2019 Fiscal Year Annual Research Report
がんクリニカルシークエンス解析に基づいた「骨軟部腫瘍分子標的」の作用機序解明
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19H03789
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| Research Institution | Juntendo University |
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Principal Investigator |
末原 義之 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70509405)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高阪 真路 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (00627119)
小林 英介 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (40365292)
北野 滋久 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (60402682)
林 大久生 順天堂大学, 医学部, 准教授 (70569128)
齋藤 剛 順天堂大学, 医学部, 准教授 (80439736)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 骨軟部腫瘍 / 骨軟部肉腫 / がんクリニカルシークエンス / 融合遺伝子 / チロシンキナーゼ / 免疫応答 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、難治性かつ「希少がん」である骨軟部腫瘍の生命予後の改善を目的として、治療成績向上の要となる腫瘍発生・悪性化・治療抵抗の原因因子を特定し、新規治療標的およびバイオマーカーの開発を進めている。特徴として、骨軟部腫瘍患者検体を用いたがんクリニカルシークエンスによる遺伝子プロファイリング、免疫応答解析による免疫担当細胞プロファイリングならびに免疫応答の側面より生物学的理解と因子同定を進め、その成果に基づいた分子標的阻害剤適応拡大、個別化医療開発、免疫治療開発を推進することによる迅速な新規治療法確立を計画している。下記順次達成し、早期骨軟部腫瘍の予後改善に向けた臨床医学の基盤構築を目指している。(1) 骨肉腫のがんCS解析:骨軟部腫瘍のがんCSによるプロファイリングを進め骨肉腫のTK遺伝子変化を中心とする遺伝子変化のプロファイリングを進める。(2) 軟部肉腫のがんCS解析:骨軟部腫瘍のがんCSによるプロファイリングを進め軟部肉腫のTK遺伝子変化を中心とする遺伝子変化のプロファイリングを進める。(3) 骨軟部腫瘍の免疫応答解析:骨軟部腫瘍検体に対して免疫応答解析を行い、免疫担当細胞のプロファイリングを構築し、その腫瘍の発生・ 悪性度・抵抗性を担う各種免疫担当細胞の明らかにする。
本年度は、(1),(2)計画に対して研究を進め、新規治療標的候補同定に成功した。またがんCSなどに代わる簡易検査開発のための基盤データ作成を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計画に則り研究は進んでいる
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| Strategy for Future Research Activity |
(1) 骨肉腫のがんCS解析:骨軟部腫瘍のがんCSによるプロファイリングを進め骨肉腫のTK遺伝子変化を中心とする遺伝子変化のプロファイリン グを進める。具体的にはがんCS(MSK-IMPACT)データをcBioPortalにより解析を進め、同時にNanostring, RNA-/DNA-seqによるプロファイリングを行い、潜在的な新規治療標的群の選出を行う。
(2) 軟部肉腫のがんCS解析:骨軟部腫瘍のがんCSによるプロファイリングを進め軟部肉腫のTK遺伝子変化を中心とする遺伝子変化のプロファイリングを進める。具体的にはがんCS(MSK-IMPACT)データをcBioPortalにより解析を進め、現在までに注目をしている軟部肉腫のTK遺伝子変化( NTRK融合遺伝子, ROS1融合遺伝子)を中心に、潜在的な新規治療標的群の選出を行う。またそれらTK遺伝子変化疫学的・臨床病理的背景解明と発現検証(NGS, NanoString, PCR, IHC, FISH)を進める。
(3) 骨軟部腫瘍の免疫応答解析:骨軟部腫瘍検体に対して免疫応答解析を行い、免疫担当細胞のプロファイリングを構築し、その腫瘍の発生・ 悪性度・抵抗性を担う各種免疫担当細胞の明らかにする。具体的には、治療前後、組織型別等の患者検体(血液・腫瘍)に含まれる各種免疫担 当細胞を各種細胞表面物質と細胞内物質に別け、その各種免疫担当細胞(CD4陽性リンパ球, CD8陽性リンパ球、B細胞)、NK細胞、NKT細胞、樹状細胞、免疫抑制細胞(制御性T細胞、骨髄由来抑制細胞(Myeloid Derived Suppressor Cell; MDSC),M2-マクロファージ(腫瘍組織)等)に ついてマルチカラーフローサイトメーター・マスサイトメーター等(血液・腫瘍検体の数量的質的評価)や免疫多重染色(腫瘍内の各種細胞の 局在相互関連)にて免疫応答プロファイリングを進め、臨床病理学データと総合・相乗的に解析する。
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Research Products
(35 results)
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[Journal Article] Identification of Novel CD74-NRG2α Fusion From Comprehensive Profiling of Lung Adenocarcinoma in Japanese Never or Light Smokers.2020
Author(s)
Kohsaka S, Hayashi T, Nagano M, Ueno T, Kojima S, Kawazu M, Shiraishi Y, Suehara Y, Takahashi F, Takahashi K, Suzuki K, Takamochi K, Mano H.
