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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Efficient estimation of data structure from multiple tensors

Research Project

Project/Area Number 19H04169
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

馬見塚 拓  京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords機械学習
Outline of Annual Research Achievements

研究目的は、以下であった。すなわち、まず、現代社会のデータに急増している以下2つの点の組み合わせに着目した:1) テンソル(従来の行列のみならず高次元のテンソルが得られる)、2)複数データ(購買データのみならずSNS 等からユーザ間のリンク(隣接行列:「ユーザ×ユーザ」) 等が補助情報として得られ、モード(例えばユーザ) を共有する複数データ(行列) が得られる)。以上の2つの特徴を踏まえ、「モードを共有する複数テンソルの内在構造の効率的解析手法」構築を研究の目的とした。研究実施計画では、複数テンソルを表現(近似)可能な低ランクパラメータによるノルムを設計し、ノルムの効率的学習手法の構築及び学習誤差の解析から問題の包括・普遍的理解を目指した。一方、今年度の研究実績においては、より現実的なデータへの適用を考慮し、一般的なテンソルではなく制限のあるテンソルに関して、具体的な学習アルゴリズムを提案した。例えば、グラフの観点から、グラフのエッジ(ハイパーエッジ)が最大N個のノードを持つハイパーグラフは、N次元のテンソルとみなすことができる。従って、N次元のテンソル、すなわち、ハイパーエッジのノード数を最大Nとしたハイパーグラフの学習手法をハイパーグラフニューラルの枠組みで構築した。特に、N=3とした場合に、実データに対する適用から構築手法の性能が、特定の応用対象、すなわちバイオインフォマティクスでの非常に重要な問題である、複数薬物の副作用予測問題に対して、既存手法をはるかに凌駕する性能を挙げることが確認できた。これらの成果は、いくつかの論文としてまとめられ、特に、バイオインフォオマティクスのトップ国際会議であるISMB等に採択され、成果が世界のトップレヴェルにあることが実証できた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究実績の概要で述べたように、今年度までの研究では、テンソルの学習において、より現実的なデータへの適用を考慮し、一般的なテンソルではなく制限のあるテンソルに関する、実際的な学習アルゴリズムを提案した。具体的に、N次元のテンソルは、グラフの観点から、グラフのエッジ(ハイパーエッジ)が最大N個のノードを持つハイパーグラフとみなすことができるため、そのような条件(すなわち、ハイパーエッジのノード数を最大N)でのハイパーグラフの学習手法をハイパーグラフニューラルの枠組みで構築した。より具体的には、学習モデルはブロックモデルで、ブロックを構成するパラメータの値をハイパーグラフニューラルネットワークで学習する。実データに対する適用は、特に、N=3とした場合に、バイオインフォマティクスでの非常に重要な問題である、複数(2つの)薬物の副作用予測問題を考慮した。この問題において、2つの薬物と副作用が3つのノードの結合としてハイパーエッジとして表現される。ハイパーエッジのノード数を3に制限し(すなわち3次元のテンソル)、このようなブロックモデルのパラメータの学習から、実際の応用(薬物の副作用予測問題)において、既存手法をはるかに凌駕する性能を挙げることが確認できた。これらの成果は、いくつかの論文としてまとめられ、特に、バイオインフォオマティクスのトップ国際会議であるISMB等に採択され、成果が世界のトップレヴェルにあることが実証できた。

Strategy for Future Research Activity

本年度までの研究成果を踏まえ、今後の研究推進方法として、以下の2つが考慮される。1)テンソル学習の推進:今年度の学習ではテンソル(ハイパーグラフ)の具体的な学習手法の提案と実データへの応用を行った。特に、ハイパーグラフニューラルネットワークによる学習手法を構築し、その学習手法の性能を確認した。このような実データに即した高次元データ(テンソルやハイパーグラフ)の学習手法を提案し、実データ・実問題により、その性能を確認していく。この際に、1つのテンソルだけでなく、モードを共有する複数のテンソルに対しても、同様に高精度・高性能な機械学習手法を構築し、性能を実問題(及びデータ)で確認する。2)テンソル学習の解析:当初の研究目的により即した内容は、テンソルを表現(近似)可能な低ランクパラメータによるノルムを設計し、ノルムの効率的学習手法の構築及び学習誤差の解析等から問題の包括・普遍的理解を目指すことである。特に、モードを共有する複数のテンソルに対して、この研究を推進する。

  • Research Products

    (23 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (20 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Peer Reviewed: 19 results,  Open Access: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] Semmelweis University(ハンガリー)

    • Country Name
      HUNGARY
    • Counterpart Institution
      Semmelweis University
  • [Int'l Joint Research] Fudan University/XI'an Jiao Tong University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Fudan University/XI'an Jiao Tong University
  • [Int'l Joint Research] Aalto University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Journal Article] Central-Smoothing Hypergraph Neural Networks for Predicting Drug?Drug Interactions2023

