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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis of interfacial network dynamics focused on cellular pattern formation

Research Project

Project/Area Number 19K03634
Research InstitutionTokyo Metropolitan University

Principal Investigator

SVADLENKA KAREL  東京都立大学, 理学研究科, 教授 (60572188)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村川 秀樹  龍谷大学, 先端理工学部, 教授 (40432116)
富樫 英  神戸大学, 医学研究科, 助教 (90415240)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords界面ネットワークの運動 / 平均曲率流 / レベルセット法 / 数値計算 / 非等方性 / 双曲型平均曲率流 / ガンマ収束 / 細胞パターン
Outline of Annual Research Achievements

最終年度には非等方的な表面エネルギーをもつ界面ネットワークの解析を行なった.非等方性を備えた細胞のパターン形成を理解する上で重要な課題であるが,一般のネットワークに対する問題が非常に難しい.そのため,生物学的実験やナノパターニングで応用がある固定した基盤上を動く非等方的な粒子の問題にまず取り組んだ.
この自由境界問題に対しBMOアルゴリズムによる近似法を提案し,エネルギーのガンマ収束の意味で物理的に正しい近似であることを示した.さらに,近似スキームの弱解への収束の証明を与えた.これにより,分裂や融合などの位相変化を伴う非等方的な粒子の基盤上の運動が正確に計算できるようになった.
研究期間全体を通じて,当初の計画で掲げたそれぞれの目標において新しい結果を得て,理解を進展させることができた.それぞれの項目についてまとめる:(1)表面張力が界面ごとに異なるネットワークに対して,各領域(細胞)の体積を保存しながら表面エネルギーのL2勾配流にしたがう運動を効率よく近似する方法を開発・実装し,その数値計算解析を実施した.(2)慣性を伴う双曲型運動を定式化し,その近似において長年,課題となっていたエネルギー散逸の問題を解決する方法を見つけ,その収束解析を与えた.(3)界面の向きに依存する非等方的な粒子の基盤上の運動に対して,上記の通り,基本的な発展自由境界問題の数学解析を行い,一般のネットワークの場合での解析の基盤を固めた.(4)生物学者との共同研究で,数理モデルを立て実際のマウスの実験データを用いた数値シミュレーションを行うことにより,これまで未解決だった,嗅上皮と聴覚上皮の細胞パターン形成のメカニズムを解明した.

  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 13 results,  Invited: 18 results)

  • [Journal Article] From soap bubbles to multicellular organisms: Unraveling the role of cell adhesion and physical constraints in tile pattern formation and tissue morphogenesis2024

    • Author(s)
      H. Togashi, S. R. Davis, M. Sato
    • Journal Title

      Developmental Biology

      Volume: 506 Pages: 1月6日

    • DOI

      10.1016/j.ydbio.2023.11.007

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] How sensory epithelia shape their cellular patterns2024

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      Kyoto Winter School 2024“Towards Holistic Understanding of Life”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Deciphering cellular patterns in sensory epithelia through mathematical modeling2024

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      公開シンポジウム「第9回理論応用力学シンポジウム」
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relationship between haptotaxis and chemotaxis in cell sorting phenomena2024

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      MATRIX-RIMS Tandem Workshop: Evolutionary Partial Differential Equations and Applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞選別の数理: 走触性と走化性の関係2024

    • Author(s)
      村川 秀樹
    • Organizer
      非線形現象の数値シミュレーションと解析2024
    • Invited
  • [Presentation] A Keller-Segel type approximation to a population dynamics model of cell-cell adhesion2024

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      Reaction Diffusion Equations and Nonlinear Dispersive Equations
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Intrinsically disordered regions (IDR) of Afadin regulate junctional compartment formation and positioning of adherens junctions.2024

    • Author(s)
      Hideru Togashi
    • Organizer
      JST PRESTO International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unraveling the Dynamics of Cellular Patterning in Animal Tissues: Insights from Self-Organizing Principles2024

    • Author(s)
      Hideru Togashi
    • Organizer
      Institute of Physics, Academia Sinica, Taipei
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] On some extensions and applications of thresholding schemes2023

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      ICIAM 2023, Minisymposium: Computational methods for interfaces in physics and mechanics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Thresholding schemes and their applications2023

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      UP OIL World Experts Lectures Series,
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Approximation of heterogeneous interfacial network motion and its application to developmental biology2023

    • Author(s)
      Karel Svadlenka
    • Organizer
      Waseda University Top Global University Project (TGU) Symposium Series, International Workshop on Multiphase Flows: Analysis, Modelling and Numerics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞選別現象における走触性と走化性の関係2023

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      第3回はこだて現象数理研究集会
    • Invited
  • [Presentation] A Keller-Segel type approximation to a cell population dynamics model2023

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A Keller-Segel type approximation to a nonlocal cell population model2023

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      Topics on Neuroscience, Collective Migration and Parameter Estimation
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 多細胞集団の運動を記述する数理モデルに対する近似2023

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      反応拡散系パターンダイナミクスの新展開
    • Invited
  • [Presentation] Discretization of a model governing the motion of two cell populations2023

    • Author(s)
      H. Murakawa
    • Organizer
      The 13th AIMS Conference on Dynamical Systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞間接着に関する理論とシミュレーション2023

    • Author(s)
      村川秀樹
    • Organizer
      生物とソフトマターに関する理論とシミュレーションについての研究会
    • Invited
  • [Presentation] The Mosaic Pattern of Sensory Epithelium is Essential for Sensory Function2023

    • Author(s)
      Hideru Togashi
    • Organizer
      Biwako workshop on mathematical biology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 接着の偏在によるモザイク形成メカニズム2023

    • Author(s)
      富樫英
    • Organizer
      第7回さきがけ「多細胞」領域会議
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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