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Journal Title
Journal of Thoracic Oncology.
Volume: Epub ahead of print
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Clinical genomic sequencing of pediatric and adult osteosarcoma reveals distinct molecular subsets with potentially targetable alterations.2019
Author(s)
Suehara Y, Alex D, Bowman A, Middha S, Zehir A, Chakravarty D, Wang L, Jour G, Nafa K, Hayashi T, Jungbluth AA, Frosina D, Slotkin E, Shukla N, Meyers P, Healey J, Hameed M, Ladanyi M.
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Journal Title
Clinical Cancer Research
Volume: 25
Pages: 6346-6356
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Protein Expression Profiles Corresponding to Histological Changes with Denosumab Treatment in Giant Cell Tumors of Bone.2019
Author(s)
Suehara Y, Mukaihara K, Okubo T, Kurihara T, Hayashi T, Kohsaka S, Kazuno S, Akaike K, Kim Y, Kaneko K, Saito T.
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Journal Title
Proteomics Clin Appl
Volume: 13
Pages: e1800147.
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Detection of sarcoma circulating tumor cells using microfluidic chip type cell sorter and next-generation sequencing.2019
Author(s)
Hasegawa N, Kohsaka S, Nakamura I, Ueno T, Kojima S, Akaike K, Okubo T , Takagi T, Suehara Y, Hayashi T, Saito T, Kaneko K, Mano H.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 9
Pages: 20047
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Molecular and clinicopathological analyses of esophageal carcinosarcoma with special reference to the differentiation mechanism.2019
Author(s)
Tsuyama S, Saito T, Akazawa Y, Yanai Y, Yatagai N, Akaike K, Hayashi T, Suehara Y, Takahashi F, Takamochi K, Hashimoto T, Kajiyama Y, Tsurumaru M, Fukunaga T, Yao T.
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Journal Title
Virchows Archiv
Volume: 475
Pages: 415-424
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Clinical genomic sequencing revealed potentially actionable alterations in osteosarcomas.2019
Author(s)
Suehara Y, Alex D, Bowman A, Middha S, Zehir A, Wang L, Jour G, Meyers P, Healey J, Hameed M, Ladanyi M.
Organizer
2nd International Combined Meeting of Orthopaedic Research Societies
Int'l Joint Research / Invited
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[Presentation] Larotrectinib as neoadjuvant therapy in the treatment of pediatric Tropomyosin Receptor Kinase fusion sarcomas.2019
Author(s)
Bielack S, Geoerger B, Dubois S, Mascarenhas L, Nagasubramanian R, Pappo A, Turpin B, Ghosh T, Kirby M, Saito S, Ziegler D, Suehara Y, Shukla N, Childs B, Ku N, Cox M, Laetsch T. Federman N.
Organizer
32nd annual Meeting of the European Musculo Skeletal Oncology Society.