    • Author(s)
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1109/TNNLS.2023.3261860

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sc2Mol: a scaffold-based two-step molecule generator with variational autoencoder and transformer2022

    • Author(s)
      Liao Zhirui、Xie Lei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 39 Pages: -

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac814

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SPARSE: a sparse hypergraph neural network for learning multiple types of latent combinations to accurately predict drug?drug interactions2022

    • Author(s)
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Petschner Peter、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 38 Pages: i333~i341

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac250

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] DeepMHCII: a novel binding core-aware deep interaction model for accurate MHC-II peptide binding affinity prediction2022

    • Author(s)
      You Ronghui、Qu Wei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 38 Pages: i220~i228

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac225

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] DIVERSE: Bayesian Data IntegratiVE Learning for Precise Drug ResponSE Prediction2022

    • Author(s)
      Paltun Betul Guvenc、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      Volume: 19 Pages: 2197~2207

    • DOI

      10.1109/TCBB.2021.3065535

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein?phenotype associations2021

    • Author(s)
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 38 Pages: 799~808

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab729

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crop loss identification at field parcel scale using satellite remote sensing and machine learning2021

    • Author(s)
      Hiremath Santosh、Wittke Samantha、Palosuo Taru、Kaivosoja Jere、Tao Fulu、Proll Maximilian、Puttonen Eetu、Peltonen-Sainio Pirjo、Marttinen Pekka、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 16 Pages: e0251952

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0251952

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Machine Learning for Metabolic Identification2021

    • Author(s)
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Creative Complex Systems

      Volume: - Pages: 329~350

    • DOI

      10.1007/978-981-16-4457-3_20

  • [Journal Article] Drug3D-DTI: Improved Drug-target Interaction Prediction by Incorporating Spatial Information of Small Molecules2021

    • Author(s)
      Liao Zhirui、Huang Xiaodi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Proceedings of the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2021)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1109/BIBM52615.2021.9669707

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Machine learning approaches for drug combination therapies2021

    • Author(s)
      G?ven??Paltun Bet?l、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Briefings in Bioinformatics

      Volume: 22 Pages: -

    • DOI

      10.1093/bib/bbab293

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Learning subtree pattern importance for Weisfeiler-Lehman based graph kernels2021

    • Author(s)
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Machine Learning

      Volume: 110 Pages: 1585~1607

    • DOI

      10.1007/s10994-021-05991-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DeepGraphGO: graph neural network for large-scale, multispecies protein function prediction2021

    • Author(s)
      You Ronghui、Yao Shuwei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 37 Pages: i262~i271

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab270

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] HPOFiller: identifying missing protein?phenotype associations by graph convolutional network2021

    • Author(s)
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 37 Pages: 3328~3336

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab224

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] XGSEA: CROSS-species gene set enrichment analysis via domain adaptation2021

    • Author(s)
      Cai Menglan、Hao Nguyen Canh、Mamitsuka Hiroshi、Li Limin
    • Journal Title

      Briefings in Bioinformatics

      Volume: 22 Pages: -

    • DOI

      10.1093/bib/bbaa406

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Improving drug response prediction by integrating multiple data sources: matrix factorization, kernel and network-based approaches2021

    • Author(s)
      G?ven? Paltun Bet?l、Mamitsuka Hiroshi、Kaski Samuel
    • Journal Title

      Briefings in Bioinformatics

      Volume: 22 Pages: 346~359

    • DOI

      10.1093/bib/bbz153

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A survey on adverse drug reaction studies: data, tasks and machine learning methods2021

    • Author(s)
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Briefings in Bioinformatics

      Volume: 22 Pages: 164~177

    • DOI

      10.1093/bib/bbz140

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean2021

    • Author(s)
      Kaneko Hiroto、Blanc-Mathieu Romain、Endo Hisashi、Chaffron Samuel、Delmont Tom O.、Gaia Morgan、Henry Nicolas、Hern?ndez-Vel?zquez Rodrigo、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi、Forterre Patrick、Jaillon Olivier、de Vargas Colomban、Sullivan Matthew B.、Suttle Curtis A.、Guidi Lionel、Ogata Hiroyuki
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 24 Pages: 102002~102002

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.102002

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Reshaped tensor nuclear norms for higher order tensor completion2021

    • Author(s)
      Wimalawarne Kishan、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      Machine Learning

      Volume: 110 Pages: 507~531

    • DOI

      10.1007/s10994-020-05927-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] BERTMeSH: deep contextual representation learning for large-scale high-performance MeSH indexing with full text2020

    • Author(s)
      You Ronghui、Liu Yuxuan、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 37 Pages: 684~692

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa837

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Learning on Hypergraphs with Sparsity2020

    • Author(s)
      Nguyen Hao Canh、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1109/TPAMI.2020.2974746

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2023-12-25  

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