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2019 Fiscal Year Research-status Report

NRPS異性化酵素機能を解明する共有結合型分子ツールの開発

Research Project

Project/Area Number 19K05722
Research InstitutionKindai University

Principal Investigator

石川 文洋  近畿大学, 薬学部, 講師 (50631553)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Keywords非リボソームペプチド合成酵素 / 異性化酵素 / 生合成 / 共有結合型阻害剤 / パンテテインアナログ
Outline of Annual Research Achievements

微生物の生産する有用なペプチド系天然物の多くは、非リボソームペプチド合成酵素により生合成される。非リボソームペプチド合成酵素の利用するアミノ酸基質の違いにより、ペプチド系天然物の構造的多様性が生み出される。また、アミノ酸修飾酵素の一つである異性化酵素が、アミノ酸の L/D 変換を触媒することで、ペプチド骨格の多様性を飛躍的に拡げている。異性化酵素は、thiolation (T) domainに担持されたL-アミノ酸をD-アミノ酸へ異性化する。そこで、T domain担持型共有結合性異性化酵素阻害剤を創製することで、アミノ酸異性化機構を明らかにすることを目的とする。本年度は共有結合型異性化酵素阻害剤の設計および合成を実施した。 異性化酵素に作用する化合物は、PLP 依存型アラニンラセマーゼに選択的な不可逆的阻害剤 chlorovinylglycine (CVG) が報告されているのみである 。 異性化酵素の異性化機構は、生化学的解析により、H753 および Y976 の関与する “two-base mechanism” が 、一方、E domainのX線結晶構造解析より、H743 および E882 の関与する “酸塩基触媒機構” が提案されている。 そこで、His、Tyr、Gluの求核攻撃による共有結合形成を期待して、反応性基としてSN2反応の良い脱離基であるメシル基およびトシル基を選択した。さらに、メシル基およびトシル基をパントテン酸へ連結し、T domain へ担持可能な異性化酵素阻害剤の設計および合成を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

共有結合型異性化酵素阻害剤の設計および合成を完了し、異性化酵素を用いた機能解析を実施している途中であり、おおむね初年度の目標を達成しているため。

Strategy for Future Research Activity

共有結合型異性化酵素阻害剤の精密な機能解析および異性化酵素変異体を用いた異性化機構解明研究へ展開する。

Causes of Carryover

次年度の試薬購入に当てるため。

  • Research Products

    (21 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] 1.Facile synthesis of neokotalanol, a potent α-glycosidase inhibitor isolated from the Ayurvedic traditional medicine "Salacia"2019

    • Author(s)
      Genzoh Tanabe,* Satoshi Ueda, Kazuho Kurimoto, Naoki Sonoda, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Weijia Xie, Osamu Muraoka
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 4 Pages: 7533-7542

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 5.Chemical strategies for visualizing and analyzing endogenous nonribosomal peptide synthetase (NRPS) megasynthetases2019

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa,* Genzoh Tanabe*
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 20 Pages: 2032-2040

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 6.An engineered aryl acid adenylation domain with an enlarged substrate binding pocket2019

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa,* Akimasa Miyanaga, Hinano Kitayama, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi, Genzoh Tanabe*
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed.

      Volume: 58 Pages: 6906-6910

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 7.Activity-based protein profiling of non-ribosomal peptide synthetases2019

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa,* Genzoh Tanabe, Hideaki Kakeya*
    • Journal Title

      Curr. Top. Microbiol. Immunol.

