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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Development of a large-scale kinetic model of human organ systems

Research Project

Project/Area Number 19H04208
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

倉田 博之  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (90251371)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywordsダイナミックモデル / ヒト代謝 / 動力学 / 臓器 / シミュレーション / 予測 / インスリン / 肝臓
Outline of Annual Research Achievements

ヒトの代謝の臓器連関のダイナミックモデルを開発する。モデル対象は,血管を通してつながる小腸,肝臓,骨格筋,脂肪組織,腎臓である.臓器間の物質交換は,血漿を介して行われる.血管内を循環する分子は,インスリンを含む信号伝達物質,グルコース,グリコーゲン,トリグリセリド,脂肪酸,酸素を含む基質,炭酸,尿素,胆汁などの排出物である.基質からエネルギーや物質が生成され,余剰物質は,グリコーゲンや脂肪として細胞内に蓄積する.血液回路は,完全混合流れを仮定する.完全混合流れでは、血液中の成分が完全に均一であり,供給した物質が一瞬の時間も置かず均一な状態へ混合される.臓器は 多様な組織から秩序正しく構成される一方で,測定データが著しく欠如しているため,組織の構造を考慮した定量的モデルを作ることは難しい .そこで臓器全体の平均化代謝流束を仮定した.血漿中物質濃度の時間変化を微分方程式で記述した.血漿中の物質濃度は,各臓器組織と血漿 間の物質の交換流束,物質供給と排出流束を用いて表した.血漿と臓器組織間物質交換反応を表す方程式を立てる.細胞内の代謝流束分布も微分方程式で記述した。細胞内に蓄積するグリコーゲン,トリグリセリドの濃度変化も微分方程式を用いて記述した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

予定通り進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

予定通り進んでいるので,計画を変更することなく,ヒト代謝の動力学モデルの開発を続けていく。

  • Research Products

    (5 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] VU University(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      VU University
  • [Journal Article] Computer-aided rational design of efficient NADPH production system by Escherichia coli pgi mutant using a mixture of glucose and xylose2020

    • Author(s)
      Yu Matsuoka, Hiroyuki Kurata.
    • Journal Title

      Front. Bioeng. Biotech.

      Volume: 8 Pages: 277

    • DOI

      10.3389/fbioe.2020.00277

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Self-replenishment cycles generate a threshold response2019

    • Author(s)
      Hiroyuki Kurata
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 17139

    • DOI

      10.1038/s41598-019-53589-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ranking network mechanisms by how they fit diverse experiments and deciding on E. coli's ammonium transport and assimilation network2019

    • Author(s)
      Kazuhiro Maeda, Hans V. Westerhoff, Hiroyuki Kurata, Fred C. Booger
    • Journal Title

      npj Systems Biology and Application

      Volume: 5 Pages: 14

    • DOI

      10.1038/s41540-019-0091-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Remarks] CADLIVE

    • URL

      http://www.cadlive.jp/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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