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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Study on the mechanism of nutrient recognition and coordination of nutrient response in plants

Research Project

Project/Area Number 19H05637
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

藤原 徹  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (80242163)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三輪 京子  北海道大学, 地球環境科学研究院, 准教授 (50570587)
高野 順平  大阪公立大学, 大学院農学研究科, 教授 (70532472)
Project Period (FY) 2019-06-26 – 2024-03-31
Keywords栄養感知機構 / 下流現象 / 成長制御 / 数理モデル / リボソーム
Outline of Annual Research Achievements

本研究では栄養感知の分子機構の解明と感知に伴って起こる現象の普遍的な解析を(1)細胞内、(2)細胞膜、(3)細胞壁の3つコンパートメントごとに進めきている。本年度の成果の概略を記す。(1)細胞内感知機構の構造的理解としてはホウ素依存的に起こるリボソームのAUGUAA上での停止後に起こるmRNA分解について、変異株から得られた原因遺伝子の一つがAUGUAAを持つmRNA上で停止したリボソームの周辺でmRNAを切断する可能性を調査するために、当該遺伝子がコードするタンパク質の断片を大腸菌で発現させ得られたタンパク質のRNA分解活性を調査したところ、分解活性があることが見出された。さらに当該変異株での分解されたmRNA断片の網羅解析を行ったところ、NIP5;1 mRNAの分解に影響を及ぼすことが確認された。また、ホウ素濃度を変化させたときの翻訳調節の網羅解析を行い、多くの遺伝子が翻訳制御を受けていることが明らかになった。 (2)細胞膜:細胞膜に局在するホウ素輸送体BOR1はホウ素濃度が高まると細胞内に選択的に取り込まれ分解される。BOR1と相互作用するタンパク質を解析するための各種系統の解析を行った。(3)細胞壁:ホウ素欠乏での生育が野生型よりも優れた複数のシロイヌナズナ変異株について、ペクチン含量等に異常があることが見出されている。本年度についても継続的に変異株について、原因遺伝子やその遺伝子産物の機能についての推定を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

3つの研究項目について新たな知見が得られており、また論文発表も進んでいることから、概ね順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

当初の計画に従って研究を進めていく予定である。

  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results)

  • [Journal Article] Novel lignin-based extracellular barrier in glandular trichome2024

    • Author(s)
      Hao Ning、Yao Hongxin、Suzuki Michio、Li Baohai、Wang Chunhua、Cao Jiajian、Fujiwara Toru、Wu Tao、Kamiya Takehiro
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 10 Pages: 381-389

    • DOI

      10.1038/s41477-024-01626-x

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Transcriptome Analysis of Rice Root Tips Reveals Auxin, Gibberellin and Ethylene Signaling Underlying Nutritropism2024

    • Author(s)
      Yamazaki Kiyoshi、Ohmori Yoshihiro、Takahashi Hirokazu、Toyoda Atsushi、Sato Yutaka、Nakazono Mikio、Fujiwara Toru
    • Journal Title

      Plant And Cell Physiology

      Volume: 65(4) Pages: 671-679

    • DOI

      10.1093/pcp/pcae003

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF12024

    • Author(s)
      Tanaka Mayuki、Yokoyama Takeshi、Saito Hironori、Nishimoto Madoka、Tsuda Kengo、Sotta Naoyuki、Shigematsu Hideki、Shirouzu Mikako、Iwasaki Shintaro、Ito Takuhiro、Fujiwara Toru
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 20 Pages: 605-614

    • DOI

      10.1038/s41589-023-01513-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Global ribosome sequencing analysis of Arabidopsis mutant having mutation in a ribosomal protein uL13: boron-dependent growth change and expression of boron transporter gene2023

    • Author(s)
      福田寛史
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Quantitative analysis of the feeding behavior of herbivorous insects on Arabidopsis leaves reveals detailed mechanisms of trichomes contribution to plant defense2023

    • Author(s)
      反田直之
    • Organizer
      The 33rd International Conference on Arabidopsis Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 種子の大きさと鞘内の種子の充填率を制御する遺伝子の同定・機能解析と栄養の影響2023

