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2022 Fiscal Year Research-status Report

Analysis of interfacial network dynamics focused on cellular pattern formation

Research Project

Project/Area Number 19K03634
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

SVADLENKA KAREL  京都大学, 理学研究科, 准教授 (60572188)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村川 秀樹  龍谷大学, 先端理工学部, 准教授 (40432116)
富樫 英  神戸大学, 医学研究科, 助教 (90415240)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords界面の異方性 / Finsler距離 / 積分核 / 障害物 / ガンマ収束
Outline of Annual Research Achievements

2021年度は界面ネットワークのダイナミクスを記述するモデルの解析と数値解法を確立し,実際の生物学の未解決問題に適用することで問題の解明に成功したが,2022年度はこのモデルと数値解法をさらに一般化することを試みた.
具体的には,当初の研究計画に掲げた異方性のある(向きに依存するエネルギーを持つ)界面のネットワークと,位置に依存するエネルギーを持つ界面のネットワークの解析手法を探索した.すでに確立した上記の数値近似を異方性のあるケースに拡張する場合,熱方程式による拡散近似を一般の非等方的な積分核との畳み込みで置き換える必要があることがわかり,この近似が実際に機能していることをS. Gavhale氏との共著論文で発表したが,接合点を含む界面ネットワークの場合のこの近似の解析が非常に難しい問題であることもわかった.
異方性も含めて平均曲率流の世界的第一人者である研究者とも議論し,方針が定まらなかったため,2相の問題とネットワークの問題の間に位置すると言える障害物上の2相のダイナミクスをまず扱うことにした.この問題は細胞の基盤上の運動や細胞同士の接触による相互作用といった現象の理解に役立ち,応用上も意義があるのではなく,一般のネットワークの解析の踏み台になることを期待している.
障害物上の問題はエネルギーの異方性と場所への依存性という一般の場合に解析を開始し,近似スキームの安定性・整合性とエネルギー汎関数のガンマ収束の確認ができた.現在はスキーム自体の収束,そしてそこから従う解の存在の証明に取り組んでいる.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

次に扱う予定だった異方性のもつ界面ネットワークの問題が難易度が高いことに納得し,分野の第一人者でも対策が思いつかないことを確認するのに時間がかかった.最終目標を視野に入れながら,より実現可能な目標を設定して研究の方針を修正したが,共同でこの問題に取り組む予定だったウィーン大学の研究者の日本訪問がコロナの関係で遅れ,新しい方針での研究が本格的に始まったのは1月後半であった.軌道修正をした問題に対して結果が得られつつあるが,当初の計画より遅れているため,補助金の期間の延長を申請させていただいた.

Strategy for Future Research Activity

2023年度は,一つの細胞(相)が変形しない障害物の上を運動する問題を解析することから始める.このとき,界面のエネルギーが異方的である場合と界面の位置に依存する場合も含めて考慮することを目指す.非等方的な積分核による拡散近似が収束することを証明し,この近似による数値スキームの振る舞いを調べる.
異方性のある場合が難しくても,位置に依存するエネルギーの問題をネットワークの設定に拡張し,科学的な場と細胞集団が相互作用しながら発展する応用を念頭におきつつ,連成問題の解析を進める.
これと同時に,生物学の研究分担者と国内外の共同研究者と議論を重ね,細胞組織の形態形成における数理的な課題を発掘し,それに従って研究の方向性を修正していく.

Causes of Carryover

昨年度に引き続き,COVID-19感染拡大のため,予定していた出張ができなかったので,旅費の使用は計画より大幅に減少した.次年度は可能な限り,研究集会の参加や研究議論を行うための出張を増やす予定である.

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] A Crank-Nicolson type minimization scheme for a hyperbolic free boundary problem2022

    • Author(s)
      Akagawa Yoshiho、Ginder Elliott、Koide Syota、Omata Seiro、Svadlenka Karel
    • Journal Title

      Discrete and Continuous Dynamical Systems - B

      Volume: 27 Pages: 2661~2661

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2021153

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dewetting dynamics of anisotropic particles: A level set numerical approach2022

    • Author(s)
      Gavhale Siddharth、Svadlenka Karel
    • Journal Title

      Applications of Mathematics

      Volume: 67 Pages: 543~571

    • DOI

      10.21136/AM.2021.0040-21

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A numerical algorithm for modeling cellular rearrangements in tissue morphogenesis2022

    • Author(s)
      Mohammad Rhudaina Z.、Murakawa Hideki、Svadlenka Karel、Togashi Hideru
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03174-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Elastoplastic Deformations of Layered Structures2022

    • Author(s)
      Drozdenko Daria、Knapek Michal、Kruzik Martin、Mathis Kristian、Svadlenka Karel、Valdman Jan
    • Journal Title

      Milan Journal of Mathematics

      Volume: 90 Pages: 691~706

    • DOI

      10.1007/s00032-022-00368-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Impacts of manipulating cell sorting on in vitro hair follicle regeneration2022

    • Author(s)
      Kageyama Tatsuto、Anakama Riki、Togashi Hideru、Fukuda Junji
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 134 Pages: 534~540

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.09.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hearing loss in mice with disruption of auditory epithelial patterning in the cochlea2022

    • Author(s)
      Katsunuma Sayaka、Togashi Hideru、Kuno Shuhei、Fujita Takeshi、Nibu Ken-Ichi
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fcell.2022.1073830

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 内耳の市松模様の細胞パターンは聴覚機能にはたらく2022

    • Author(s)
      富樫英
    • Journal Title

      科学

      Volume: 92(11) Pages: 982-986

  • [Presentation] 細胞間接着に関する理論とシミュレーション2023

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      生物とソフトマターに関する理論とシミュレーションについての研究会
    • Invited
  • [Presentation] 構造材料の弾塑性有限変形の変分解析2023

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      日本数学会2023年会
  • [Presentation] 構造材料の均質化と剛性定理2023

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      北陸応用数理研究会2023
    • Invited
  • [Presentation] Variational approach to modeling of elastoplastic deformation of structured materials2022

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      IMI Workshop II: Geometry and Algebra in Material Science III
    • Invited
  • [Presentation] 感覚器官上皮における細胞配列ダイナミックスの数理的解明2022

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      第3回 京大―ハイデルベルク大―理研 ワークショップ 「医学と数理」
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Understanding of kink-band formation by means of a rate-independent model obtained by homogenization of mille-feuille structure2022

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      The 5th International Symposium on Long-Period Stacking/Order Structure and Mille-feuille Structure
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An approximation to a model governing the motion of two cell population2022

    • Author(s)
      Hideki Murakawa
    • Organizer
      RIMS Symposium Mathematical Analysis on pattern formation, propagation and interfacial phenomena
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 聴覚上皮の市松模様の細胞パターンと聴覚機能2022

    • Author(s)
      Hideru Togashi
    • Organizer
      第3回 「医学と数理」京大-ハイデルベルク大-理研 ワークショップ
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Three different domains of afadin independently regulate cell intercalation in nectin-dependent mosaic cellular patterning2022

    • Author(s)
      Shuhei Kuno, Tetsuhisa Otani, Akira Suzuki, Hideru Togashi
    • Organizer
      55th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular interactions between p120 catenin and cadherin regulate junction2022

    • Author(s)
      Hideru Togashi
    • Organizer
      55th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • Int'l Joint Research
  • [Book] Variational Approach to Hyperbolic Free Boundary Problems2022

    • Author(s)
      Seiro Omata, Karel Svadlenka, Elliott Ginder
    • Total Pages
      94
    • Publisher
      Springer

URL: 

Published: 2023-12-25  

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