2021 Fiscal Year Annual Research Report
アレルゲン免疫療法のシングルセルおよびbulk遺伝子発現情報による病態解明
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19H03696
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
野口 恵美子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40344882)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
尾崎 遼 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (10743346)
渋谷 彰 筑波大学, 医学医療系, 教授 (80216027)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 遺伝子発現 / シングルセル / 花粉症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年可能となった単一細胞網羅的遺伝子発現解析(single-cell RNA-seq, 以下scRNAseq)により、ターゲットとなる分子について事前に情報がなくとも、CD4陽性T細胞、制御性T細胞、NK細胞、B細胞等の細胞種を推定し、個々の細胞の網羅的遺伝子発現について測定することが可能となっている。私たちはスギ花粉症のために舌下免疫療法を受けた患者について、治療開始前、治療開始後の末梢血単核球のscRNAseqを実施し、治療反応性に関連する細胞種と遺伝子発現について検討した。
対象は免疫療法を施行されたスギ花粉症患者で著効例と不応例に分けて検討した。治療開始前と免疫療法治療開始後1年の末梢血単核球を使用して、10x Genomics社のChromium Single Cell 5' Library Construction Kitを使用してライブラリ作成を行い、シークエンスを実施した。得られたシークエンスデータはCell Ranger version 7 (10x Genomics)によるマッピングを行った。細胞種特定はAzimuth(https://azimuth.hubmapconsortium.org/)、シークエンスQCと統計解析はSeurat(https://satijalab.org/seurat/)により行った。治療前後の比較では、特定の細胞種類の低下と治療応答性との関連が示唆され、さらにその細胞種類においてはHLA class II分子の発現量の低下も検出された。
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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