      Volume: 420 Pages: 321-349

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 8.化学標識法を用いた非リボソームペプチド合成酵素の活性検出と機能解析2019

    • Author(s)
      今野 翔, 石川 文洋,* 掛谷 秀昭*
    • Journal Title

      日本ケミカルバイオロジー学会機関誌「ケミカルバイオロジー(Chemical Biology)」

      Volume: 12 Pages: 3-7

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] A reprogrammed aryl acid adenylation domain with an enlarged substrate binding pocket2020

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa
    • Organizer
      日本薬学会第 140 年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] タイ天然薬物 "Melodorum" 由来ブテノリド類の合成およびそのメラニン産生抑制活性評価2020

    • Author(s)
      塩谷 友梨, 石川 文洋, 森川 敏生, 二宮 清文, 田邉 元三
    • Organizer
      日本薬学会第 140 年会
  • [Presentation] 拡張型基質結合部位を有するアデニル化酵素の基質許容性2020

    • Author(s)
      野原 摩耶, 石川 文洋, 田邉 元三
    • Organizer
      日本薬学会第 140 年会
  • [Presentation] 大環状ペプチド人工生合成系を基盤とした生理活性中分子ライブラリーの構築2019

    • Author(s)
      石川 文洋
    • Organizer
      新学術領域研究 (研究領域提案型) 生物合成系の再設計による複雑骨格機能分子の革新的創成科学, 第7回公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] タイ天然薬物 Melodorum fruticosum 由来, メラニン産生抑制活性ブテノリド類の合成およびその活性評価2019

    • Author(s)
      塩谷 友梨, 石川 文洋, 田邉 元三
    • Organizer
      第69回日本薬学会関西支部総会・大会
  • [Presentation] アーユルヴェーダ植物“サラシア”由来, α-グルコシダーゼ阻害剤, ネオコタラノールの合成2019

    • Author(s)
      林 紗也子, 石川 文洋, 田邉 元三
    • Organizer
      第69回日本薬学会関西支部総会・大会
  • [Presentation] 拡張型基質結合部位を有するアデニル化酵素の機能解析2019

    • Author(s)
      野原 摩耶, 石川 文洋, 田邉 元三
    • Organizer
      第69回日本薬学会関西支部総会・大会
  • [Presentation] アデニル化酵素のエンジニアリングによる拡張型基質結合部位の設計,機能,構造解析2019

    • Author(s)
      石川 文洋, 宮永 顕正, 北山 陽菜乃, 工藤 史貴, 江口 正, 田邉 元三
    • Organizer
      第69回日本薬学会関西支部総会・大会
  • [Presentation] アデニル化酵素のエンジニアリングによる基質許容性の拡張および構造的基盤2019

    • Author(s)
      石川 文洋, 宮永 顕正, 北山 陽菜乃, 工藤 史貴, 江口 正, 田邉 元三
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] アデニル化酵素の基質結合部位の拡張および構造的基盤2019

    • Author(s)
      石川 文洋, 宮永 顕正, 北山 陽菜乃, 工藤 史貴, 江口 正, 田邉 元三
    • Organizer
      第61回天然有機化合物討論会
  • [Presentation] Facile synthesis of neokotalanol, a potent α-glycosidase inhibitor isolated from the Ayurvedic traditional medicine “Salacia”2019

    • Author(s)
      Genzoh Tanabe, Satoshi Ueda, Kazuho Kurimoto, Naoki Sonoda, Shinsuke Marumoto, Fumihiro Ishikawa, Osamu Muraoka
    • Organizer
      27th International Society of Heterocyclic Chemistry Congress (27th ISHC)
  • [Presentation] Visualizing, analyzing, and reprogramming nonribosomal peptide synthetases2019

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa
    • Organizer
      University of California, San Diego (UCSD) (Host: Prof. Michael D. Burkart)
    • Invited
  • [Presentation] Reprogramming aryl acid adenylation domains for non-native building blocks2019

    • Author(s)
      Fumihiro Ishikawa, Akimasa Miyanaga, Hinano Kitayama, Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi, Genzoh Tanabe
    • Organizer
      ACS Fall National Meeting
  • [Presentation] アデニル化酵素の基質特異性の拡張および構造的基盤2019

    • Author(s)
      石川 文洋, 宮永 顕正, 北山 陽菜乃, 工藤 史貴, 江口 正, 田邉 元三
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第14回年会
  • [Remarks] 近畿大学薬学部有機薬化学研究室

    • URL

      https://www.phar.kindai.ac.jp/orgchem/

  • [Remarks] Researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/f_ishikawa/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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