Generation of binary aptamesr that works cooperatively in close proximity

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 19K05545
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 34020:Analytical chemistry-related
• Research Institution: Kumamoto University
• Principal Investigator: Kitamura Yusuke 熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 助教 (80433019)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 勝田 陽介 熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 助教 (50632460)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: 核酸 / アプタマー / 分子協働性 / バイオセンサー / PD-L1 / がん免疫療法

Outline of Final Research Achievements

PD-L1, a membrane protein that is highly expressed on the cell membrane of tumor cells, is focused as a target. At first, from the initial DNA libraries with a diversity of 1.0E + 12, only those that bind to PD-L1 were selected by the usual SELEX method (preliminary selection). During the amplification of selected libraries by PCR, an anthracene-modified library (Ant-Lib) was generated by using a forward primer with their 5' end modified with anthracene. Using these libraries, we selected an aptamer (secondary aptamer) that would closely bind to the previously reported anti-PD-L1 aptamer (primary aptamer) with its 3' end modified with anthracene through the photochemical dimerization of anthracenes at the termini of primary and secondary aptamers (Proximity SELEX).

Free Research Field

核酸化学、分析化学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近接位選択を10ラウンドを終えている。最終的に得らえたライブラリーをベクターに組み込み、大腸菌にトランスフェクションし、得られたコロニーから回収したベクターの配列をサンガーシーケンシング法により配列を解読する予定である。近接位に結合可能なセカンダリーアプタマーが取得できていた場合、他のアプタマーにおいても同様にセカンダリーアプタマーを取得することによってバイナリー化が可能であると考えられ、既存のアプタマーの機能や性能を自在に拡張、改変可能な汎用の手法となることが期待される。