2020 Fiscal Year Annual Research Report
婦人科がん薬物療法後のがんゲノム・RNA解析による薬剤耐性の解明
| Project/Area Number |
19H03795
|
|---|
| Research Institution | Tohoku University |
|---|
Principal Investigator |
八重樫 伸生 東北大学, 医学系研究科, 教授 (00241597)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安田 純 地方独立行政法人宮城県立病院機構宮城県立がんセンター(研究所), 発がん制御研究部, 部長 (00281684)
島田 宗昭 東北大学, 医学系研究科, 准教授 (40362892)
徳永 英樹 東北大学, 大学病院, 講師 (30595559)
石橋 ますみ 東北大学, 大学病院, 助教 (20821383)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| Keywords | 婦人科がん / 薬剤耐性 / がんゲノム解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
2020年度は、東北大学病院で術前化学療法を施行した109検体のOCT包埋検体（東北大学ToMMoクリニカルバイオバンクで保管）を用いてDNAを抽出、エキソーム解析を実施した。治療開始時に採取した血液検体を用いて生殖細胞系列のエキソーム解析を行った。変異コールまで完了した。2019年度に行った検体と合わせて121検体のエクソン領域の変異の同定まで完了した。本研究のテーマは合成致死をもたらす、新規薬剤標的遺伝子の同定であり、代表的な遺伝子BRCA1/2のVUSについて、ToMMoに蓄積された3000人をこえる、エクソーム解析データと対象の質問票に記載された臨床情報との突合により、低～中リスクの病的変異である可能性がある変異を８種類同定し、誌上で発表した（Novel candidates of pathogenic variants of the BRCA1 and BRCA2 genes from a dataset of 3,552 Japanese whole genomes (3.5KJPNv2). Tokunaga H, Shimada M, Yaegashi N, Yasuda J, et al. PLoS One. 2021 Jan 11;16(1):e0236907. doi: 10.1371/journal.pone.0236907. eCollection 2021.）
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現在、臨床情報との突合を行い、情報解析を行っている。
これらの変異の意義づけに際してはAnnovarなどのアノテーション付与ソフトを活用する。生物学的・臨床医学的意義を検討、臨床像との関連のある変異を抽出し、薬剤耐性に関連する候補変異を探索している。
遺伝子XにおけるSNPがある薬剤の有害事象に関与する可能性を見出し、現在臨床情報を整理し、因果関係について検証中である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
エクソーム解析を優先して、解析を完了する方針となり、予定していたRNA-Seqは2021年度に実施することとした。2020年度までにエキソーム解析を実施した卵巣癌および子宮体癌121検体を用いて、RNA解析が可能な検体について、腫瘍組織の発現解析を実施する。多くの場合は原発巣の発現解析が中心だが、可能なものについては化学療法非奏効部位、再発あるいは残存検体についても検討する。RNA抽出後のNGSデータ取得は密な連携をしているToMMoクリニカルバイオバンクとの共同で、ToMMoにあるHiSeqなどの共用設備を活用し、外注も合わせて実施する。
|
-
-
-
-
-
[Journal Article] Discovery of a chemical compound that suppresses expression of BEX2, a dormant cancer stem cell-related protein2021
Author(s)
Saijoh S, Nakamura-Shima M, Shibuya-Takahashi R, Ito R, Sugawara A, Yamazaki T, Imai T, Asada Y, Matsuura K, Iwai W, Wakui Y, Abue M, Kawamura S, Katayose Y, Fujimori H, Mochizuki M, Yasuda J, Yamaguchi K, Sugamura K,Satoh K, Katori Y, Tamai K.
-
Journal Title
Biochemical and Biophysical Research Communications
Volume: 537
Pages: 132～139
DOI
Peer Reviewed
-
-
[Journal Article] Aberrant (pro)renin receptor expression induces genomic instability in pancreatic ductal adenocarcinoma through upregulation of SMARCA5/SNF2H2020
Author(s)
Shibayama Y, Takahashi K, Yamaguchi H, Yasuda J, Yamazaki D, Rahman A, Fujimori T, Fujisawa Y, Takai S, Furukawa T, Nakagawa T, Ohsaki H, Kobara H, Wong JH, Masaki T, Yuzawa Y, Kiyomoto H, Yachida S, Fujimoto A, Nishiyama A
-
Journal Title
Communications Biology
Volume: 3
Pages: 724
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
