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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Unification of computational statistics and measurement technology by massively parallel machine

Research Project

Project/Area Number 19H04125
Research InstitutionTottori University

Principal Investigator

星 健夫  鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (80272384)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 福島 孝治  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (80282606)
望月 出海  大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助教 (30579058)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords超並列計算 / 計算統計 / 陽電子回折 / モンテカルロ法 / ベイズ推定
Outline of Annual Research Achievements

研究の最終目的は,超並列マシン(スーパーコンピュータ)による計算統計を理論基盤として,データ解析革新による先端測定技術開発である.本課題では先駆例として,物質表面の原子スケール構造測定手法である陽電子回折実験を取り上げた.当該実験は現在,KEK物構研でのみ実施できる.計算科学・計算統計学・実験科学研究者からなる,融合チームで実施している. 学術的「問い」は,これまで「熟練研究者の知見・試行錯誤」が必要だった測定データ解析作業を置き換える,高速・高信頼なデータ解析アルゴリズムを構築することである.
本年度の成果は,以下である;(1) グリッド型大域探索・反復型局所最適化の2種アルゴリズムの組み合わせを中核として,解析プログラム開発した. (2) 開発されたプログラムを用いて,複雑多層表面構造系であるSi4O5N3/6H-SiC(0001)-(√3×√3)R30°系などの実験データ解析を行い,予備的結果として表面構造を得た. (3) 要素技術となる高速数値計算手法発展として,固有値問題の高速・高信頼数値解析法(特に後処理型精度保証計算法)のアルゴリズム開発を行い,その有用性を確認した.(4) 高精度な測定データの提供を担保する基盤整備として,超高真空を維持したまま試料輸送できるロードロックシステムを陽電子回折実験装置に導入した.これにより本プログラムを試用・利用しているユーザーからの高品質な試料提供に対応できるようになった.(5) ポピュレーション型モンテカルロ法をベイズ推定に活用することにより,大規模並列計算によるノイズの推定やベイズ因子の計算への道筋をつけた.
さらに研究発展に向け,下記研究会を共催した;「データ駆動科学と次世代計算科学 」2019年年7月8日,東京大学(https://sites.google.com/view/ddshpc2019/)

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

(1) プログラムは,2種言語(Python・Fortran)の複合プログラムとして開発され,予想以上に,高速性と使いやすさが両立できていることが確認された.具体的な超並列計算としては,スーパーコンピュータOakforest-PACSの2048ノード(全体の1/4)の計算までが行われ,高い並列効率(強スケーリング型並列効率が97%)が得られた.(2) 波及として,解析プログラムが,東大物性研2020年度「ソフトウェア開発・高度化プロジェクト」の対象ソフトに選定された(「二次元物質構造解析むけ実験データ解析の高度化」;https://www.pasums.issp.u-tokyo.ac.jp/news/802).これにより,本課題の学術的成果を速やかに普及させる見通しが立った.

Strategy for Future Research Activity

あらかじめ予見されたことであったが,データ解析を通じて,実験装置・測定試料などに由来する不確かさの数理的取り扱いの重要性が,顕在化してきた.これにより,モンテカルロ(サンプリング計算)型ベイズ推定へのニーズが再確認され,次年度への課題となった.

  • Research Products

    (22 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 9 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Development of data-analysis software for total-reflection high-energy positron diffraction (TRHEPD)2020

    • Author(s)
      Kazuyuki Tanaka,Takeo Hoshi,Izumi Mochizuki,Takashi Hanada,Ayahiko Ichimiya,Toshio Hyodo
    • Journal Title

      Acta Physica Polonica A

      Volume: 137 Pages: 188-192

    • DOI

      10.12693/APhysPolA.137.188

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An a posteriori verification method for generalized Hermitian eigenvalue problems in large-scale electronic state calculations2020

    • Author(s)
      Takeo Hoshi,Takeshi Ogita,Katsuhisa Ozaki,Takeshi Terao
    • Journal Title

      Journal of Computational and Applied Mathematics

      Volume: 376 Pages: 112830/1-13

    • DOI

      10.1016/j.cam.2020.112830

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 全反射高速陽電子回折(TRHEPD)実験データ解析による Si4O5N3 / 6H-SiC (0001)-(√3×√3) R30°表面構造決定2020

    • Author(s)
      田中和幸, 尾家翔太郎, 望月出海, 田中悟, 兵頭俊夫, 星健夫
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] 2次元物質構造測定データ解析におけるAI/HPC融合2019

    • Author(s)
      星健夫
    • Organizer
      ポスト京重点課題7研究会「放射光実験と計算科学の新たな連携を目指して」
    • Invited
  • [Presentation] データ駆動科学のための(非マルコフ連鎖)モンテカルロ法2019