    • Author(s)
      福田 寛史、山崎 清志、藤原 徹
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2023年度愛媛大会
  • [Presentation] シロイヌナズナにおけるホウ素輸送体NIP5:1のホウ素に応答したmRNA分解に関与する遺伝子の同定2023

    • Author(s)
      田中真幸・Saul Sotomayor・反田直之・藤原 徹
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2023年度愛媛大会
  • [Presentation] Ribosome profiling of ribosomal protein mutant of Arabidopsis thaliana: Effect of uL13z on boron-dependent growth, translation and ribosome stalling2023

    • Author(s)
      福田寛史
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] "Consideration on spatial distribution of boron transporters in epidermal cells"2023

    • Author(s)
      反田直之
    • Organizer
      ホウ素栄養研究会 2023
  • [Presentation] 不均一栄養環境下での根系の非破壊観察を 可能にする栽培デバイスの開発2023

    • Author(s)
      反田直之
    • Organizer
      植物の栄養研究会
  • [Presentation] 数理モデルによる細胞レベルでの代謝ロジスティクスの推定 -ホウ素-2023

    • Author(s)
      反田直之
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
  • [Presentation] Nutrient-dependent regulation of transporter gene expression through combination of translational and transcriptional regulation2023

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta, Toru Fujiwara
    • Organizer
      The 28th Annual Meeting of the RNA Society
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Phenotypes of ribosomal protein mutants in response to nitrogen deficiency in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Shuying LI, Hirofumi Fukuda, Naoyuki Sotta, Dichao Ma, and Toru Fujiwara.
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Study on the Arabidopsis shoot growth improvement under 2-D clinostat2023

    • Author(s)
      Yunshu Wang, Marcel Pascal Beier, Yoshihiro Ohmori, Motoyuki Ishimori, and Toru Fujiwara
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 80Sリボソームによる5’非翻訳領域のスライディング機構2023

    • Author(s)
      "Mayuki Tanaka, Takeshi Yokoyama, Hironori Saito, Madoka Nishimoto, Kengo Tsuda, Naoyuki Sotta, Hideki Shigematsu, Mikako Shirouzu, Shintaro Iwasaki, Takuhiro Ito, and Toru Fujiwara"
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ホウ素依存的リボソーム停滞に伴うRNA分解を担うribonucleaseの標的解析2023

    • Author(s)
      反田直之
    • Organizer
      第11回 植物RNAネットワークシンポジウム
  • [Presentation] Scanning of AUG by the 80S ribosome: the case of NIP5;1 having AUGUAA in the 5' untranslated region2022

    • Author(s)
      田中真幸
    • Organizer
      日本RNA学会
  • [Presentation] ホウ素輸送体NIP5:1のホウ素濃度依存的な翻訳制御に関与する遺伝子の同定2022

    • Author(s)
      田中真幸、反田直之、藤原 徹
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2022年度東京大会
  • [Presentation] Arabidopsis thaliana RPL13aC regulates root system architecture through shoot potassium accumulation2022

    • Author(s)
      Dichao Ma, Hirofumi Fukuda, Naoyuki Sotta, Toru Fujiwara
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会(仙台年会)
  • [Presentation] Involvement of Ribosomal Protein uL13 in Regulation of boron-dependent translationリボソームタンパクuL13はシロイヌナズナの地上部でみられるホウ素栄養に応 じた翻訳制御に関与する2022

    • Author(s)
      福田寛史 , 反田直之 , 田中真幸 , 千葉由佳子 , 三輪京子 , 山下由衣 , 内藤哲 , 藤原徹
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会(仙台年会)
  • [Presentation] シロイヌナズナホウ素トランスポーター,NIP5:1 のホウ素依存的 mRNA 分解に関与する遺伝子の同定 Identification of genes involved in boron-dependent mRNA degradation of the boron transporter NIP5:1 in Arabidosis thaliana2022

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Sotomayor Leyton Saul, Naoyuki Sotta, Toru Fujiwara
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会(仙台年会)

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Published: 2024-12-25  

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