Int'l Joint Research
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[Presentation] Integrative analysis including whole genome sequencing, transcriptome sequencing, and phospho-protein expression profiling of super responder to pazopanib in high-grade soft tissue sarcomas.2019
Author(s)
Suehara Y, Kohsaka S, Yamaguchi S, Hayashi T, Kurihara T, Akaike K, Ueno T, Kojima S, Ikegami M, Mizuno S, Kaneko K , Kato S, Mano H, Saito T.
Organizer
20th International Symposium on Limb Salvage
Int'l Joint Research
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[Presentation] anoString analyses of tyrosine kinase fusion genes in IMT / IPT2019
Author(s)
Kurihara T, Suehara Y, Sano K, Akaike K, Hayashi T, Kohsaka S, Hasegawa N, Takagi T, Okubo T, Yao T, Kaneko K Saito T.
Organizer
Connective Tissue Oncology Society, 24th Annual Meeting
Int'l Joint Research
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[Presentation] Protein expression analysis by regulating c-kit and KCTD12 expression in Gastrointestinal stromal tumor.2019
Author(s)
Sasa K, Suehara Y, Okubo T, Hayashi T, Sano K, Kurihara T, Akaike K, Ishii M, Kim Y, Kaneko K, Saito T.
Organizer
Connective Tissue Oncology Society, 24th Annual Meeting
Int'l Joint Research
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[Presentation] High-throughput analysis of transcriptional starting point and identification of promoter usage in spindle cell sarcomas.2019
Author(s)
Sano K, Suehara Y, Hayashi T, Kurihara T, Akaike K, Oguchi A, Takagi T, Kim Y, Okubo T, Murakawa Y, Kaneko K, Saito T.
Organizer
Connective Tissue Oncology Society, 24th Annual Meeting
Int'l Joint Research
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[Presentation] Comparative analysis of protein profiles of prognosis-associated proteins and KIT-related proteins in gastrointestinal stromal tumor2019
Author(s)
Suehara Y, Sasa K, Okubo T, Hayashi T, Sano K, Kurihara T, Akaike K, Ishii M, Kim Y, Kaneko K, Saito T.
Organizer
European Society For Medical Oncology ASIA, 2019 Annual Meeting,
Int'l Joint Research
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[Presentation] Clinical sequencing revealed the ALK-related fusion gene in an infantile soft tissue sarcoma, leading to molecular diagnosis and ALK-targeted therapy.2019
Author(s)
Kaino A, Niizuma H, Suehara Y, Katayama S, Kato S, Saito T, Hayashi T, Moriya K, Irie M, Rikiishi T, Sasahara Y, Kure S.
Organizer
第61回 日本小児血液・がん学会学術集会
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[Presentation] Gastrointestinal stromal tumorにおけるc-kit、KCTD12発現調節に伴ったタンパク質発現解析.2019
Author(s)
佐々恵太, 末原義之, 佐野圭, 栗原大聖, 石井 翠, 金 栄智, 赤池慶祐, 大久保武人, 林大久生, 齋藤 剛, 金子和夫
Organizer
第34回日本整形外科学会基礎学術集会
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[Presentation] 軟部肉腫のROS1融合遺伝子同定とその機能解析.2019
Author(s)
末原義之, 高阪真路, 林大久生, 赤池慶祐, 佐藤信吾, 小林英介, 金栄智, 大久保武人, 金子和夫, 間野博行, 齋藤 剛.
Organizer
第34回日本整形外科学会基礎学術集会
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[Presentation] 紡錘形細胞肉腫のCAGE法(cap analysis of gene expression法)を用いた網羅的遺伝子発現解析.2019
Author(s)
佐野圭, 末原義之, 林大久生, 村川泰裕, 栗原大聖, 赤池慶祐, 高木辰哉, 金 栄智, 大久保武人, 金子和夫, 齋藤 剛.
Organizer
第92回日本整形外科学会学術総会
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