2021 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of the Serratia genome diversity and emerging process of highly resistant lineage and identification of highly virulent lineages
| Project/Area Number |
19H03472
|
|---|
| Research Institution | Kyushu University |
|---|
Principal Investigator |
林 哲也 九州大学, 医学研究院, 教授 (10173014)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| Keywords | セラチアマルセッセンス / セラチア属 / ゲノム解析 / コアゲノム / パンゲノム / CRISPR-Cas / プラスミド / 薬剤耐性 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
セラチアマルセッセンス（Sma）は代表的な日和見感染菌であり、院内感染や高度多剤耐性株の出現が問題となっている。本研究では、環境に広く分布し、多様な菌株集団と考えられる本菌において大規模比較ゲノム解析を行い、１)系統の同定、各系統特異的遺伝子群の同定、２)プラスミドの多様性と耐性遺伝子集積の実態と集積メカニズムの解明、耐性プラスミドの伝播能の解析と高度多剤耐性株出現におけるプラスミドの役割の解明、３)臨床株集積系統の同定、他系統との潜在的病原性の比較による高病原性系統と責任遺伝子の同定を目指した。最終年度は、昨年度までに同定した14系統の比較解析を進め、ゲノムサイズやGC含量に違いを明らかにし、プラスミドレプリコンとインテグラーゼ遺伝子（プロファージのマーカー）の解析から、その違いが外来遺伝子の獲得によることや系統ごとの外来遺伝子の獲得様式の違いを示した。さらに、臨床及び病院環境由来株が大部分を占める2系統を中心に耐性遺伝子・変異の詳細な解析を行い、これら２系統に耐性遺伝子・変異が顕著に集積していること、またその集積内容に違いがあることを明らかにした。最終的に、これら２系統がSmaとその近縁種（Sma complex)の中のhospital-adapted lineageであると結論づけ、論文発表した。また、SMA complexにおけるmobilomeの全容解明に向けて、ロングシーケンスを用いた配列決定を進め、昨年度の成果と合わせて60株の完全長配列を取得した。現在、公共データベースから取得した完全長ゲノムを加えた計115株のプラスミド、IS、プロファージの網羅的な同定を進めている。
|
| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
|
-
[Journal Article] Global population structure of the Serratia marcescens complex and identification of hospital-adapted lineages in the complex,2022
Author(s)
1.Ono T, Taniguch I, Nakamura K, Nagano S. D, Nishida R, Gotoh Y, Ogura Y, Sato P.M, Iguchi A, Murase K, Yoshimura D, Itoh T, Shima A , Dubois D, Oswald E, Shiose A, Gotoh N, Hayashi T.
-
Journal Title
Microbial Genom.
Volume: 8
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
