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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Statistical mechanics of nonlinear evolutionary dynamics with a large degree of freedom

Research Project

Project/Area Number 19K03650
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

時田 恵一郎  名古屋大学, 情報学研究科, 教授 (00263195)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Keywords大自由度 / 非線形 / 進化力学系 / 相互作用 / 微生物叢 / カオス
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法 や計算物理学的手法を用いて解明することである。具体的には、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにしつつある。2023年度も2022年度に引き続き、進化・適応を繰り返す膨大な種類の腸内細菌叢モデルを解析した。特に、マウス腸内細菌叢のOTU存在量データを用いて、対応する多種Lotka-Volterra方程式のパラメーター推定を行った先行研究のパラメータ値を解析した。 その結果、マウス腸内細菌叢は相利的な相互作用が全くない競争群集であること、推定した種間相互作用行列がランダム行列に類似したものになっていること,さらに存在量が多い少数のOTU間に強い捕食被食関係が見られることを見出した。さらに、そのパラメータ値を用いてレプリケーター・ミューテ-ター方程式のシミュレーションを行い、変異率(死亡個体が資源として他のOTUに再分配される割合)が高いときには平衡点に収束する安定なダイナミクスが、また変異率が低い場合には検出限界以下への存在量減少や復活を含むカオティックな動態を示すことを見出した。さらに種の豊富さのパターンが1930年に元村勲が世界に先駆けて発見した幾何級数型になっていること、すなわち腸内細菌叢が厳しい腸内環境で競争していることを示唆する結果を得た。これらの成果を国際会議(International Conference on Biological Physics (ICBP2023),招待講演)で発表した.

  • Research Products

    (7 results)

All 2023 Other

All Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Presentation] Are the interactions in the bacterial flora network random?2023

    • Author(s)
      Kei Tokita
    • Organizer
      The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Parameter Estimation of Population Dynamics of Bacterial Flora and Rank Abundance Relationships Using Real Data2023

    • Author(s)
      Kei Tokita, Kazuo Hashimi, Rie Sawado, Shuhei Takizawa, Miho Fujimori, Takumi Shinkai
    • Organizer
      International Conference on Biological Physics (ICBP2023) , Seoul, Korea
    • Invited
  • [Presentation] 群集生態学理論と細菌叢データを用いた検証2023

    • Author(s)
      時田恵一郎
    • Organizer
      2023年度 非平衡・多階層・複雑系研究会,早稲田大学
    • Invited
  • [Presentation] 実データを用いた微生物相互作用の推定2023

    • Author(s)
      時田恵一郎
    • Organizer
      日本数理生物学会2023年度年会
  • [Presentation] 群集動態の実データを用いた一般化ロトカ・ボルテラ方式のパラメータ推定 と推定された種間相互作用の特徴2023

    • Author(s)
      時田恵一郎
    • Organizer
      松江数理科学ワークショップ ,島根大学
    • Invited
  • [Presentation] 実データにもとづく微生物叢群集構造の推定2023

    • Author(s)
      時田恵一郎
    • Organizer
      第36回微生物生態学会年会
  • [Remarks] 研究者総覧

    • URL

      https://profs.provost.nagoya-u.ac.jp/html/100006995_ja.html?k=%E6%99%82%E7%94%B0#item_knkyu_prsn_2

URL: 

Published: 2024-12-25  

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