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2020 Fiscal Year Annual Research Report

光依存性ホスホジエステラーゼの酵素活性制御機構に関する構造的基盤の解明

Research Project

Project/Area Number 19J13316
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

生田 達也  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2021-03-31
Keywordsロドプシン / Rh-PDE
Outline of Annual Research Achievements

Rh-PDEは光依存性のホスホジエステラーゼであり、光を受容すると環状ヌクレオチドであるcAMPやcGMPを加水分解する。その性質から光遺伝学での応用が期待されているが、実際の応用には構成的活性が高いという問題がある。このRh-PDEの光依存性を解明し構成的活性を抑えることを目的として、Rh-PDEの立体構造の解析を行った。Rh-PDEはN末端側の膜貫通ドメインとC末端側の酵素ドメイン、それらを繋ぐリンカーから構成される。全長構造の決定を試みたが困難であったため、まずRh-PDEの膜貫通ドメインの構造解析を行い、2.6Å分解能での構造決定に成功した。全長構造をモデルするために、膜貫通ドメインにリンカー領域を加えた構造と、酵素ドメインにリンカー領域を加えた構造についても構造解析を行い、それぞれ3.5Åと2.1Å分解能での構造決定に成功した。リンカー領域の全体構造を決定できなかったため、リンカー領域を計算機を用いてモデリングを行った。また、Rh-PDEを高速AFMで観察した。これらの実験的に決定した3つの構造と計算機で構築したモデル、高速AFMで観察した像を踏まえ、Rh-PDEの全長構造モデルを提唱した。以上の結果ならびに変異体実験の結果をまとめた論文がNature Communications誌に受理され、出版された。現時点において、Rh-PDEの属する酵素型ロドプシンとして唯一の立体構造の報告論文となっている。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (2 results)

All 2020 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase2020

    • Author(s)
      Ikuta Tatsuya、Shihoya Wataru、Sugiura Masahiro、Yoshida Kazuho、Watari Masahito、Tokano Takaya、Yamashita Keitaro、Katayama Kota、Tsunoda Satoshi P.、Uchihashi Takayuki、Kandori Hideki、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19376-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Remarks] 光依存的に環状ヌクレオチドを分解するロドプシン酵素の構造を解明

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2020/7094/

URL: 

Published: 2021-12-27  

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