2019 Fiscal Year Annual Research Report
High performance microbial cell factories development by model based metabolic design and adaptive laboratory evolution
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19H05626
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
清水 浩 大阪大学, 情報科学研究科, 教授 (00226250)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
戸谷 吉博 大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (70582162)
堀之内 貴明 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (60610988)
鈴木 宏明 中央大学, 理工学部, 教授 (20372427)
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| Project Period (FY) |
2019-06-26 – 2024-03-31
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| Keywords | 代謝工学 / ゲノムスケールモデル / 指向性進化 / ロボット / マイクロリアクタ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
微生物は細胞内に複雑に相互作用する多数の代謝反応を持つため、目的物質生産のために代謝を最適化するのは容易なことではない。本研究では、微生物代謝を統一的に理解し、合理的にデザインできる代謝工学を確立することを目的としている。有用物質生産の宿主微生物である大腸菌について、様々な炭素源、異なる前駆体から合成される目的物質を設定することで、代謝経路の律速点を網羅的に抽出するための研究を行う。中枢代謝の主要な経路のフラックスを増加するための原理を抽出し、代謝を自在に操る手法を確立することを目指す。すなわち、ゲノムスケールモデルを用い、細胞増殖と目的物質の生産が連動するように代謝経路をデザインする。また、ロボットを用いて継代培養を行い、増殖速度が上昇し代謝の律速点が解消された進化株を取得する。さらに、マイクロ流路を用いた多系列連続培養系を開発し、系列数と選択圧の種類を増やすことで、微生物の進化プロセスを多次元化する。得られた進化株のゲノム解析や代謝解析を行い、親株からどのように代謝が遷移したのかを明らかにする。得られた知見をもとに代謝を自在に変化させ、有用物質生産株を構築する手法を確立する。
本年度は、ゲノムスケール代謝モデルを利用し、目的物質を生産する大腸菌の代謝経路のin silicoデザイン法を整備した。フラックスバランス解析法を用いて、細胞増殖と目的物質の生産が連動するように代謝をデザインし、必要な代謝経路の導入、不要な経路の削除を行って、有用物質生産のための基盤株を構築できる基盤を整えた。ロボットを用いて、実験室進化を行うことによって、増殖速度が上昇した進化株を取得する方法も立ち上げた。多系列で異なる目的物質の生産性を向上させることが可能なシステムを開発し実験室進化を開始した。さらに、マイクロ流路工学による定常連続培養リアクタのプロトタイプを試作した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度は、ゲノムスケール代謝モデルによるin silicoデザイン法を整備した。フラックスバランス解析法を用いて有用物質生産のための基盤株を構築できる基盤を整えた。また、ロボットを用いて、実験室進化を行うことによって、増殖速度が上昇した進化株を取得する方法も立ち上げ実際に実験がスタートした。さらに、マイクロ流路を設計し大腸菌を培養するマイクロリアクタのプロトタイプ試作を行った。以上の観点から研究は計画通りおおむね順調に進展していると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、代謝フラックスバランス法の適用を拡大する。さらに進化実験を行って得られた進化株の機能解析を行う。また、マイクロ流路工学により多系列定常連続培養リアクタによる進化法の開発を進める。このように、in silico代謝デザイン法、実験室進化、マイクロリアクタによる連続培養を組み合わせ、中枢代謝の主要な経路のフラックスを増加するための原理を抽出し、代謝を自在に操る手法の確立を目指していく。
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