    • Author(s)
      福島孝治
    • Organizer
      ポスト京重点課題7研究会「放射光実験と計算科学の新たな連携を目指して」
    • Invited
  • [Presentation] Novel linear algebraic solvers and numerical libraries for computational material science2019

    • Author(s)
      Takeo Hoshi
    • Organizer
      Innovation in materials analysis by data assimilation of simulation and measurement
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 全反射高速陽電子回折(TRHEPD)実験データ解析によるSi4O5N3 / 6H-SiC (0001)-(√3×√3) R30°表面の構造探索2019

    • Author(s)
      田中和幸, 尾家翔太郎, 望月出海, 田中悟, 兵頭俊夫, 星健夫
    • Organizer
      研究会「陽電子科学とその理工学への応用」
  • [Presentation] 全反射高速陽電子回折法によるルチル型 TiO2(110)-(1×2)表面原子配置の決定2019

    • Author(s)
      望月出海
    • Organizer
      研究会「陽電子科学とその理工学への応用」
    • Invited
  • [Presentation] サンプリングによるデータ駆動科学2019

    • Author(s)
      福島孝治
    • Organizer
      第22回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2019)
    • Invited
  • [Presentation] Application of population annealing to Bayesian statistics2019

    • Author(s)
      Kouji Hukushima
    • Organizer
      Workshop “New methods in Monte Carlo simulations: parallel, adaptive, irreversible”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Population Annealing with an extended ensemble2019

    • Author(s)
      Kouji Hukushima
    • Organizer
      Workshop “New Algorithms for Optimization, Sampling, Learning, and Quantum Simulations”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Data-driven scientific analysis of total-reflection high-energy positron diffraction (TRHEPD) data on surface atomic arrangement2019

    • Author(s)
      Kazuyuki Tanaka, Takeo Hoshi, Izumi. Mochizuki, Ayahiko Ichimiya, Toshio Hyodo
    • Organizer
      Japan-China Joint Workshop on Positron Science
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Fusion of massively parallel data-driven science and novel measurement technology for surface structure analysis2019

    • Author(s)
      Takeo Hoshi
    • Organizer
      11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 陽電子回折実験に対する高速化データ駆動科学2019

    • Author(s)
      星 健夫
    • Organizer
      第9回極限物質科学研究会-動力学的回折理論による結晶構造解析
    • Invited
  • [Presentation] 全反射高速陽電子回折(TRHEPD)法による単原子層銅シリサイドCu/Si(111)の構造解析2019

    • Author(s)
      中司湧星, 田中和幸, 篠原彩, 望月出海, 星健夫, 兵頭俊夫, 高山あかり
    • Organizer
      日本物理学会
  • [Presentation] Recent studies of Surface Structure Analysis with Total-Reflection High-Energy Positron Diffraction (TRHEPD) at Slow-Positron Facility, KEK2019

    • Author(s)
      Izumi Mochizuki, Yuki Fukaya, Yukihiko Endo, Akari Takayama, Shuji Hasegawa, Ayahiko Ichimiya, and Toshio Hyodo
    • Organizer
      The 15th International Workshop on Slow Positron Beam Techniques & Applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Data-scientific software for the surface structure analysis by total-reflection high-energy positron diffraction (TRHEPD)2019

    • Author(s)
      Kazuyuki Tanaka, Takeo Hoshi, Izumi Mochizuki, Ayahiko Ichimiya, Toshio Hyodo
    • Organizer
      The 15th International Workshop on Slow Positron Beam Techniques & Applications
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高速化データ駆動科学を用いた陽電子回折実験のデータ解析2019

    • Author(s)
      田中和幸, 星健夫
    • Organizer
      JHPCN: 学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点第11回 シンポジウム
  • [Presentation] 高速化データ駆動科学を用いた全反射高速陽電子回折(TRHEPD)のデータ解析2019

    • Author(s)
      田中和幸, 星健夫, 望月出海, 一宮彪彦, 兵頭俊夫
    • Organizer
      アイソトープ・放射線研究発表会
  • [Book] 21st Century Nanoscience - A Handbook Nanophysics Sourcebook (Volume One) (分担執筆.担当:Chap. 15: Numerical methods for large-scale electronic state calculation on supercomputer)2019

    • Author(s)
      Takeo Hoshi, Yusaku Yamamoto, Tomohiro Sogabe, Kohei Shimamura, Fuyuki Shimojo, Aiichiro Nakano, Rajiv Kalia and Priya Vashishta
    • Total Pages
      360
    • Publisher
      CRC Press
    • ISBN
      9780815384434
  • [Remarks] 望月出海:日本陽電子科学会2019年奨励賞を受賞

    • URL

      https://www2.kek.jp/imss/spf/topics/2019/12/061209.html

  • [Remarks] 研究代表者(星健夫)のウェブページ

    • URL

      http://www.damp.tottori-u.ac.jp/~hoshi/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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