogura, Shinya Murakami, Toshihiko Ogura
    • Journal Title

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      Volume: 21 Pages: 506-518

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2022.12.027

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of General-purpose Dielectric Constant Imaging Unit for SEM and Direct Observation of Samples in Aqueous Solution2023

    • Author(s)
      Toshihiko Ogura, Tomoko Okada, Michio Hatano, Mitsuhiro Nakamura, Toshihide Agemura
    • Journal Title

      Microscopy and Microanalysis

      Volume: - Pages: ozad030

    • DOI

      10.1093/micmic/ozad030

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Giant Carbon Nano-Test Tubes as Versatile Imaging Vessels for High-Resolution and In Situ Observation of Proteins2022

    • Author(s)
      Tracy T Chuong, Toshihiko Ogura, Norihito Hiyoshi, Kazuma Takahashi, Sangho Lee, Keita Hiraga, Hiroki Iwase, Akira Yamaguchi, Kiyoto Kamagata, Eriko Mano, Satoshi Hamakawa, Hirotomo Nishihara, Takashi Kyotani, Galen D Stucky, Tetsuji Itoh
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 14 Pages: 26507-26516

    • DOI

      10.1021/acsami.2c06318

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Arginine and its Derivatives Suppress the Opalescence of an Antibody Solution2022

    • Author(s)
      Shogo Oki, Suguru Nishinami, Yoshitaka Nakauchi, Toshihiko Ogura, Kentaro Shiraki
    • Journal Title

      Journal of Pharmaceutical Sciences

      Volume: 111 Pages: 1126-1132

    • DOI

      10.1016/j.xphs.2021.11.018

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Nanoscale observation of fine particles and biological specimens in aqueous condition by scanning-elect ron assisted dielectric microscop2022

    • Author(s)
      小椋 俊彦、岡田 知子
    • Organizer
      11th International Conference on Fine Particle s Magnetis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nanoscale imaging of intact biological specimens in water using scanning electron assisted dielectric mi croscop2022

    • Author(s)
      小椋 俊彦、岡田 知子
    • Organizer
      第8回メタロミクスに関する国際会議(ISM-8)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2023-12-25  

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