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2021 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム組成の変化を伴ってヨザルで実現した暗環境への適応:霊長類全般での再現性

Research Project

Project/Area Number 19H03311
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

古賀 章彦  京都大学, ヒト行動進化研究センター, 教授 (80192574)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田辺 秀之  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (50261178)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords適応 / ゲノム / 反復配列 / 霊長類 / 視細胞 / ヘテロクロマチン / 染色体 / 有袋類
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、ヨザル(夜猿)での視細胞内微小レンズの獲得に関して、つぎの3つの問いを設定した。[1] ヨザルでどのような条件がそろったためにこの適応が実現したか。[2] この適応はどのくらいの期間で進行したか。[3] 同様の適応が、霊長類全般(ヒトを含め)で起こり得るか。
!年目と2年目で、[2] に関して最大 15 My(My =100万年)との明確な結論をを得ていた。[1] については、結論とはいえないものの、確度の高い推測に達していた。ヨザルではラミンB受容体の機能が視細胞特異的に抑制されるとの推測である。
最終年度である3年目(繰越で追加した8か月を含む)に、[1] の続き、および [3] のための実験と解析を行った。[1] については、ヘテロクロマチンでの特定の部位でメチル化が消失しており、この変化がラミンB受容体との親和性の低下をもたらしているとの推測に、至った。これを実験で証明すべく、材料(新鮮な眼球のサンプル)が入手できる機会(動物園等でのヨザルの自然死)に備えた。機会は一度訪れた。しかしコロナウイルス関連の世情のために、新鮮な状態での入手は実現しなかった。このため研究期間内に [1] の結論を得ることは、断念せざるを得なかった。とはいえ、より具体的できわめて確度の高い推測に至った。[3] に関しては、頭初は霊長類の範囲を想定していたところ、哺乳類全体に広げることで、大きな進展があった。短期間(My 単位の期間)に大規模(ゲノムの数%を占める量)に増加した新規ヘテロクロマチンを、カンガルーで発見した。由来も含め、ヨザルの視細胞内微小レンズの場合と経過が類似している。夜行性との関連が明確でないことが弱点ではあるが、新規ヘテロクロマチンの急速な増幅の明確な事例であり、[3] の問いに対し、起こり得るとの答えをもたらす。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] The medaka fish <i>Tol2</i> transposable element is in an early stage of decay: identification of a nonautonomous copy2022

    • Author(s)
      Hayashi S, Tsukiyama T, Iida A, Kinoshita M, *Koga A
    • Journal Title

      Genome

      Volume: 65 Pages: 183~187

    • DOI

      10.1139/gen-2021-0010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An endogenous retrovirus presumed to have been endogenized or relocated recently in a marsupial, the red-necked wallaby2022

    • Author(s)
      Hayashi S, Shimizu K, Honda Y, Katsura Y, *Koga A
    • Journal Title

      Genome

      Volume: 65 Pages: 277~286

    • DOI

      10.1139/gen-2021-0047

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Marsupial satellite DNA as faithful reflections of long-terminal repeat retroelement structure2022

    • Author(s)
      Hayashi S, Honda Y, Kanesaki E, *Koga A
    • Journal Title

      Genome

      Volume: 65 Pages: 469~478

    • DOI

      10.1139/gen-2022-0039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Marsupial genome analysis suggests that satellite <scp>DNA</scp> formation from <scp> <i>walb</i> </scp> endogenous retrovirus is an event specific to the red‐necked wallaby2022

    • Author(s)
      *Koga A, Hashimoto K, Honda Y, Nishihara H
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 28 Pages: 149~155

    • DOI

      10.1111/gtc.12999

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A mutant gene for albino body color is widespread in natural populations of tanuki (Japanese raccoon dog)2021

    • Author(s)
      Yamamoto S, Murase M, Miyazaki M, Hayashi S, *Koga A
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 96 Pages: 33~39

    • DOI

      10.1266/ggs.20-00047

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Replacement of owl monkey centromere satellite by a newly evolved variant was a recent and rapid process2021

    • Author(s)
      Nishihara H, Stanyon R, Tanabe H, *Koga A
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 26 Pages: 979~986

    • DOI

      10.1111/gtc.12898

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 内在性レトロウイルスが縦列に重複して大規模サテライトを形成する:カンガルーでの実例2つ2022

    • Author(s)
      賀章彦・林咲良・田辺秀之
    • Organizer
      日本遺伝学会第94回大(北海道大学)
  • [Presentation] Evolution of the microlens structure in photoreceptor cells clarified through owl monkey studies2022

    • Author(s)
      Koga A, Hirai A, Stanyon R, Tanabe H, Prakhongcheep O, Srikulnath K
    • Organizer
      1st Animal Genomics and Bioresource for ESG & SDG Seminar (Kasetsart University, Thailand)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 哺乳類で最近転移したと推測できるLTRレトロトランスポゾン2021

    • Author(s)
      古賀章彦・清水小波・本田祐介・林咲良
    • Organizer
      日本遺伝学会第93回大会(オンライン)
  • [Presentation] 有袋類の新規LTRレトロトランスポゾンの進化的起源2021

    • Author(s)
      林咲良・桂有加子・古賀章彦
    • Organizer
      日本遺伝学会第93回大会(オンライン)

URL: 

Published: 2023-12-25  

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